BACTERIOLOGIE SYSTEMATIQUE (TMS 1)

Proposé par BIDJA Santy Stève

(Ing médico-sanitaire, M.SC Clinical Biologie)
(UN / FS / DSBM)
INTRODUCTION

Les bactéries sont classées à partir des données du génomes en grandes

familles, en genres et espèces. Un genre peut comporter plusieurs espèces
génétiquement proches (EXP : la famille des vibrionacae, le genre vibrio, l’espèce
vibrio cholerae. On utilise la systématique en pratique pour désigner uniquement les
noms de genre et d’espèce des bactéries. Les noms des bactéries s’écrivent en
italiques. En l’absence d’identification précise d’une espèce, on utilise la nomenclature
sp (Klebsiella sp).

La stratégie diagnostic est d’isoler et d’identifier le germe responsable d’une

infection à partir des produits pathologiques et éventuellement de mettre en évidence
une réponse immune spécifique du germe suspecté.

Le prélèvement des produits pathologiques sont guidés par la

symptomatologie et l’examen clinique doivent être effectués :

- Le plus tôt possible avant l’antibiothérapie

- A la porte d’entrée cutanéo-muqueuse toujours recherchée, dans le sang au
cours de la dissémination et éventuellement dans les organes cibles (LCR,
abcès profonds par ponction, épanchements …)
- De façon stérile et rapidement acheminés au laboratoire.

Il existe des prélèvements monomicrobiens provenant de sites normalement

stériles (sang, urine, LCR, tissus …) et des prélèvements polymicrobiens provenant
du revêtement cutanéo-muqueux associé à une flore commensale (gorge, selles,
vagin , peau)

I- TECHNIQUES D’ETUDES ET D’IDENTIFICATION DES PRINCIPAUX COCCI

Parmi ces Cocci, nous pouvons citer :
- Staphylococuc

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 - Streptococus
- S. pneumoniae

1) Staphylococuc
Les bactéries du genre Staphylococcus sont des coques (cocci) à Gram positif,
groupés en amas ayant la forme de grappes de raisin, immobiles, non sporulés,
catalase positive et oxydase négative. Parmi les 27 espèces du genre actuellement
répertoriées, les principales sont Staphyloccus aureus, S.epidermidis et
S.saprophyticus. L'espèce S.aureus sera prise comme type de description.
S.aureus est un commensal de la peau et des muqueuses de l’homme et des
animaux (rhino-pharynx, intestin). On le trouve sur la muqueuse nasale d’un tiers
environ des sujets normaux. Eliminé dans le milieu extérieur, cette bactérie peut
survivre longtemps dans l’environnement.
Microscope
Cocci à Gram positif, isolés ou groupés en diplocoques ou en amas ayant la
forme de grappes de raisin, de 0,8 à 1 μ de diamètre (figure 1). La grande majorité des
souches sont capsulées, mais les souches peuvent perdre leur capsule par culture.
Culture
Comme tous les germes très répandus dans la nature, S.aureus cultive
facilement sur les milieux usuels, à des conditions de pH et de température variables.
Il est même capable de pousser dans des conditions hostiles, par exemple en
présence de 7 % de ClNa. Ce caractère est mis à profit dans le milieu de culture sélectif
hypersalé de CHAPMAN pour isoler le staphylocoque d'un prélèvement polymicrobien.
En bouillon
S.aureus donne un trouble uniforme en quelques heures
Sur gélose ordinaire les colonies sont lisses, rondes, bombées, brillantes,
opaques, de 1 mm de diamètre. Elles se pigmentent habituellement en jaune doré
(aureus), parfois en jaune citron, et parfois sont non pigmentées
En gélose profonde
S.aureus pousse dans la zone d'aérobiose et dans la zone d'anaérobiose. C'est
donc une bactérie aérobie-anaérobie facultative, capable de se multiplier à la surface
de la peau, en aérobiose et dans les tissus mal oxygénés, plaie profonde par exemple.

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 2) Streptococus

Les bactéries des genres Streptococcus sont des cocci à Gram positif, catalase
négative, à métabolisme anaérobie. Ils regroupent de nombreuses espèces.
Certaines sont des parasites de l'espèce humaine (streptocoques des groupes A, C
et G de LANCEFIELD), d'autres des commensaux de la muqueuse buccale
(streptocoques du groupe B et streptocoques non groupables et non hémolytiques)
ou de la muqueuse génitale (groupe B) ou de l'intestin (anciens streptocoques du
groupe D ou entérocoques considérés maintenant comme faisant partie d'un genre à
part, le genre enterococcus). D'autres encore sont des commensaux des animaux ou
des saprophytes.
Microscope
Les streptocoques sont des cocci de taille et de forme irrégulières, à Gram
positif, groupés en chaînettes plus ou moins longues et flexueuses, immobiles,
acapsulés, asporulés (figure 1).
Culture
Les streptocoques sont des germes exigeants qui ne poussent donc pas sur les
milieux de culture ordinaires. Ceux-ci doivent être additionnés de sérum ou de sang
frais.
 En bouillon les streptocoques poussent en donnant des flocons et un
dépôt au fond du tube dû aux longues chainettes et évoquant de la mie de pain.
 Sur gélose au sang ils donnent de petites colonies grisâtres,
translucides, en grain de semoule, entourées d'une zone d'hémolyse totale (hémolyse
bêta) pour les streptocoques des groupes A, C, G, tandis que les autres streptocoques
donnent une hémolyse partielle (hémolyse alpha) ou pas d'hémolyse du tout.

3) S. pneumoniae
Le genre streptococcus rassemble les streptocoques sensu stricto et le
pneumocoque. Le pneumocoque, Streptococcus pneumoniae, est un diplocoque à
Gram positif, encapsulé, ayant les propriétés métaboliques des bactéries du genre
Streptococcus.

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 Le pneumocoque est un hôte normal (commensal) de l'arbre respiratoire
supérieur (rhino-pharynx) de l'homme. On le trouve d'autant plus souvent que le sujet
est jeune (40 % de portage chez les enfants fréquentant les crèches).
Microscope
Les pneumocoques apparaissent comme des cocci à Gram positif, en flamme
de bougie, encapsulés, groupés par paire (diplocoque), parfois en courtes chaînettes
(figure 3).
Culture
La culture du pneumocoque est aussi difficile que celle des streptocoques. Sur
gélose au sang en anaérobiose ou sous CO 2, le pneumocoque donne des colonies
lisses, transparentes, en goutte de rosée, entourées d'une zone d'hémolyse partielle
(alpha). Par repiquages successifs, les colonies deviennent rugueuses et
correspondent à des pneumocoques ayant perdu leur capsule.

