I CONCEPTS

La Phylogénie
La phylogénie du grec phulon, tribu et genesis, origine :

La phylogénie vise à établir les relations de parenté entre les organismes

et à identifier leur origine

Il existe un ordre naturel chez les êtres vivants (Ch. Darwin, 1838) :
- Cet ordre naturel est basé sur les relations de parenté entre les organismes
- Deux espèces ont des caractères d'autant plus similaires
que leur ancêtre commun (leur divergence) est récente

01
 Arbre et relations évolutives entre les espèces

Des concepts anciens ….

Première représentation générale des êtres vivants

sous forme d'un arbre (Haeckel, 1860)

Des objectifs toujours actuels ….

Proposer une hypothèse des liens de parenté

entre plusieurs taxons

=> Arbre évolutif (≠ échelle)

avec Spéciation : binaire

02
 Représentation du vivant par des arbres phylogénétiques

OTU <=> A B C D Noeud terminal

operational feuille
taxonomic unit

Noeud interne
ancetre hypothetique

Branche

Relations entre les taxa en terme

Topologie = de descendance
réseau de branches Racine
reliées par des nœuds Outgroup

Représentation arborescente <-> Suggère les relations de filiation entre les organismes

03
Premières phylogénies => Classification des organismes

A partir de caractères morphologiques actuels et fossiles

Postulat : La ressemblance s'interprète comme une ascendance commune

Infère le passé par une comparaison de caractères sans savoir comment se réalise la
transmission des caractères

Analyse des caractères

Caractères homologues (résultat d'une divergence) : correspondance en une même position
d'un organe de même fonction (ailes, pattes…)
hérités d'un ancêtre commun

Caractères analogues (résultat d'une convergence): organes similaires remplissant la même

fonction mais pas à la même place (aile d'oiseau / aile d'insecte)
ne permettent pas de remonter à l'ancêtre commun
04
 La phylogénie moléculaire
=> Reconstruire l'histoire évolutive d'un groupe d'organismes

A partir de la comparaison des séquences de gènes ou de protéines

Hypothèse : Les génomes des espèces actuelles contiennent des séquences héritées d'un
ancêtre commun qui, après spéciation ont évolué indépendamment les unes des autres.

Rôle dans la transmission héréditaire des caractères.

05
Se base, au départ, sur :

Hypothèse d’horloge moléculaire

Les mutations s’accumulent au cours du temps de façon régulière

= théorie de l’horloge moléculaire (Zuckerland et Pauling , 1962)

Dans les faits,

-> Episodes d’accélération de l’accumulation des mutations en

réponse à des changements environnementaux
-> Ralentissements ou stases évolutives avec extinctions (J. Gillepsie)

-> Fixation rapide de mutations avantageuses au moment de la

formation des espèces (M. Goodman)

Ces épisodes se compensent sur de longues périodes d’évolution

06
Se base sur :

Les théories modernes

La théorie neutraliste de l’évolution (Kimura, 1980) :

La plupart des mutations restent neutres, se fixent au
hasard.
Seules les mutations défavorisantes ou létales sont
éliminées.

Le modèle sélectionniste (Darwin) :

Les allèles apparus par mutations se fixent dans les
populations parcequ’ils sont avantageux.

07
Une hypothèse d’horloge moléculaire moins stricte

Taux d accumulation des mutations ou vitesse d évolution

-> dépend de la pression de sélection à laquelle le gène est soumis.
-> similaire au sein d une même classe fonctionnelle

Gènes d évolution lente : ARNr 16S, histones….

Gènes d évolution plus rapide : Cytochrome, recA, gyrB…
Gènes d évolution rapide : protéines de surface, pseudogènes….

=> Utilisés de façon isolée ou en combinaison pour :

L Arbre du vivant, les Classifications, l’identification moléculaire..

08
 Une démarche d’analyse de données

Réalité observée :
gènes, génomes représentent les organismes
et leurs variables: taux de mutations, dN/dS ..

Etablir des liens entre les données.

