About Rosetta Software For decades, Rosetta has been at the forefront of computational biology, offering groundbreaking capabilities in the modeling, design and analysis of protein structures. Its versatile applications are revolutionizing research and development across various domains. Some of its notable applications include: De Novo Protein Design: Rosetta enables the design of proteins from s
構成アミノ酸を分析して、タンパク質の二次、三次、四次構造を予測することができる。 タンパク質構造予測 (たんぱくしつこうぞうよそく、英: protein structure prediction) は、タンパク質についてそのアミノ酸配列をもとに3次元構造(立体配座)を推定することであり、バイオインフォマティクスおよび計算化学における研究分野の一つである。専門的な言葉では「タンパク質の一次構造をもとに二次構造や三次構造を予測すること」と表現できる。構造予測は、逆問題であるタンパク質設計とは異なる。タンパク質のアミノ酸配列は一次構造と呼ばれる。タンパク質のアミノ酸配列は、その遺伝子が記録されたDNAの塩基配列から、遺伝コード(コドン)の対応表に基づいて、導出することができる。生体内において、ほとんどのタンパク質の一次構造は一意的に3次元構造(三次構造、コンフォメーション)を形成する。これをタン
PyMOLはタンパク質をWindows上でも表示できるソフトである。特徴として (1)RasMol等と比較して非常に美しいグラフィック表示。 (2)Raster3D形式のファイルを読み込むことができる。 (3)電子密度図(ccp4形式)を表示することができる。 (4)振動や、回転などの表示が可能。 といった点が挙げられる。このソフトはいろいろ機能がついているが、ここでは、役にたつ機能を厳選して紹介する。 <目次> PyMOLのダウンロード PDBの表示、色の変更 MOUSEコントロールの仕方 回転アニメーション、振動アニメーションの設定の仕方 電子密度図の読み込み、表示 Rater 3Dファイルの読み込み PyMOLのダウンロード PyMOLのWebサイトからソフトをダウンロードします。Windowsにダウンロードする場合の注意点ですが、コンピュータの使用者の名前が、日本語にしてある場合
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