II- TECHNIQUES D’ETUDES ET D’IDENTIFICATION DES ENTEROBACTERIES

La famille des entérobactéries se définit par les caractères suivants :
- Bacilles à Gram négatif (2 à 4 microns de long sur 0,4 à 0,6 microns de
large),
- Mobiles avec ciliature péritriche ou immobiles,
- Poussant sur milieux de culture ordinaires,
- Aérobies - anaérobies facultatifs,
- Fermentant le glucose avec ou sans production de gaz,
- Réduisant les nitrates en nitrites,
- Oxydase négative.
Les entérobactéries sont une famille très hétérogène pour ce qui est de leur
pathogénie et de leur écologie. Les espèces qui composent cette famille sont en effet
soit parasites (Shigella, Yersinia pestis), soit commensales (Escherichia coli, Proteus
mirabilis, Klebsiella sp), soit encore saprophytes (Serratia sp, Enterobacter sp).
1) Salmonella

Les Salmonella sont des entérobactéries dont les caractères essentiels sont de ne
pas fermenter le lactose et de ne pas produire d'uréase. Les Salmonella sont des
parasites de l'homme, des mammifères (rongeurs), des oiseaux (volailles) et des
animaux à sang froid (reptiles). Elles sont responsables, après pénétration par voie

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orale, de nombreuses infections (salmonelloses), notamment des fièvres typhoïde et
paratyphoïdes (maladies à déclaration obligatoire n° 1), des gastro-entérites et des
toxi-infections alimentaires collectives (maladies à déclaration obligatoire n° 12).

Le principal mode de contamination chez l'homme est l'ingestion à partir de l'eau

(S.typhi surtout), des aliments (ex. produits laitiers, œufs, viande) ou d'animaux
familiers porteurs (tortues).

Les fièvres typhoïde et paratyphoïdes sont provoquées par quatre sérovars de

Salmonella, strictement humains, antigéniquement distincts mais de pouvoir
pathogène similaire : S.Typhi, S.Paratyphi A, S. Paratyphi B et S. Paratyphi C. Ces
salmonella sont dites majeures en raison de la gravité de la pathologie qu'elles
provoquent.

Diagnostic biologique

Il repose sur la mise en évidence de la Salmonella responsable (diagnostic direct)

par hémoculture et/ou par coproculture, et/ou sur la mise en évidence d'anticorps
spécifiques par le sérodiagnostic (diagnostic indirect).

Mise en évidence de la Salmonella

• L'hémoculture est le moyen essentiel de faire le diagnostic d'une fièvre

typhoïde.

Comme il y a peu de Salmonella dans le courant sanguin, les hémocultures

doivent être répétées. En l'absence de traitement antibiotique elles sont positives :

— dans 90 % des cas durant la première semaine de la maladie (1 er septennaire)

— dans 75 % des cas durant la deuxième semaine de la maladie (2e septennaire)

— dans 40 % des cas durant la troisième semaine de la maladie (3 e septennaire)

— dans 10 % des cas durant la quatrième semaine de la maladie (4 e septennaire).

La bactérie isolée sera identifiée comme Salmonella par ses caractères

biochimiques.

L'espèce en cause sera ensuite précisée par ses caractères antigéniques. Malgré
la rareté de la résistance acquise aux antibiotiques chez ces espèces un

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antibiogramme viendra compléter l'examen (sensibilité au chloramphénicol, à
l'ampicilline, au cotrimoxazole, etc…).

• La coproculture se fait sur milieu sélectif, avant et après préculture sur milieux
d'enrichissement. Etant donné le faible nombre de Salmonella excrétées dans les
selles, cet examen doit être répété mais cependant reste souvent négatif. La
coproculture n'est donc pas un le meilleur moyen de faire le diagnostic biologique de
la fièvre typhoïde. En revanche, à la fin du traitement, elle est un bon moyen de
s'assurer que le malade n'est pas devenu porteur chronique de Salmonella et donc
qu'il ne constitue pas une source de contamination pour son entourage.

Sérodiagnostic de la fièvre typhoïde

Le sérodiagnostic de WIDAL et FELIX permet de détecter la présence dans le

sang d'anticorps dirigés contre les constituants des Salmonella :

• Les anticorps anti-O apparaissent vers le 7-8e jour, atteignent leur

maximum vers le 14e jour, restent ensuite en plateau jusqu'à la 4 e semaine puis
disparaissent rapidement. Ils n'atteignent jamais un taux plus élevé que 1/200 e à
1/400e.

• Les anticorps anti-H apparaissent vers le 10e jour, montent rapidement

pour atteindre un maximum de 1/800 e à 1/1600e vers le 14e jour, restent en plateau
jusqu'à la 4e semaine et diminuent ensuite. Mais à l'inverse des anticorps anti- O, ils
ne disparaissent pas complètement. Ils persistent toute la vie à un taux de l'ordre de
1/200e.

L'interprétation des résultats du sérodiagnostic peut être délicate :

— Si un sujet atteint de fièvre typhoïde reçoit des antibiotiques très précocement,

les anticorps anti-O peuvent ne pas apparaître et les anticorps anti-H n'atteindre qu'un
taux faible. Parfois, ni les anticorps anti-O ni les anticorps anti-H n'apparaissent.

— Chez certains sujets atteints de fièvre typhoïde véritable et qui n'ont pas été
traités précocement, les anticorps anti-O et anti-H peuvent ne pas apparaître.

— Des récidives de fièvre typhoïde peuvent s'observer même chez des sujets
porteurs de taux élevés d'anticorps anti-O et anti-H (la présence d'anticorps n'assure
pas toujours l'immunité).

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 — La vaccination par le vaccin TAB (antityphoïde et antiparatyphoïde A et B) laisse
persister des anticorps anti TH, AH et BH. Cette signature sérologique ne doit pas en
imposer pour un sérodiagnostic positif.

Au total, le sérodiagnostic de WIDAL et FELIX n'est pas le meilleur moyen de faire

le diagnostic biologique de la fièvre typhoïde.

2) Shigella

Les shigella sont des entérobactéries immobiles extrêmement proches de

Escherichia coli mais qui ne fermentent pas le lactose. Elles n’ont pas d’uréase et ne
produisent pas de gaz. Elles sont parasites de l’homme et entrainent une colite
infectieuse endémo-épidémique, la dysenterie bacillaire (shigellose).

Etude bactériologique

Les Shigella sont immobiles. Elles sont classées en 4 espèces elles-mêmes

divisés en sérotypes selon leurs caractères antigéniques.

— Groupe A : S.dysenteriae

Il en existe 10 sérotypes différents, dont le type 1 s'appelle le bacille de Shiga.

Celui-ci produit aussi une exotoxine protéique qui provoque des troubles paralytiques
chez les sujets atteints.

— Groupe B : S.flexneri

Il en existe 6 sérotypes qui sont responsables de 20 % des shigelloses

observées en France.

— Groupe C : S. boydii

Il en existe 15 sérotypes qui sont très répandus en Afrique mais ne se

rencontrent pas en France sauf s'il s'agit de cas importés.

— Groupe D : S.sonnei

Il existe un seul type, responsable de 80 % des shigelloses observées en

France.

Diagnostic bactériologique

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 Dans les infections à Shigella il est très rare qu'il y ait passage de bactéries
dans le sang ; les hémocultures sont donc le plus souvent négatives et le diagnostic
repose sur l'isolement de Shigella par coproculture.

L'examen macroscopique et microscopique des selles fournit souvent des

éléments de présomption : présence de mucus, de sang et de pus.