! Représentation arborescente
!liens de parenté (ancêtre commun) + liens d évolution (distance évolutive)

Sequence 4 Sequence 3 Sequence 2 Sequence 1

09
II EXEMPLES D’UTILISATION

Phylogénie est prépondérante en biologie

Ecologie
Evolution
Microbiologie En 2012, près de 15000 articles
Biologie cellulaire Mentionnent la phylogénie
Génomique …

Multiples utilisations
• Découvrir l’origine des organismes
• Inférence des états de caractères ancestraux

• Classification et biodiversité : dresser les inventaires

• Décrire l’histoire évolutive du matériel génétique / hérité, dupliqué ou
acquis par transfert génétique

• Etude de l’évolution et de l’adaptation

• Taux de diversification et “key innovations”
• Dates de divergence
• Biogéographie et phylogéographie (Aedes ..)
• Cospéciation (relations hôtes-parasites ..)
10
 Une révolution pour la bactériologie dans les années 1980

l ARN ribosomal

Universel -> grandes banques de données

-> Rarement transféré
ARNr16S
Gène mosaïque:
Domaines variables utiles pour étudier des espèces proches
Domaines conservés utiles pour positionner des organismes éloignés
: Archaebactérie, Eubactérie…

11
L’arbre de la vie (1980s)

Woese & Fox, 1977. Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the
primary kingdoms. Proc Natl Acad Sci USA 74:5088-5090

12
La phylogénie des bactéries cultivables (1987)

Woese 1987. Bacterial evolution. Microbial Rev. 51: 221-271

13
 L’arbre des bactéries cultivables et non cultivables

Verrucomic
Chla
Bacteria

m
teriu
mydia

pira
robia

obac
Nitros
Acid
OS-K
Verte
s non
sulfu
reus
es
cter
OP5 Fibroba
A
Groupe marin
OP9 Vertes du soufre
Dictyoglomus Cytophagales
r
e rmobacte
Coproth Thermus
/D einococc
les us
otoga
(1987 - 1990) Therm Spir
ochète
s

haea
Korarc

y a
Eucar Archea
(2001)

Sans l’aide de caractères phénotypiques …

14
 ML TBR 98% GmmPro11
GTR-I-G
GmmPro26 Proteobacteria
100% RdpSpeci
Gr0Bay
CytSpec4
Description de la biodiversité
99% FleMari2
94% Cytophagales
PolFilam
100% CytMari2
100% RueBa142
85% BctFra32 Bacteroides
BcrSHA15
KitNiig2
100% StrRose2 Actinobacteria
AtdGluco
85% ArtSpe80
100%
100% AkbOlivo Firmicutes
Al4Otit2
100%
LctPento
TrePal26
SrhLito2
Spirochetes
Identifier les microorganismes
100% SrhIsov2
100% 029C08_P_D
029D11_P_D
par positionnement phylogénétique
100% WWE1
100% 062G07_P_S
030D05_P_D
100% GeeNon-3
100% UniBa393 Chloroflex
TldMeth5
99%
81% TmsGeole
TheElfii
GtgPetra Thermotogales
bactéries non cultivables
FerNodos
93% AY193201
AY193170 SR1
Stations d épuration
100% AY193171
100%
CidRaci2
100% AtcBact6 Cyanobacteria
LynSpec3
SncATCC3
100% MeiTaiw2
99% ThmSpe23 Thermus
81%
ThmSpe19
DeiGeot3
CdtDiv23
100% CdtDiv25 OP11
CdtDiv24
CdtDiv28
AY953190
16S_TFM_2
A39YB03
242F09
242F11
AP2_B11
100% AP2_H05
AN1_C12
TFM_239C10 WWE3
TFM_239G05
AN1_A07
AN1_G11
AN2_G02
100% TFM_240A01
AN1_D07
100% AN1_C11
100% AY193125
AY193141 OD1
86% AY193130
100% OpuTerr3
99% VS162GLC Verrumicrobia
VrrSpin4
100%
90% PnyStr_5
UncPlan3
Chouari et al. 2005
Planctomycetes
100%
PnoSpec4
PnoSpe13
Appl Environ Microbiol 2005, 71, 2145-2153.
PblSpeci Guermazi et al. 2008
TfmPende
A93Fumar
Environ. Microbiol. 10, 2111-2123
0.05 substitutions/site 15
http://www.arb-silva.de/!

