toshiaki katayama @tktym ケンブリッジ大学のCambridge Systems Biology Centre (CSBC)のGosさんのラボに寄らせて頂き、滞っていたBH13論文のTODOを整理。これから軽く飲んで帰国へ。 2014-09-21 00:16:55 toshiaki katayama @tktym BioNode/Datの始め方やJSON-LDやNCBI連携や、、したかったこと色々やり残しつつ時間切れ。やはりハッカソンは最低5日間くらい欲しいな～。ともあれとても有意義でした！来年はISMB/BOSCと… instagram.com/p/tIlTKZo6Cs/ 2014-09-20 01:39:37
さて，前回までの直感RDF!でRDFの概要を学び，イカシタRDFを作成したり，情報収集する方法を紹介しました。今回は，外部のデータと繋げて検索する方法をご紹介します。 目的ー何するの？ 今回は今まで作成したRDFのデータを使って，薬のターゲット情報や，特許情報を取得するまでを書いていきたいと思います。 外部のデータのことを知ろう。 外部のデータと繋げていくためには，外部のRDFデータについて知る必要があります。ここでは，薬のターゲット情報が知りたいので，bio2rdfで提供されているdrugbankの情報を見てみましょう。bio2rdfのトップページから，Vioxx [drugbank:DB00533 ]を選択します。右の検索窓に，drugbank:DB00143が表示されると思うのですが，これを自分の手持ちのデータのdrugbank ID - ここでは， drugbank:DB00864
直感シリーズ第二弾，その２です。えっと，次は書くといいながら，300日弱の時が過ぎました。なんやて！（エセ関西弁）。ある程度ネタが集まったので書いていくことにします。 手持ちのデータをRDF化しよう。 実際にRDFを他のRDFと統合しようと思ったら手元のデータのRDF化が必要です。RDF自体の説明は前回のエントリをご覧頂くとして，ここでは，こんなデータを用意してみました。ある薬のデータです。シチュエーションとしては，ある研究所の研究支援部（あくまでFictionにしてあげてください）が支援している薬のデータをRDF化したとします。中身は，ある薬を基準として，その名前，製品名，drugbankID，疾患名，疾患分類であるicd10のIDをつけています。rdf（記法はttl形式）の中身はこうなります。 @prefix drugbank: <http://bio2rdf.org/drugbank
Web APIを使えば他のサイトからデータを取得できるということは理解していても，実際にどうプログラミングすればよいのかわからず，自分でAPIを活用するというところまではできていませんでした。 そんなとき，たまたまOpenRefine というデータ分析・整形ソフトの存在を知って，わりと簡単にデータを取得することができたので，備忘のため記録しておきたいと思います。 試しに今回はNDLサーチのAPIを使用してNDLBibIDからJPNOを取得するということをしてみました。実際にデータを取得できたときは嬉しかったです。 1. OpenRefine をインストール OpenRefine http://openrefine.org/ 日本語の解説動画もあります。 http://www.youtube.com/watch?v=ROW-ZNkk3E8 http://www.youtube.com/wat
Last week, the Neo4J plugin for Gephi was released. Gephi is an open-source visualization and manipulation tool that allows users to interactively browse and explore graphs. The graphs themselves can be loaded through a variety of file formats.Last week, the Neo4J plugin for Gephi was released. Gephi is an open-source visualization and manipulation tool that allows users to interactively browse an
英語版記事を日本語へ機械翻訳したバージョン（Google翻訳）。 万が一翻訳の手がかりとして機械翻訳を用いた場合、翻訳者は必ず翻訳元原文を参照して機械翻訳の誤りを訂正し、正確な翻訳にしなければなりません。これが成されていない場合、記事は削除の方針G-3に基づき、削除される可能性があります。 信頼性が低いまたは低品質な文章を翻訳しないでください。もし可能ならば、文章を他言語版記事に示された文献で正しいかどうかを確認してください。 履歴継承を行うため、要約欄に翻訳元となった記事のページ名・版について記述する必要があります。記述方法については、Wikipedia:翻訳のガイドライン#要約欄への記入を参照ください。 翻訳後、{{翻訳告知|en|Resource Description Framework|…}}をノートに追加することもできます。 Wikipedia:翻訳のガイドラインに、より詳細な
Resource Description Framework（RDF）やセマンティック・ウェブを巡る話題について行けない人に、朗報である。Piggy Bankを使えば、現行のWebブラウザでセマンティック・ウェブを体験できるのだ。 Piggy Bank（「豚の形をした貯金箱」の意）はFirefoxの拡張で、Javaで書かれている。開発したのは、MITのSIMILEプロジェクト――セマンティック・ウェブのアプリケーションとツールをテーマとするグループ――だ。FirefoxにPiggy Bankをインストールしても、Webの閲覧方法は従来どおりで変わりはない。しかし、Piggy Bankはバックグラウンドで動作しており、RDFリンクを持つページを開くと小さな「データ硬貨」（豚の貯金箱に貯める硬貨のつもり）アイコンをFirefoxのステータス・バーに表示する。これをクリックすると、Piggy B
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