La coproculture se fait selon des techniques et sur des milieux sélectifs

identiques à ceux qui sont employés pour la recherche des Salmonella. L'identification
de la Shigella est complétée par un antibiogramme en raison de la fréquence de la
résistance acquise aux antibiotiques chez ces bactéries (les plasmides de résistance
aux antibiotiques ont été découverts chez les Shigella).

3) Yersinia

Entérobactéries immobiles, cultivant lentement, produisant une uréase très active

(base de l'identification) mais pas de tryptophane désaminase, à la différence des
Proteus qui sont aussi uréase.

a) Yersinia pestis

Yersinia pestis est un parasite des animaux et de l'homme, agent de la peste

animale et humaine. Le réservoir est constitué par les rongeurs sauvages (peste
sauvage ou silvatique, endémique). Chez les rats domestiques, la maladie occasionne
des épizooties massives qui sont à l'origine des épidémies humaines. L'agent vecteur
est la puce du rat qui contamine animaux et hommes par piqûre. Il peut exister une
transmission interhumaine par la puce de l'homme, ou par voie aérienne en cas de
forme pulmonaire.

Diagnostic

En cas d'épidémie, le diagnostic est essentiellement clinique. En période

d'endémie, le diagnostic repose sur la mise en évidence du bacille par culture du
produit de ponction du bubon et par hémoculture.

b) Yersinia entérocolitica et pseudotuberculosis

Yersinia enterocolitica et Y.pseudotuberculosis, trouvées chez l'animal (maladie
des rongeurs) et dans l'environnement (sol, eaux), sont surtout les agents d'infections
animales et rarement d'infections humaines.

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 Diagnostic
Il repose sur la mise en évidence du bacille dans les ganglions mésentériques
ou les selles en cas de diarrhée. Il existe un sérodiagnostic par agglutination.
4) Escherichia coli

Escherichia coli (colibacille) est une entérobactérie mobile capable de fermenter

le lactose et de produire de l'indole.

E.coli est un commensal du tube digestif de l'homme et de nombreux animaux.

Il représente à lui seul la plus grande partie de la flore bactérienne aérobie de l'intestin
(espèce aérobie dominante) à raison de 108 par gramme de fèces (flore totale : 1011
à 1012 bactéries par gramme).

Diagnostic bactériologique

1. Dans les infections urinaires, le diagnostic bactériologique repose sur la mise

en évidence à l'examen microscopique d'une réaction cellulaire de défense contre
l'infection (présence de polynucléaires) et en culture d'un nombre élevé d'E.coli. Une
concentration de 103-104/ml est suffisante pour établir le diagnostic d'infection urinaire
basse symptomatique à E.coli (il en est de même pour les autres entérobactéries
possiblement responsables comme Proteus mirabilis, Klebsiella) en cas de
symptomes évocateurs, alors qu'une concentration =10 5/ml permet d'établir le
diagnostic d'infection asymptomatique. Lors d'une pyélonéphrite des concentrations
très élevées (106/ml) sont trouvées. Aucun sérotype n'est plus particulièrement en
cause.

2. Dans les infections locales autres qu'urinaires (péritonites...), le diagnostic est

fait selon les procédés habituels : prélèvements aseptiques, examen microscopique à
la recherche d'une réaction inflammatoire et de bacilles à Gram négatif, culture,
identification et antibiogramme.

3. Dans les diarrhées aiguës, la difficulté est d'individualiser les E.coli «

entéropathogènes » au sein des E.coli commensaux qui provoquent jusqu'à plusieurs
centaines ou milliers de cas à la fois, et peuvent provoquer une complication
redoutable : le syndrome hémolytique et urémique (SHU), dans 5 à 10 % des cas.

— A l'heure actuelle l'entérotoxine ne peut être mise en évidence par des méthodes
de routine. L'avenir est sans doute aux sondes d'ADN permettant par hybridation de
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rechercher soit chez les bactéries isolées des selles, soit dans les selles elles-mêmes,
la présence de gènes codant pour les toxines ou de gènes d'invasivité.

— L'adhérence se met en évidence par incubation sur culture cellulaire

(impraticable en routine).

— Les sérotypes d'E.coli des G.E.I. (EPEC) se mettent en évidence par

agglutination sur lame avec des anticorps de collection.

— Le sérotype 0157-H7 (EHEC) se met en évidence par son caractère sorbitol -

(milieu spécifique).

4. Les colibacilles étant excrétés en quantité abondante dans les matières fécales,
leur présence dans l'eau ou les aliments est le témoin d'une contamination fécale
(indicateur) et du risque que ceux-ci puissent également contenir des bactéries
(salmonella, shigella, vibrions cholériques) ou des virus (poliomyélite, hépatite)
pathogènes d'origine fécale. C'est pourquoi la numération des colibacilles fait partie
de toute analyse de bactériologie alimentaire.

4) Autres entérobactéries commensales

a) Proteus mirabilis

Ce sont des bactéries très mobiles (pouvant envahir les milieux de culture) qui
se distinguent facilement des autres entérobactéries par leurs caratères biochimiques
(uréase +, tryptophane désaminase +) et leur résistance naturelle à la colistine. C'est
un commensal du tube digestif.

Proteus mirabilis vient au second rang, après E.coli, dans l'étiologie des
infections urinaires de ville (10 % des cas). C'est une espèce bactérienne
habituellement sensible aux antibiotiques.

b) Klebsiella

Ce sont des entérobactéries qui ont un métabolisme fermentaire particulier,

c'est-à-dire qui produisent de l'acétoïne (elles sont dites V.P+, c'est-à-dire réaction de
Voges-Proskauer positive). Espèces commensales des voies aériennes supérieures
et du tube digestif, Klebsiella provoque des infections urinaires (5 % des infections en
ville) et des surinfections des bronches chez les bronchitiques chroniques, voire des

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abcès du poumon. Klebsiella est naturellement résistante à l'ampicilline par production
de pénicillinase chromosomique.

5) Entérobactéries saprophytes

Les autres entérobactéries sont des bactéries occasionnelles et transitoires du

tube digestif, mais sont surtout des bactéries saprophytes (environnement). Dénuées
de pouvoir pathogène propre, elles jouent surtout le rôle de bactéries opportunistes
lors d'infections nosocomiales (urologie, réanimation).

Ce sont essentiellement Enterobacter et Serratia (qui comme les Klebsiella sont

VP +), Citrobacter freundii, Morganella morganii, Providencia. Toutes ces espèces
sont naturellement résistantes à l'ampicilline et aux céphalosporines de 1ère
génération par production de céphalosporinase chromosomique inductible.

III-TECHNIQUES D’ETUDES ET D’IDENTIFICATION DES MYCOBACTERIES

Les bactéries du genre Mycobacterium sont des bacilles qui ne se colorent pas
facilement mais qui, une fois colorés, résistent à la décoloration par l'acide et l'alcool
et sont de ce fait dits « acido-alcoolo-résistants ». Le genre comprend de nombreuses
espèces saprophytes ou commensales et des espèces pathogènes dont les deux
principales sont : Mycobacterium tuberculosis, agent de la tuberculose, et
Mycobacterium leprae, agent de la lèpre.
a) Mycobacterium tuberculosis

M.tuberculosis est un parasite strict de l'espèce humaine. La transmission

interhumaine est habituellement directe et se fait par voie aérienne. Les animaux
familiers de l'homme peuvent occasionnellement être contaminés.