16
17
18
 Salmonella typhimurium
Salmonella cholerae
Salmonella typhi
Salmonella paratyphi
Shigella sonnei Choix d’un ou de plusieurs marqueurs
Shigella boydii
Shigella dysenteriae
Escherichia coli
de fonction identique
Escherichia fergusoni
Klebsiella pneumoniae subsp ozaenae pour un ensemble d’organismes
Klebsiella pneumoniae
Klebsiella pneumoniae subsp pneumoniae
Klebsiella mobilis
Klebsiella oxytoca
Klebsiella planticola
gyrB
gyrB Klebsiella ornithinolytica
Citrobacter rodentium
Citrobacter sedlakii
Citrobacter koseri
Citrobacter farmeri
Citrobacter werkmani Gènes de ménage
Citrobacter braakii
Citrobacter freundii
Citrobacter youngae
Kluyvera cochlea
Buttiauxella agrestis
Kluyvera intermedius
Kluyvera georgiana
Kluyvera ascorbata
Enterobacter dissolvens Enterobacteriaceae
Enterobacter cloacae
Enterobacter cloacae ATCC23355
Enterobacter cloacae str ECP6
Enterobacter hormaechi Position d’Enterobacter sakazakii
Enterobacter kobei
Enterobacter asburiae
Enterobacter cloacae str ECP4
Enterobacter cancerogenus
Enterobacter nimipresuralis
Enterobacter amnigenus
Enterobacter sakazakii
Enterobacter sakazakii AY370844
Pantoea citrea
Pantoea punctata
Pantoea ananatis
Pantoea stewarti
Pantoea agglomerans
Pantoea dispersa
Escherichia vulneris
Escherichia hermanii Dauga 2002 Int J Syst Evol Microbiol 52, 531-547.
Escherichia blattae
Serratia marcescens Dauga C, Breeuwer P 2008 In JM Farber & S. Forsythe (eds),
Serratia entomophila
Serratia ficaria Enterobacter sakazakii, chap. 1, pp. 1-26
Serratia plymuthica
Serratia grimesii
Serratia proteamaculans
Serratia liquefaciens
Serratia fonticola
Serratia odorifera
Serratia rubidaea
P. shigelloides
ML
0.05 substitutions/site 19
 NTU90 (AY579194)
76%
NTU 93 (AY579196)
NTU8 (AY579191)
NTU15 (AY579175)
84% NTU 1, JCM 1233 Enterobacter sakazakii
NCTC11467 (AY579173) cluster 1
NTU20 (AY579178)
ATCC29004 (AY579184)
hsp60 NTU25 (AY579179)
NTU 2, ATCC12868 (AY579177)
NTU7 (AY579190)
Enterobacter asburiae (AJ417135)
Enterobacter asburiae (AJ417141)
E. cloacae str 28 (AJ417128)
E. cloacae str 117 (AJ417112)
Enterobacter kobei str 24 (AJ417126)
99% Enterobacter cloacae ATCC 13049T (AJ417142)
Enterobacter cloacae EN287 (AJ543768)
Enterobacter cloacae dissolvens (AJ417143)
100% Enterobacter cloacae dissolvens (AJ543817)
E. cloacae str 114 (AJ417110)
Enterobacter Enterobacter ludwigii (AJ417114)
100% Enterobacter ludwigii (AJ862859)
cloacae Enterobacter nimipressuralis (AJ567900)
93% complex
100% Enterobacter cancerogenus (AJ567895)
Enterobacter hormaechei hormaechei (AJ417108)
84% Enterobacter hormaechei hormaechei (AJ543765)
Enterobacter hormaechei steigerwaltii (AJ417129)
Enterobacter hormaechei steigerwaltii ( (AJ866435)
Enterobacter hormaechei oharae (AJ866437)
Enterobacter hormaechei oharae (AJ417124)
E. cloacae str 25 (AJ417127)
ATCC51329 (AY579180)
NTU16 (AY579199) Enterobacter sakazakii
79% 100% NTU3 cluster 3
Enterobacter amnigenus (AY579176) Distinction
NTU105 (AY579174) de groupes de souches
NTU9
93% NTU57 Enterobacter sakazakii
NTU92 (AY579195) clusters 2 & 4 d E. sakazakii
99%
NTU84
NTU96 (AY579197)
Enterobacter gergoviae (AJ567897) 0.01 substitutions/site
Citrobacter koseri (AY579183)
Enterobacter pyrinus (AJ567901) TrN gamma BioNJ
20
Toward Automatic Reconstruction
of a Highly Resolved Tree of Life. Francesca D. Ciccarelli et al.
SCIENCE VOL 311 3 MARCH 2006

