ARRAYS
-El array-CGH compara la muestra a estudiar con una muestra de ADN de referencia normal.
Ambos ADN se marcan con fluorescencia de distintos colores, de manera que tras la
hibridación las intensidades son valoradas por programas bioinformáticos.
Las duplicaciones tendrán una mayor señal del color de la muestra problema y las deleciones
una señal más baja del color de la muestra problema, al comparar con la señal de la muestra
de referencia.
-El array de SNP.
Un SNP es una variación en un solo par de bases en una secuencia de ADN entre individuos.
Es la forma más común de variación genética. Aquí sólo se hibrida con la matriz, el ADN de la
muestra, midiéndose luego igualmente las intensidades de la fluorescencia. A diferencia de
la CGH, puede detectar triploidías, algunas (no todas) Disomías Uniparentales o una la
presencia de consanguinidad.
ARRAY CGH
¿Por qué usar esta nueva tecnología?
Aproximadamente el 4% de los nacimientos son niños/as con retraso mental. El array CGH se
ha introducido recientemente para identificar alteraciones cromosómicas en pacientes con
patología, pero sin alteraciones en el cariotipo.
Durante este tiempo se ha puesto en evidencia que esta tecnología es más sensible y eficiente
que el cariotipo convencional, puesto que la resolución de los array CGH es al menos 10 veces
superior a la de un cariotipo convencional.
¿Cómo funciona un Array CGH?
Un Array CGH, es una técnica de diagnóstico genético que sirve para detectar alteraciones
cromosómicas desequilibradas tan pequeñas que no pueden ser detectadas por el cariotipo
convencional.
El funcionamiento de los Array CGH es similar al de la CGH convencional. No obstante, en este
caso, no se hibridan el ADN control y el problema, sino que estos dos se hibridan a unos
oligonucleótidos que se encuentran en el fondo de cada uno de los pocillos del microarray.
Dependiendo de la cantidad de ADN de una muestra u otra que se hibride con los
oligonucleótidos, el pocillo presentará una fluorescencia u otra.
Aplicaciones de la CGH
La hibridación genómica comparativa tiene diferentes aplicaciones en la clínica, como, por
ejemplo, en el diagnóstico prenatal de ciertas enfermedades genéticas causadas por
cambios en la cantidad de material hereditario.
En estos casos, la CGH se utiliza para detectar antes del nacimiento anomalías cromosómicas
ejemplos Síndrome Cri du Chat, causado por una deleción parcial del brazo corto del
cromosoma 5, o los síndromes de Prader-Willi y Angelman, producidos por alteraciones
genéticas en cierta región del brazo largo del cromosoma 5.
Otra de las aplicaciones de la CGH es en el estudio del cáncer permite detectar las
alteraciones cromosómicas de las células cancerosas, para poder clasificar el tipo de
tumor, facilitar el pronóstico del cáncer y optimizar el tratamiento del paciente.
La técnica CGH puede utilizarse, además, para determinar la posible causa genética de
ciertas enfermedades que afectan al desarrollo. Normalmente la CGH se realiza en pacientes
jóvenes con diferentes trastornos, como discapacidad intelectual o autismo, ya que, en
algunos casos, pueden tener causa genética.
SNP
Los arrays de SNP, permiten evaluar el número de copias de ADN comparando la intensidad
de la hibridación del ADN del paciente con las sondas inmovilizadas en el array o matriz de
puntos
UTILIDAD
Los arrays de SNPs también se utilizan para la identificación de mutaciones somáticas en
cáncer, sobre todo la pérdida de heterocigosis, la amplificación o la deleción de regiones de
ADN en el genoma individual, es decir, la detección de aberraciones cromosómicas.
Los chips de ADN pueden utilizarse para genotipar o «leer» las secuencias de un genoma
particular en determinadas posiciones. Los oligonucleótidos pequeños son capaces de
identificar polimorfismos de un sólo nucleótido que podrían ser los responsables de variaciones
genéticas dentro de una población, la fuente de susceptibilidad a distintas enfermedades
genéticas e incluso a ciertos tipos de cáncer.