Microscope

M.tuberculosis est un bacille immobile sans capsule et sans spore. Après

coloration de ZIEHLNEELSEN (fuchsine phéniquée à chaud, décoloration par acide-
alcool, recoloration par le bleu de méthylène), il apparaît comme un bacille rouge de
0,2 à 0,3 micron de large sur 3 à 5 microns de long, légèrement incurvé, à extrêmités
arrondies.

Culture

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 M.tuberculosis ne pousse pas sur les milieux usuels. Il nécessite des milieux
très enrichis. Le plus employé est un milieu à l'œuf, le milieu de LOEWENSTEIN-
JENSEN. Sur ce milieu il donne des colonies de teinte crème-beige, sèches, à surface
rugueuse, en chou-fleur, tout à fait caractéristiques. Fait important, les colonies
n'apparaissent qu'en 21 jours en moyenne (temps de division de M.tuberculosis = 20
heures).

Diagnostic direct

Le diagnostic de certitude de la tuberculose repose sur la mise en évidence de

Mycobacterium tuberculosis dans les prélèvements pathologiques : crachats et
tubages gastriques pour la tuberculose pulmonaire ; urines, liquides de ponction des
séreuses, etc… pour les autres localisations tuberculeuses.

L'examen microscopique des frottis colorés par la méthode de ZIEHL-NEELSEN

permet de mettre en évidence des bacilles acido-alcoolo-résistants (b.a.a.r.). Lorsqu'il
est positif il permet un diagnostic de forte présomption de tuberculose.

— La culture permet l'identification biochimique et l'antibiogramme des bacilles

isolés. Elle seule permet le diagnostic de certitude de la tuberculose. Etant donné la
lenteur de multiplication du bacille de la tuberculose et la pousse rapide des autres
germes sur le milieu de LOEWENSTEIN-JENSEN, les produits pathologiques
contenant une flore associée doivent être décontaminés avant d'être ensemencés. La
décontamination se fait par des antiseptiques (soude ou acide) auxquels le bacille de
la tuberculose est moins sensible que les autres germes.

— Une sonde à ADN correspondant à une séquence ribonucléotidique

spécifique (ARN ribosomal) du complexe tuberculosis est aujourd'hui disponible. Elle
permet d'identifier en quelques heures les bacilles de la tuberculose isolés en culture.

— L'amplification génique (« PCR ») qui devait théoriquement permettre de

détecter dans un produit pathologique quelques bacilles en quelques heures
seulement est pour l'instant plutôt décevante.

Diagnostic indirect

— L'intradermoréaction à 10 unités de tuberculine injectées par voie

intradermique sous le volume de 0,1 ml, lue à la 72e heure, permet uniquement de

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savoir si le sujet a ou non déjà été infecté soit d'une manière spontanée (primo-
infection par M.tuberculosis), soit d'une manière artificielle (vaccination par le B.C.G.).

— Il n'y a pas actuellement de sérodiagnostic fiable de la tuberculose.

b) Mycobacterium bovis

Agent de la tuberculose bovine, M.bovis est aussi pathogène pour l'homme que
M.tuberculosis. La contamination se fait par voie aérienne au contact des animaux
malades ou par absorption de lait de vache contaminé. Agent rare en France, il est
plus fréquent dans les pays où la surveillance du bétail est insuffisante (Maghreb...).

M.bovis se distingue aisément de M.tuberculosis par ses caractères culturaux

(colonies minuscules, blanches, à surface lisse, qui apparaissent en plus d'un mois à
l'isolement) et ses caractères biochimiques (micro-aérophile, niacine négative, nitrate
négatif).

Le diagnostic et le traitement des infections à M.bovis sont similaires à ceux des

infections à M.tuberculosis.

La prévention contre l'infection par M.bovis repose sur la pasteurisation

obligatoire du lait et l'abattage obligatoire des bovidés réagissant positivement à la
tuberculine.

c) Mycobacterium africanum

En Afrique de l'Ouest et en Afrique Centrale, on trouve dans une proportion

importante de cas (20 à 50 %) une variété de bacilles de la tuberculose dont les
caractères culturaux et biochimiques sont intermédiaires entre ceux de M.tuberculosis
et ceux de M.bovis. Cette variété d'intérêt épidémiologique a été dénommée
M.africanum.

d) Mycobactéries atypiques

Il existe dans la nature de nombreuses mycobactéries autres que celles de la

tuberculose humaine ou bovine et dont les caractères culturaux et biochimiques sont
tout à fait particuliers. Ces mycobactéries ont été appelées mycobactéries atypiques.

Certaines sont parasites des animaux (M.avium, M.marinum...), d'autres sont

saprophytes (M.gordonae, M.chelonae, M.flavescens...). Elles sont habituellement

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isolées en tant que contaminant des cultures mais, à des degrés divers, toutes sont
susceptibles de se multiplier chez l'homme et de provoquer des maladies simulant la
tuberculose que l'on appelle mycobactérioses. Celles-ci apparaissent essentiellement
chez les sujets présentant un déficit immunitaire local (lésions cavitaires pulmonaires
résiduelles) ou général de nature thérapeutique (greffés) ou pathologique (cancer,
SIDA). Leur diagnostic est purement bactériologique. M.avium est la mycobactérie
atypique la plus souvent isolée chez les malades atteints de Sida chez lesquels elle
est à l'origine d'infections généralisées septicémiques. L'hémoculture est alors le
meilleur moyen de faire le diagnostic. Le traitement des mycobactérioses est très
difficile en raison de l'habituelle résistance naturelle des mycobactéries atypiques aux
antibiotiques antituberculeux. La clarithromycine, un nouveau macrolide proche de
l'érythromycine, est cependant actif sur M.avium.

e) Mycobactérium leprae

Considérée souvent comme une maladie du Moyen-Age qui aurait maintenant

disparu, la lèpre est une maladie d'actualité dans les pays en développement avec 600
000 à 800 000 nouveaux-cas chaque année.

L'agent responsable de la lèpre, M.leprae, est une mycobactérie non cultivable

sur les milieux de culture artificiels mais seulement in vivo dans le coussinet plantaire
de la souris. Le diagnostic de la lèpre est clinique et le rôle du laboratoire est de mettre
en évidence le bacille après l'examen microscopique des prélèvements cutanés, de la
cultiver et de mesurer sa sensibilité aux antibiotiques chez la souris.

Il n'y a pas de sérodiagnostic fiable de la lèpre.