21
22
23
 Phylogéographie des agent infectieux ! Replacer l’histoire des organismes
selon leur origine géographique et leur date d’isolement

Evolutionary relationships between samples

Coupling additional
information

24
Rechercher l’origine d une infection

25
 Suivi de la transmission d’Helicobacter pylori
dans les Infections familiales

gènes hspA (H) et glmM (G) d’Helicobacter pylori

Typage : associations alléliques caractérisant chaque isolat

Father Mother
6/20 H1d-G2b 19/20 H1d-G1
6/20 H2c-G2b 1/20 H3a-G1
7/20 H3b-G2b
1/20 H3c-G4

Child-1 (14 years old) Child-2 (12 years old) Child-3 (8 years old) Child-4 (2 years old)

14/19 H1d-G1 1/10 H1d-G1 18/20 H1c-G1 15/18 H1a-G1

2/19 H3a-G1 7/10 H2b-G3a 1 /20 H1c-G2a 3/18 H1b-G1
3/19 H2a-G1 2/10 H2d-G3a 1/20 H1c-G3b

H = hspA G = glmM

= > Partage de souches mère /enfants

= > Partage d’allèles pour toutes les souches de la famille
=> Allèle G3 spécifique aux enfants
Raymond et al., Emerging Infectious Diseases, 2004, 10, 1816-1821. 26
 Child-4 H1a Child-4
0.01 Child-4 H1b Child-3
Child-3 H1c G1 Child-2 0.02
hspA Child-1
Mother Mother
Child-2 H1d glmM
Child-1 SVP16 (Algeria)
Father SVP19 (Algeria)
SVP 20 (France)
Afrique SVP3 (Senegal)
SVP8 (Tunisia) SVP18 SVP17 (France)
Dakar str 4a
SVP4 (Senegal) (Morocco) SVP6 (France) 85P
Dakar str1a SVP1 (Morocco)
Dakar str1b SVP7 (Portugal)
Dakar str 5b SVP4 (Senegal)
Dakar str 2b G2a G2b Child-3 Europe
Dakar str 2a Father
SVP13 (France) SVP12 (Morocco)
SVP12 (Morocco) SVP9 (Yugoslavia)
Child-1 H2a SVP8 (Tunisia)
Child-2 H2b
Dakar str 3a
SVP25 (Morocco)
SVP10 (France)
Father H2c SVP11 (Algeria)
Child-2 UK str 26695 SVP 23
SVP18 (Morocco)H2d
Dakar str 6b UK str 26695 N6
SVP14 (France)
SVP10 Child-1 H3a SVP21
Mother SVP15 (Morocco)
(France) Father H3b SVP22 (Algeria)
Father H3c SVP24 (Algeria)
Europe SVP22 (Algeria) SVP13 (France)
J99
SVP15 (Morocco) SVP5
SVP7 (Portugal) Dakar str (France)
5b
N6 Dakar str 5a
J99 SVP25 (Morocco) Dakar str 2b
Dakar str 2a
SVP14 (France)
SVP21 X47-2AL
Dakar str 3a
SVP2
Afrique
Dakar str1a
SVP17 (France) Dakar str1b
85P Dakar str 4a
SVP19 (Algeria) G3a Child-2
SVP16 (Algeria) G3b Child-3
Hong Kong 327 Dakar str 6b
SVP24 (Algeria)
SVP11 (Algeria) SVP3 (Senegal)
SVP1 (Morocco) G4 Father
SVP2 Hong Kong str 416
SVP6 (France) Tak
SVP5 (France)
SVP9 (Yugoslavia) X47-2AL
Hong Kong str 364
Asie
Hong Kong str 416 Hong Kong str 450
Tak
Hong Kong str 364 Hong Kong str 326
Asie Hong Kong str 450
Hong Kong str 12
Hong Kong str 327
Hong Kong str 12
Oravax str ovx34 Oravax str ovx34