Ventajas
es una prueba global, que no selecciona previamente los genes a estudiar sino que realiza un
escaneo general del genoma en busca de genotipos de interés.
1. .Este tipo de arrays son capaces de identificar cualquier desequilibrio (aneuploidía, deleción,
duplicación) de los loci representados en el microarray.
2. Permite conocer los genotipos y realizar haplotipos en estudios familiares
DESVENTAJA
1. Es menos sensible que el array de oligos para detectar los cambios en número de copias
2. Es más dependiente del desarrollo de software para su interpretación
CGH ARRAY porque como es comparada
• que cree decir esto qué es hay un adn de control de referencia y un adn del paciente que vamos a
testear, entonces se marcan con una diferente fluorescencia
• aquí la imagen se ve como el adn de control esta de un color y la del paciente de otro color, entonces
después en el array que es esta matriz, cada matriz tiene unos pocillos, ya en este posillito están las
ondas para evaluar las regiones de interés, miles de sondas habíamos hablado de 60 mil 180 mil 850
mil etcétera entonces lo importante que en estos pocitos por ejemplo
• acá hay igual cantidad de material genético tanto para el control como para el paciente ya entonces
qué quiere decir eso que el paciente no tiene una delesión ni una duplicación sino que tiene una
cantidad normal de adn
• como ustedes saben para los cromosomas los seres humanos tenemos dos copias salvo el cromosoma
xy pero en este caso por ejemplo no hay pérdida ni ganancia de material genético porque la proporción
es igual uno es a uno o dos a 2
• acá tenemos por ejemplo que hay menor cantidad de material genético del paciente en comparación
con la cantidad de material genético del control entonces aquí podría ser una delesión
• y acá lo contrario mayor cantidad del paciente versus cantidad del control entonces esto sería una
duplicación
• después en el microrray, al hibridarse se produce una imagen de fluorescencia y una máquina
fotográfica especial saca una foto de esto y esta foto dependiendo de los de los brillos que se
produzcan después se va a interpretar en el computador
• entonces por ejemplo cuando brille más hacia rojo en este ejemplo quiere decir que en mayor cantidad
de adn del control, cuando brille más cantidad del color gris quiere decir que hay mayor cantidad del
paciente
• y cuando hay una mezcla intermedia que quiere decir que está en un nivel equilibrado y eso después
se va a interpretar en el computador un análisis bioinformático
SNP
• el snp array es una tecnología más nueva como una siguiente generación de lo que es el array cgh
entonces el concepto es similar Al de cgh, en qué sentido en evaluar todos los segmentos igual del
genoma al menos todo lo de interés, se ocupa del método de snp que son los cambios en nucleótidos
simples y solamente un cambio en un par de bases, pero esto nos va a permitir evaluar otras cosas que
el ARRAY cgh no permite.
ejemplo
• aquí no es comparativo ya que no se compara contra un adn de un control sino que se compara en sí
mismo pero se testea contra dos tipos de sondas.
• entonces tenemos que la dna del paciente se marca igual con fluorescencia pero se va a testear contra
dos tipos de sondas
• una sonda que tiene un alelo a y una sonda con un alelo b
• se hibridiza y después vamos a esta matriz que es mucho más complicada pero que también nos
permite ver cuando hay una cantidad que de dos puntitos esto quiere decir que están en normal
• acá vemos la franja azul quiere decir apuntó que hay 2 puntos eso es normal porque evalúa la cantidad
al igual que es la otra técnica array.
• lo contrastamos con una delesión en el caso de una delesión vemos acá que por ejemplo hay solamente
un punto es porque solamente se pudo testear un alelo y el otro no había nada esta en delecion cuando
acá faltan los dos quiere decir que una delesiones en homocigosis ya rque no había nada para esa
región
• duplicaciones también podemos ver, quiere decir que hay 3 en este caso por ejemplo acá no hay
ninguno que tenga el trés done hay ganancias de dos cromosomas
• permite ver este es el tipo de alelo entonces nos permite ver si lo que se deleto o duplicó es un
cromosoma o es el mismo cromosoma que se deleto o que se duplicó dos veces o tres veces porque
nos permite ver esto los tipos de snp.