IV- TECHNIQUES D’ETUDES ET D’IDENTIFICATION DES SPIROCHETES

Les spirochètes sont des micro-organismes spiralés (hélicoïdaux), flexibles, à
parois très minces. Ils se déplacent par ondulations du filament axial qui est constitué
par deux ou trois touffes de flagelles polaires (les fibrilles) situées entre la membrane
cytoplasmique et la paroi cellulaire.
Les spirochètes sont des bactéries très répandues. Certains sont des
commensaux des muqueuses humaines, notamment des muqueuses buccales,
digestives et génitales. D'autres, qui sont pathogènes, sont rangés dans les genres
Treponema, Borrelia et Leptospira.
1) Genre treponema
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 Quatre types de tréponèmes sont pathogènes pour l'homme. Treponema
pallidum est l'agent de la syphilis, probablement introduite en Europe au 15 e siècle par
les marins de Christophe COLOMB. Il est mis en évidence pour la première fois en
1905 par SCHAUDINN et HOFFMANN, tandis qu'en 1906 WASSERMANN applique
au sérodiagnostic de la syphilis, la réaction de fixation du complément décrite par
BORDET.

Treponema pertenue est l'agent du pian, responsable de lésions cutanéo-

osseuses chez les enfants, dans les régions tropicales humides (aux Antilles par
exemple).

Treponema carateum est l'agent de la pinta, ou maladie cutanée qui frappe les
enfants et adolescents des régions tropicales d'Amérique Centrale et du Sud.

Treponema pallidum, variété endémique, est responsable du Béjel, ou maladie

cutanéo-muqueuse qui touche les enfants et adultes des régions désertiques.

a) La maladie syphilitique

Comme toutes les tréponématoses (pian, pinta, béjel), elle présente deux
stades :

• Un stade précoce qui couvre la période initiale d'évolution de deux ans,

• Un stade tardif qui groupe les accidents survenant après deux ans d'évolution.

La syphilis est une maladie strictement humaine. L'infection humaine est

habituellement transmise par contact sexuel et, dans la plupart des cas, la lésion
infectante siège sur la peau ou la muqueuse des organes génitaux. Toutefois, dans 10
% des cas, la lésion primaire est extragénitale (buccale, rectale).

Morphologie

Treponema pallidum a de 5 à 15 microns de long sur 0,2 micron de large. Ses

spires sont régulièrement espacées les unes des autres de 1 micron. Sa mobilité est
caractéristique : rotation et flexion sinusoïdales. Treponema pallidum ne se colore pas
bien par les colorants habituels. On l'observe habituellement à l'état frais au
microscope à fond noir, ou après coloration spéciale (immunofluorescence,
imprégnation argentique).

Les prélèvements
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 Les prélèvements à faire sont des frottis de la sérosité dermique du chancre et
des lésions secondaires provoquées par grattage des lésions avec un vaccinostyle
pour recherche microscopique du germe, et des prélèvements de sang pour recherche
des anticorps (sérodiagnostic).

Culture

Treponema pallidum, comme tous les tréponèmes pathogènes, n'a pas encore
été cultivé sur milieu artificiel. Seuls existent actuellement des milieux de survie.

Considérés longtemps comme anaérobies stricts, il est prouvé qu'ils peuvent

fixer l'oxygène grâce à une chaine de transport d'électrons. Ce sont des
microaérophiles.

Structure antigénique

En l'absence de culture, la structure antigénique de Treponema pallidum est

peu connue. Toutefois, Treponema pallidum stimule le développement, chez l'homme,
d'anticorps capables de colorer Treponema pallidum par immunofluorescence
indirecte, d'immobiliser et de tuer Treponema pallidum vivant, et de fixer le
complément en présence de suspension de Treponema pallidum ou de spirochètes
voisins.

Treponema pallidum déclenche aussi la formation d'un anticorps - appelé

réagine - qui positive des réactions de fixation du complément et des réactions de
micro-agglutination avec des suspensions aqueuses de lipides extraits de tissus
animaux (cardiolipide) fixés sur des cristaux de cholestérol.

Pouvoir pathogène expérimental

Le lapin peut être expérimentalement inoculé par voie cutanée, oculaire et

testiculaire avec Treponema pallidum. L'animal fait un chancre riche en tréponèmes.
Les tréponèmes vont persister pendant toute la vie de l'animal dans les ganglions
lymphatiques, la rate et la moelle osseuse. Le singe fait expérimentalement des
lésions primaires et secondaires très semblables à celles de l'homme ; il est le seul
animal sensible à l'infection par Treponema carateum.

2) Borrelia

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 1. Les Borrelia sont des bactéries irrégulièrement spiralées responsables des
Fièvres récurrentes (ou borrélioses). Les rongeurs sauvages sont les réservoirs de
virus et les pous ou les tiques, les agents de transmission. La maladie se traduit par
une septicémie à rechutes avec tuphos, arthralgies, signes méningés et parfois
hépato-spléniques et rénaux. La courbe thermique traduit un état fébrile brutal et
intense, faisant se succéder des phases fébriles et des phases d'apyréxie.

Le diagnostic de la maladie se fait par la mise en évidence du germe à l'examen

microscopique du sang (centrifugation, goutte épaisse). Pas de sérodiagnostic.

Le traitement est basé sur l'administration d'ampicilline, de tétracycline ou de

chloramphénicol. La prophylaxie repose sur la lutte contre les vecteurs (hygiène
corporelle, vestimentaire et de l'habitat, insecticides).

2. Une forme récemment reconnue (1983) de borreliose, due à B.burgdorferi,

transmise par une tique et dont le réservoir du germe est constitué de mammifères
sauvages ou domestiques, est la maladie de LYME. Cette maladie est caractérisée
par des manifestations cutanées (erythema chronicum migrans), articulaires
(oligoarthrites touchant les grosses articulations), neurologiques (méningite
lymphocytaire) et cardiaques (troubles de la conduction) évoluant par poussées
successives. Le diagnostic biologique repose sur le sérodiagnostic et le traitement sur
l'administration de tétracycline ou de β-lactamine (ceftriaxone pour les formes
méningées).

3) Les leptospira

Les leptospires sont de fins spirochètes responsables de la leptospirose ictéro-

hémorragique (Maladie à déclaration obligatoire nº 18). Les réservoirs de germes sont
les rongeurs (rat, souris), mais aussi les chiens, les porcs et les bovidés qui éliminent
le germe dans leurs urines. La contamination humaine se fait par absorption d'eau ou
d'aliments contaminés, ou par voie muqueuse ou cutanée (maladie des égoutiers). La
maladie se traduit par une hépato-néphrite avec atteinte méningée. Son diagnostic
biologique est surtout sérologique (sérodiagnostic de Martin et Petit). Son traitement
curatif repose sur l'administration de pénicilline.

V- TECHNIQUES D’ETUDES ET D’IDENTIFICATION DES BACTERIES

ANAEROBIES STRICTE (SPORULE ET NON SPORULE)

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 1) Bacilles anaérobies sporules

Les bacilles anaérobies sporulés appartiennent tous au genre Clostriduim. La

plupart d’entre eux décomposent les protéines ou produisent des toxines, et certaines
font les deux. Leur habitat naturel est le sol ou le tube digestif des animaux et de
l’homme. La plupart des espèces sont des saprophytes. Parmi les pathogènes, les
principaux sont les clostridia botulisme, du tétanos et de la gangrène gazeuse.

a) Clostridium botulinum

Clostridium botulinum est l'agent du botulisme.