27
Transmissions et diversification Transmissions

Child-4 H1a Child-4

0.01 Child-4 H1b Child-3
Child-3 H1c G1 Child-2 0.02
hspA Child-1
Mother Mother
Child-2 H1d glmM
Child-1 SVP16 (Algeria)
Father SVP19 (Algeria)
SVP 20 (France)
Afrique SVP3 (Senegal)
SVP8 (Tunisia) SVP18 SVP17 (France)
Dakar str 4a
SVP4 (Senegal) (Morocco) SVP6 (France) 85P
Dakar str1a SVP1 (Morocco)
Dakar str1b SVP7 (Portugal)
Dakar str 5b SVP4 (Senegal)
Dakar str 2b G2a G2b Child-3 Europe
Dakar str 2a Father
SVP13 (France) SVP12 (Morocco)
SVP12 (Morocco) SVP9 (Yugoslavia)
Child-1 H2a SVP8 (Tunisia)
Child-2 H2b
Dakar str 3a
SVP25 (Morocco)
SVP10 (France)
Father H2c SVP11 (Algeria)
Child-2 UK str 26695 SVP 23
SVP18 (Morocco)H2d
Dakar str 6b UK str 26695 N6
SVP14 (France)
SVP10 Child-1 H3a SVP21
Mother SVP15 (Morocco)
(France) Father H3b SVP22 (Algeria)
Father H3c SVP24 (Algeria)
Europe SVP22 (Algeria) SVP13 (France)
J99
SVP15 (Morocco) SVP5
SVP7 (Portugal) Dakar str (France)
5b
N6 Dakar str 5a
J99 SVP25 (Morocco) Dakar str 2b
Dakar str 2a
SVP14 (France)
SVP21 X47-2AL
Dakar str 3a
SVP2
Afrique
Dakar str1a
SVP17 (France) Dakar str1b
85P Dakar str 4a
SVP19 (Algeria) G3a Child-2
SVP16 (Algeria) G3b Child-3
Hong Kong 327 Dakar str 6b
SVP24 (Algeria)
SVP11 (Algeria) SVP3 (Senegal)
SVP1 (Morocco) G4 Father
SVP2 Hong Kong str 416
SVP6 (France) Tak
SVP5 (France)
SVP9 (Yugoslavia) X47-2AL
Hong Kong str 364
Asie
Hong Kong str 416 Hong Kong str 450
Tak
Hong Kong str 364 Hong Kong str 326
Asie Hong Kong str 450
Hong Kong str 12
Hong Kong str 327
Hong Kong str 12
Oravax str ovx34 Oravax str ovx34
Transferts génétiques
28
 Etude de la cysticercose au Mexique et à Madagascar

Datation

African-American
Several populations of T. solium coexist
in Mexico, suggesting multiple arrivals

genotype
of T. solium in South America.

Asian genotype
Taenia solium of African-American
and Asian genotypes are both
present in Madagascar

Michelet & Dauga 2012, Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society 87(3):731-41
29
Date d’emergence des agents infectieux / hôtes et environnement

30
 A l ère des NGS

M. tuberculosis et M. bovis
219 isolats
I
159 SNPs
Arbre de distance
I
56 types de séquences (STs)
I
7 groupes de SNPs
Qq liens phylogéographiques

⇒ 45 SNPs discriminants

Filliol et al. J. Bact,

Jan. 2006, p. 759–772
31
 III REALISATION

Quatre étapes de la phylogenie moléculaire

1. Choix du jeu de données

• Une bonne connaissance des séquences que l’on analyse
• S’assurer de la validité du jeu de donnée (qualité des séquences et cohérence)

2. Alignement des séquences

• Obtenir un bon alignement
• Tester différents méthodes et revenir à la main sur les résultats

3. Détermination du modèle de substitution

4. Construction des arbres

32
Choix du marqueur : gene ou proteine?

Qu’est ce que l’on compare ?

ADN brut ou région codante, ARN, protéine

des alphabets différents : 4 ou 20 lettres

des natures différentes : nucléotide ou acide aminé

pressions de sélection différentes : position des codons

33
Principes

Un site moléculaire (position sur un gène) est l’équivalent

d’un caractère morphologique de la phylogénie classique

La ressemblance s’interprète comme une ascendance commune

=> Identification des « ressemblances » -> Alignement ”pour la phylogénie”

34
 L’alignement de séquences homologues

- les colonnes supposées contenir des caractères homologues dérivés d’un même ancêtr
- les évènements élémentaires des processus de l’évolution

Seq i ACTG C
I substitution
Seq j ACCG C
I deletion
Seq l A TG C
I insertion
Seq t A TGTC