Clostridium botulinum est une bactérie tellurique que l'on peut trouver
occasionnellement dans l'intestin des animaux. Ses spores peuvent contaminer les
légumes, les fruits et d'autres produits. Actuellement, le principal danger réside dans
les conserves familiales, notamment des haricots verts, petits pois, les poissons
fumés, les poissons frais gardés sous vide et le jambon cru. Entre 1971 et 1978 (J.O.),
567 cas de botulisme ont été déclarés en France dont 15 mortels. On considère qu'il
y a en moyenne 20 à 50 cas déclarés par an.

Caractères bactériologiques

— Bacille mobile, jamais isolé chez l'homme (il s'agit d'une intoxication), parfois
dans l'aliment. Il est très protéolytique et très glucidolytique.

— La spore a une thermo-résistance élevée. Elle résiste 3 à 5 heures au

chauffage à 100ºC et il faut chauffer au moins 15 minutes à 120ºC pour la détruire (ce
qui est fondamental dans l'industrie des conserves alimentaires).

Diagnostic

Le diagnostic clinique repose sur les troubles paralytiques (vision) et la notion

de contamination (parfois collective) après consommation d'un même aliment.

Le diagnostic biologique repose sur la recherche de la toxine dans l'aliment

incriminé (méthode des souris protégées avec des immuno-sérums spécifiques) et
dans le sérum des malades. Cette recherche se fait dans des laboratoires spécialisés.

b) Clostridium tétani

Clostridium tetani est l'agent du tétanos.

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 Clostridium tetani, découvert en 1885 par NICOLAIER, se retrouve partout dans
le sol où il survit sous sa forme sporulée. Commensal du tube digestif de plusieurs
espèces animales (cheval, bovins, ovins), il est éliminé par les selles et sporule sur le
sol. Il est particulièrement abondant dans les zones de pacage des animaux et à
l'emplacement des anciennes écuries.

Caractères bactériologiques

Bacille mobile à Gram positif. La spore est terminale, déformante et donne au

bacille un aspect en clou ou en baguette de tambour

Diagnostic

Le diagnostic clinique repose sur la constatation des contractures et la notion

de blessure antérieure. On peut éventuellement rechercher Clostridium tetani dans les
tissus contaminés mais cette recherche n'a aucun intérêt diagnostique ou
thérapeutique

c) Clostridia de la gangrène gazeuse

La gangrène gazeuse est une infection grave consécutive à l'introduction dans

une plaie de terre ou de matières fécales souillées de spores de Clostridium. Le
principal Clostridium qui provoque la gangrène gazeuse est C.perfringens.

C.perfringens est présent dans le sol, dans le tube digestif de l'homme et des
animaux. On le trouve dans les voies génitales féminines dans 5 % des cas.

Caractères bactériologiques de C.perfringens

C.perfringens se distingue des autres Clostridia par son immobilité et l'existence

d'une capsule. En culture, il est fortement hémolytique et produit une quantité
importante de gaz par fermentation (gangrène gazeuse !).

Il secrète une exotoxine protéique qui est une phospholipase (lécithinase) qui
désorganise les membranes cellulaires, en particulier musculaires. Cette toxine est
aussi une hémolysine. Elle est antigénique.

C.perfringens secrète également une désoxyribonucléase (DNase), une

hyaluronidase et une collagénase dont l'action favorise l'extension de l'infection à
C.perfringens.

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 Enfin, certaines souches, responsables d'intoxication alimentaire, secrètent une
entérotoxine, thermolabile, voisine de l'entérotoxine d'E.coli.

Diagnostic

Prélèvements de tissu, de pus et de sérosités au niveau de la plaie.

Hémocultures au cours des syndromes septicémiques.

Examen microscopique : la présence de grands bacilles à Gram positif,

éventuellement sporulés, est très évocatrice.

Culture sur gélose au sang placée en atmosphère anaérobie et sur bouillon

anaérobie. L'hémolyse, la production importante de gaz et l'inhibition de l'effet de la
lécithinase (observés lors de culture sur gélose au jaune d'œuf) par le sérum
spécifique rendent le diagnostic bactériologique aisé.

d) Les colites pseudomembraneuses provoquées par les clostridia

Après l'administration prolongée de certains antibiotiques (beta-lactamines,

lincosamines), certains sujets font des colites pseudomembraneuses. Celles-ci sont
consécutives à la sélection par les antibiotiques de Clostridium difficile qui est
naturellement résistant aux antibiotiques et qui, en proliférant dans le colon, produit
une toxine nécrosante. L'évolution peut être mortelle si on n'arrête pas immédiatement
l'antibiothérapie et si on n'administre pas, par voie orale, un antibiotique actif sur
C.difficile : soit le métronidazole, soit la vancomycine (0,5 g toutes les 6 heures). Le
diagnostic étiologique est apporté par la recherche de la toxine de C.difficile dans les
selles. Certaines souches ne produisant pas de toxine, la mise en évidence de
C.difficile dans les selles par culture n'est pas suffisante pour faire le diagnostic.

2) Les bacilles non sporules

a) Corynebactérium diphteriae

Les corynébactéries sont des bacilles à Gram positif, immobiles et asporulés,

souvent granuleux et à extrêmités élargies. Leur groupement en palissades ou en
lettres de l'alphabet est souvent caractéristique. De nombreuses espèces font partie
de la flore normale de l'arbre respiratoire, des autres muqueuses et de la peau.
Corynebacterium diphteriae sécrète une toxine qui est responsable de la diphtérie.

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 Corynebacterium diphteriae est un parasite strict de l'espèce humaine. Il se
transmet directement d'individu à individu par voie respiratoire. Les agents de
contamination sont les malades ou les porteurs sains.

Microscope

Bacille à Gram positif, immobile, sans spore ni capsule. Il est légèrement

incurvé, avec des extrêmités arrondies, en massue, en haltères, et donne des
groupements caractéristiques en paquets d'épingles, en palissades, en lettres
chinoises. La coloration met en évidence des granulations métachromatiques, de
siège polaire (figure 1).

Culture

Corynebacterium diphteriae pousse sur la majorité des milieux de culture

usuels. Mais la culture est favorisée par la présence de sang ou de sérum. Sur le milieu
de LOEFFLER, au sérum coagulé,

Diagnostic bactériologique

Le diagnostic bactériologique a pour but de confirmer l'impression clinique et a

beaucoup d'importance épidémiologique. Mais il ne doit jamais faire retarder le
traitement si le tableau clinique est très évocateur de diphtérie.

L'examen microscopique du prélèvement de gorge et de la fausse membrane

peut montrer des formes bacillaires granuleuses caractéristiques. La culture sur sérum
de bœuf coagulé permettra d'isoler en 18 heures des colonies suspectes dont il faudra
montrer qu'elles sont productrices de toxine. L'inoculation au cobaye et l'immuno-
diffusion en gel (test d'ELEK) sont les deux méthodes de choix pour révéler la
production de toxine.

b) Listéria monocytogènes

Les bactéries du genre Listeria sont des petits bacilles à Gram positif, à
extrémités arrondies, asporulés, non acido-alcoolo-résistant, mobiles à 20-25ºC. Il
existe 7 espèces, mais seule l'espèce L.monocytogenes joue un rôle en pathologie
humaine.

Les Listeria sont des germes ubiquitaires que l'on trouve dans le sol, sur les
plantes et dans les eaux (saprophytes). Elles sont très résistantes au milieu extérieur
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(plusieurs années à + 4 ºC). Elles sont aussi des hôtes des êtres vivants (portage
intestinal asymptomatique de Listeria chez les animaux et l'homme). Ce sont enfin des
bactéries des aliments : Listeria est fréquente dans les produits laitiers, lait cru ou
fromage (croute). La pasteurisation correctement réalisée détruit les Listeria. On la
trouve aussi dans les produits carnés, dans les produits de la mer, dans les légumes.
C'est une bactérie psychrophile se développant à des températures > 4 ºC, ce qui pose
des problèmes pour la conservation prolongée des aliments.

La listériose peut survenir par épidémies liées à des lots d'aliments contaminés
(épidémie d'environ 300 cas dont 50 mortels en 1992 en France).

Diagnostic bactériologique

Il repose sur l'isolement et l'identification de la bactérie. L'intérêt du diagnostic

sérologique par séro-agglutination (taux critique 1/320) est discuté.

Prélèvements : sang, LCR, placenta, lésions diverses. Examen microscopique

et techniques de culture habituels. Possibilité d'enrichissement des produits
pathologiques polymicrobiens par la méthode de GRAY (culture à +4ºC).

VI- TECHNIQUES D’ETUDES ET D’IDENTIFICATION DES MYCOPLASMES ET

CHLAMIDIA
1) Les mycoplasmes

Les Mycoplasmes sont des bactéries atypiques qui appartiennent au groupe des
mollicutes. Ils sont caractérisés par l'absence de paroi cellulaire et la petite taille de
leur génome. En raison de leur petite taille et de leur capacité à parasiter les cellules
hôtes, ils sont souvent appelés « bactéries furtives ». Les Mycoplasmes peuvent
infecter une grande variété d'animaux et de plantes, y compris les humains.

Les Mycoplasmes sont des organismes ubiquitaires, ce qui signifie qu'ils sont
présents dans de nombreux habitats différents. Ils peuvent être trouvés dans le sol,
l'eau, l'air, les plantes, les animaux et les humains.

Pouvoir pathogène

Les Mycoplasmes sont des pathogènes importants chez les humains et les animaux.
Ils sont responsables d'une variété de maladies, allant de l'infection respiratoire légère
à la pneumonie grave, en passant par la méningite, l'arthrite et l'infection génitale.

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 Épidémiologie

Les Mycoplasmes sont souvent transmis d'une personne à l'autre par contact
direct ou par l'intermédiaire d'aérosols. Ils peuvent également être transmis par voie
sexuelle ou de la mère à l'enfant pendant la grossesse.

Caractères bactériologiques

Les Mycoplasmes sont des bactéries dépourvues de paroi cellulaire. Ils ont une
membrane plasmique qui est renforcée par des lipoprotéines. Cette membrane
plasmique contient des protéines adhésives qui permettent aux Mycoplasmes de
s'attacher aux cellules hôtes.

Les espèces

Les Mycoplasmes et les Ureaplasma sont des genres de bactéries qui appartiennent
à la classe des Mollicutes, caractérisée par la présence d'une membrane plasmique
sans paroi cellulaire rigide.

Voici quelques espèces de Mycoplasmes et Ureaplasma :

Mycoplasmes :

 Mycoplasma pneumoniae : une espèce responsable de pneumonies

atypiques chez l'homme.

 Mycoplasma genitalium : une espèce impliquée dans les infections

sexuellement transmissibles, notamment l'urétrite non gonococcique chez les
hommes et la cervicite chez les femmes.

 Mycoplasma hominis : une espèce qui colonise normalement le tractus génital

chez les femmes, mais qui peut causer des infections génitales, des infections
urinaires et des infections néonatales chez les nouveau-nés.

 Mycoplasma bovis : une espèce qui affecte les bovins et peut causer des
infections respiratoires, des infections de la mamelle et des infections
arthritiques.

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Ureaplasma :

 Ureaplasma urealyticum : une espèce qui colonise normalement le tractus

génital chez les hommes et les femmes, mais qui peut causer des infections
urinaires, des infections génitales et des infections chez les nouveau-nés
prématurés.

 Ureaplasma parvum : une espèce qui a été récemment identifiée et qui est
similaire à U. urealyticum dans sa pathogénicité potentielle

Diagnostic

Les Mycoplasmes sont des bactéries atypiques dépourvues de paroi cellulaire, ce

qui les rend difficiles à détecter et à cultiver en laboratoire. Pour diagnostiquer une
infection à Mycoplasme, plusieurs méthodes peuvent être utilisées :

1. La culture bactérienne : Les Mycoplasmes peuvent être cultivés sur des

milieux de culture spéciaux, mais la croissance est lente et peut prendre
plusieurs semaines. Cette méthode est donc peu utilisée en pratique clinique.
Les galeries de culture et d’identification des myoplasmes sont disponibles sur
le marché.

2. La microscopie : Les Mycoplasmes sont visibles au microscope électronique

en raison de leur petite taille et de leur forme atypique. Cette méthode est peu
utilisée en pratique clinique car elle nécessite des équipements spécialisés.

Culture

Les Mycoplasmes sont difficiles à cultiver en laboratoire car ils ont des
exigences nutritionnelles spéciales et une croissance très lente. Les milieux de culture
spéciaux sont nécessaires pour cultiver les Mycoplasmes.

2) Les Chlamydia
Les Chlamydiaceae sont une famille de bactéries intracellulaires strictes qui ont
une importance considérable en médecine humaine et vétérinaire. Elles sont
responsables d'un large éventail de maladies, allant des infections des voies
respiratoires supérieures et génitales à l'arthrite, à la conjonctivite et à la pneumonie.

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 Les Chlamydiaceae vivent dans les cellules épithéliales et sont transmises par
contact direct avec des sécrétions corporelles infectées, telles que les sécrétions
génitales ou respiratoires.

Pouvoir pathogène
Les Chlamydiaceae sont responsables d'un large éventail de maladies, allant
des infections des voies respiratoires supérieures et génitales à l'arthrite, à la
conjonctivite et à la pneumonie. Ils peuvent causer des infections chroniques et
récurrentes.
Épidémiologie
Les Chlamydiaceae sont très répandues dans le monde entier, en particulier chez les
jeunes sexuellement actifs. Les infections à Chlamydia sont l'une des infections
sexuellement transmissibles les plus courantes.