=> La qualité des alignements est essentielle

35
Plusieurs possibilités d’alignement !

ACTG-C
I
A–CGTC

3 identités, 1 substitution et 2 délétions (insertions)

ou

ACTG-C

AC-GTC

4 identités et 2 délétions

En phylogénie, on privilégie l’alignement

qui favorise les similitudes et minimise les évènements évolutifs

36
L’alignement multiple automatique :

Alignement = colonnes ou positions indépendantes

Seq j: x1 x2 ….. xi ……xn
Seq l: y1 y2 ….. yi ……yn

Score élémentaire s (xi, yi) = score à chaque position

s (a, b) = l si a = b
s (a, b) = - m si a différent de b

s (a, b) = - d si gap
succession de k gaps : g (k) = -d –p (k-1) p = pénalité de l’extension de gaps
Le poids des insertions-délétions par rapport à celui des substitutions n'est pas connu

Somme des scores de chaque position :

S (Seq j,Seq l) = S s (xi, yi)

⇒ Choix de l’alignement qui maximise le score et minimise les évènements évolutifs

37
Stratégie d’alignement

1/ Logiciel d'alignement adapté aux données

2/ Minimiser les évènements

La plupart des méthodes de reconstruction ne prend en compte que les substitutions et
non les événements d'insertions/délétions.
Les pénalités données aux gaps > les substitutions.
=> Favoriser les substitutions

3/ Supprimer les régions trop variables difficiles à aligner : riches en délétions

⇒ Les régions où l'alignement est ambigu peuvent être retirées
manuellement ou automatiquement avant l'analyse phylogénique

Un bon alignement => l’ analyse phylogénétique

38
De l’alignement à la construction d’arbres

Le nombre de différences observées entre les séquences

sous estime le nombre réel d'évènements mutationnels.

Les méthodes de construction d'arbre vont

déduire ces évènements de la comparaison des séquences actuelles (de l’échantillon)
39
Une extrème possibilité mathématique d'arbre pour un arbre réel !!

Nombre de topologies d'arbres non racinées binaires pour n taxons

Narbres=3.5.7...(2n−5)= (2n−5)! / 2 n−3 (n−3)!

N taxons N arbres
4 3
5 15
6 105
7 945
... ...
10 2.027.025
... …
20 ~ 2 x1020
….. ….

30 ~ 3.58 x 1036

=> Des heuristiques pour ne pas explorer l’espace des arbres possibles

40
4 grandes familles de méthodes de construction phylogénétique

1/ Méthodes de parcimonie = Méthode cladistique

analysent les caractères

2/ Méthodes de distance = Méthode phénétique

calculent une distance évolutive globale

3/ Méthodes de maximum de vraisemblance

introduisent une probabilité d’évolution pour obtenir les données

4/ Méthodes Bayesiennes
évaluent les paramètres d’évolution et
proposent une probabilité que l’arbre soit correct

41
 Les données phylogénétiques
L'information phylogénétique est contenue dans un arbre.
1. Un arbre est un graphe reliant les espèces,
2. Les branches peuvent avoir des longueurs représentant une quantité de
'différence’ (distance génétique, morphologique, . . . )

3. Les branches peuvent avoir des longueurs représentant un temps (temps de divergence),
dans l’hypothèse d’horloge moléculaire :
Cas particulier ou toutes les lignées évoluent à la même vitesse depuis leur divergence
dans ce cas l'arbre est ultramétrique.
42
 IV LES LOGICIELS

Site Web : Joe Felsenstein

http:// evolution.genetics.whashington.edu/phylip/software.html

En 2013 : 392 programmes et 54 serveurs de phylogénie

43
44
45
Algoritmes package Phylip

46
47
48
Pour aujourd’hui : SEAVIEW 4
http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html

49
50
 Editeurs d’arbres

http://treevis.net
http://evolution.genetics.washington.edu/
http://bioinfo.unice.fr/biodiv/Tree_editors.html 51
52
 FigTree

http://tree.bio.ed.ac.uk/
software/figtree/
53
 Dendroscope

http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/dendroscope/
54
Darlu P & Tassy P 1993. Reconstruction Phylogénétique. Concepts et Méthodes. Masson

Hall B 2001. Phylogenetic Trees Made Easy. Sinauer

Page RDM & Holmes EC 1999. Molecular evolution . A phylogenetic Approach. Blackwell

Lemey P et al. 2009 .The Phylogenetic Handbook

A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing
Cambridge University Press

55