Caractères bactériologiques
Les Chlamydiaceae sont des bactéries Gram-négatives, mais elles ne peuvent
pas être colorées par la coloration de Gram. Elles ont une forme ronde ou ovale et
sont incapables de se déplacer par elles-mêmes.
Les espèces
Les Chlamydiaceae comprennent plusieurs espèces, dont les plus importantes
sont Chlamydia trachomatis, Chlamydia pneumoniae et Chlamydia psittaci.
Diagnostic
Le diagnostic des infections à Chlamydia repose sur des tests de détection de
l'ADN de la bactérie dans les échantillons prélevés sur les zones infectées, tels que
les sécrétions génitales ou les prélèvements nasopharyngés.
Culture
Les Chlamydiaceae ne peuvent pas être cultivées sur des milieux de culture
classiques, car elles ont besoin de cellules hôtes pour se reproduire.
VII- TECHNIQUES D’ETUDES ET D’IDENTIFICATION DES LEPTOSPIRES
La leptospirose est une anthropozoonose associée à une bactérie qui, émise par
les urines d'animaux infectés, survit dans l'environnement (eaux douces). L’homme
est un hôte accidentel contaminé soit par voie directe (contact avec un animal infecté)
soit, le plus souvent, par voie indirecte (contact avec les eaux douces ou des sols
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souillés par des urines ou tissus d’animaux infectés). Certaines professions sont plus
particulièrement exposées (maladie professionnelle). Plus de 230 sérovars, regroupés
en 23 sérogroupes, ont été impliqués en pathologie humaine, et 7 espèces pathogènes
sont associées à la maladie humaine et animale.

Réservoir animal
* Diversité extrême des espèces animales réservoirs : - domestiques: bovins,
porcins, petits ruminants, chiens - sauvages : suidés, cervidés, primates, rongeurs
(+++), batraciens
* Existence d’hôtes préférentiels, non exclusifs, pour certains sérovars qui
explique les différents faciès épidémiologiques de la maladie: rats (R. rattus et R.
norvegicus) pour icterohaemorrhagiae; campagnol pour grippotyphosa ; chien pour
canicola; bovins et ovins pour hardjo; porcs, suidés sauvages et bovins pour
pomona.

Survie dans l’environnement

Pas de multiplication dans le milieu extérieur. Survie jusqu’à 6 mois dans l'eau,
les sols boueux à pH légèrement alcalin, d'une salinité très faible et en l'absence de
rayonnements ultraviolets.

Modes de transmission à l’homme

Pénétration par les muqueuses intactes (conjonctives, muqueuse naso-

pharyngée, poumons en cas d’inhalation d’eau) et par des plaies ou excoriations
cutanées.

* Contact direct

Avec le germe (personnel de laboratoire), ou avec des animaux infectés ou

leurs organes (éleveurs, vétérinaires, employés d'abattoir, bouchers, employés de
tanneries...)

* Contact indirect (le plus fréquent)

- Travail en environnement contaminé par l'urine d’animaux infectés (égoutiers,

agents de voirie, éboueurs, dératiseurs, agents de stations d'épuration, d'entreprises

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de travaux publics, agriculteurs travaillant en terrain humide ou en rizières, forestiers,
...).

- Pratique de loisirs aquatiques (baignades, planche à voile, canoë-kayak), de

la chasse et de la pêche en eau douce.

- Situation de catastrophe naturelle (inondations, cyclones), par contact

prolongé avec les eaux de surface et proximité hommes / micro mammifères.

- Transmission interhumaine exceptionnelle (urinaire, sexuelle,

transplacentaire, allaitement).

Physiopathogénie

La première phase de l'infection est liée au passage transcutané ou

transmuqueux dont le processus reste inconnu. Les leptospires peuvent traverser la
peau saine et leur mobilité contribue à leur diffusion dans l'organisme hôte. Il n’y a pas
d'afflux de cellules inflammatoires au point d'entrée. Leur multiplication s’effectue dans
le sang et dans les organes cibles, avec un temps de génération de 8 heures environ.

La réponse immunitaire humorale est détectée dès le huitième jour chez

l'homme. Ces anticorps sont opsonisants et mettent en jeu la phagocytose par les
macrophages et les polynucléaires. Les leptospires peuvent aussi être lysés par le
système anticorps/complément.

Néanmoins, la possibilité d'être plus ou moins protégés d'une réponse

immunitaire humorale très efficace est bien documentée par la possibilité d’isolements
tardifs de leptospires dans le sang et par les études de cinétique de l’infection via
l’amplification génique (PCR). L’induction d’une apoptose des macrophages a été
démontrée in vitro. Le foie semble jouer un rôle fondamental dans la phase initiale de
la maladie puisque, in vivo, les leptospires y induisent une apoptose des hépatocytes
à même de favoriser leur multiplication La colonisation des autres organes cibles
(cœur, reins, méninges, etc) semble s’effectuer via un second passage dans la
circulation générale. Enfin, des capacités invasives des

leptospires pour les cellules eucaryotes, via l'endocytose médiée par récepteur,
ont été montrées in vitro.

Diagnostic biologique

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 Le diagnostic est difficile en début de maladie, vu le polymorphisme clinique.
En zone tempérée, c’est le contexte épidémiologique et le bilan biologique non
spécifique (NFS, bilan inflammatoire) qui seront déterminants pour exclure l’hypothèse
virale. En zone tropicale, les diagnostics différentiels d’une arbovirose (dengue ++) et
du paludisme sont au premier plan

Il s'agit d'une recherche particulière, d'où une demande précise auprès du

biologiste selon la chronologie suivante : culture et/ou amplification génique (PCR) dès
la prise en charge du patient puis sérologie (à partir du 8 ème jour pour le premier test).
Ces trois approches sont complémentaires pour le diagnostic biologique de la
leptospirose.

- Prélèvements séquentiels : Hémoculture durant les 10 premiers jours suivant

l'apparition de la fièvre. LCR durant la deuxième semaine de la maladie ; urocultures
à partir de la troisième semaine (rentabilité faible).

- L'examen direct au microscope à fond noir est à proscrire à cause des faux
positifs (débris cellulaires, fibrine).

- La culture s'effectue sur des milieux particuliers (tween-albumine EMJH,

liquide ou partiellement gélosé) à 30°C à l'obscurité durant 2 mois. L'agitation des
cultures facilite la croissance (métabolisme aérobie). Un examen hebdomadaire est
effectué au microscope à fond noir

Sensibilité aux antibiotiques

- Ces bactéries sont sensibles à la quasi totalité des antibiotiques. In vitro,

l'ampicilline et le céfotaxime ont les CMI et CMB les plus basses. Chez le hamster
infecté expérimentalement, la doxycycline assure une élimination complète des
leptospires, y compris au niveau rénal. Chez l'homme, l'efficacité a été démontrée par
des études randomisées vis-à-vis de la doxycycline et de la pénicilline G. Ainsi le
traitement des formes sévères s'appuiera sur la pénicilline G (6 millions d'UI par 24
heures par voie IV sur une semaine, prolongé selon l'évolution clinique). L' ampicilline
per os (2 g/j) est indiquée dans les formes mineures et au début de l'expression
clinique de la maladie. Chez l'animal, la streptomycine est la plus utilisée

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