République Algérienne Démocratique et Populaire
Ministère de l’Enseignement Supérieure et de la Recherche Scientifique
Université Tahri Mohamed de Béchar
Faculté : …………
Module : ………….
Titre :
Elaboré par : Dirigé par :
………….. ……………
Année universitaire: 2021-2022
Plan de travail
Introduction
1-Historique
2-Le système linux
3-Différences clés entre Linux et Windows
4-R
5-R et SPSS
6-Installation R sous Linux
7-Simulation de biologie
8-Différents entre Excel et R et SPSS
Conclusion
Référence
Introduction
Linux® est un système d'exploitation Open Source. Un système d'exploitation est
un logiciel qui gère directement les composants physiques du système ainsi que
ses ressources, telles que le processeur, la mémoire et le stockage. Il représente
l'interface entre les applications et le matériel. C'est lui qui établit les connexions
entre tous les logiciels et les ressources physiques requises pour l'exécution des
différentes tâches.
1-Historique
En 1991, En Finlande un autre noyau était disponible : c‟est « Linux » par
Linus Torvalds (jeune étudiant à l’université d’Helsinki, né le 28/12/1969)
Des milliers de personnes participent à son développement
Code source est disponible sur Internet (logiciel libre et gratuit)
2-Le système linux
Le système linux étant un système multi-utilisateur, pour y a accéder on doit entrer
un nom et mot de passe utilisateur.
a) Système Multi-Utilisateur :
Utilisateur simple : droits restreints et chaque utilisateur possède un
répertoire de travail.
Super Utilisateur ou Administrateur (root) : tous les droits.
b) Organisation d’utilisateurs en groupes: chaque utilisateur doit appartenir à un
groupe
c) Connexion au système : login/passaword requis et la connexion se fait de deux
mode différents :
Mode texte ou console (exécution des commandes Shell)
Mode graphique (à l‟aide du serveur de graphisme X-Window)
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3-Différences clés entre Linux et Windows
Linux est un système d’exploitation libre et à code source ouvert, alors que
Windows est un système d’exploitation commercial dont le code source est
inaccessible.
Windows n’est pas personnalisable, par contre Linux est personnalisable,
un utilisateur peut modifier le code et son apparence.
Linux fournit une sécurité élevée par rapport à Windows car Linux est open
source.
Windows doit démarrer à partir du partition principale. En revanche, il
n’existe aucune contrainte de ce type sous Linux: il peut démarré à partir
du partition principale ou logique.
Sous Linux, les noms de fichier sont sensibles à la casse, alors que le nom
des fichiers sous Windows ne respecte pas la casse.
Linux utilise le noyau monolithique qui consomme plus d’espace de travail
tandis que Windows utilise le micro-noyau qui prend moins d’espace mais
dont l’efficacité de fonctionnement du système est inférieure à celle de
Linux.
4-R
R est un logiciel libre multi-plateformes qui peut fonctionner sous Windows, Mac
OS ou système Linux (Ubuntu, Debian…).
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5-R et SPSS
R et SPSS sont les deux technologies de pointe pour l'analyse des données
statistiques. R est un langage de programmation open source largement utilisé
comme option préférée pour l'analyse. Alors que SPSS est connu sous le nom de
package statistique pour les sciences sociales appartenant à IBM. R est le langage
de script et prend en charge des fonctionnalités d'interface utilisateur graphique
limitées par rapport à IBM SPSS qui possède des fonctionnalités intégrées pour
le traitement et l'analyse de la qualité des données. R a plusieurs packages pris en
charge par l'utilisateur de la communauté. Alors que SPSS est entièrement géré
par IBM pour le support et l'amélioration des fonctionnalités. R est connu pour sa
prise en charge de la visualisation de personnalisation alors que SPSS est limité
avec les fonctionnalités de visualisation.
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6-Installation R sous Linux
Je ne développe ici que l’installation pour Ubuntu. R et RStudio sont évidemment
aussi disponibles pour toutes les autres distributions de Linux :
Pour Debian : cran.r-project.org/bin/linux/debian
Pour ArchLinux : wiki.archlinux.org/index.php/R
Pour Linux Mint : linux4one.com/how-to-install-r-on-linux-mint-19
De façon générale, pour toutes les versions de Ubuntu : doc.ubuntu-fr.org/r.
Pour les utilisateurs de Ubuntu (ou Xubuntu, Lubuntu…), il n’est pas
recommandé de procéder à l’installation depuis le dépôt par défaut : la version de
R qui y est proposée est obsolète. Il est donc nécessaire de mettre à jour le dépôt
avant de procéder à l’installation.
L’installation diffère selon la version d’Ubuntu que vous utilisez. Je présente ici
les modalités d’installation pour les versions supérieures à 16.04. Si votre version
est antérieure, il est grand temps de songer à mettre à jour votre système…
7-Simulation de biologie
Les besoins en terme de simulation pour la biologie des systèmes et la biologie
synthétique sont proches de ceux nécessaires lors de la simulation des circuits
électroniques analogiques : calcul du point de fonctionnement, analyse transitoire,
analyse paramétrique, analyse du bruit, etc. Comme la description d’un système
biologique peut être traduite sous la forme de circuits électroniques équivalents
(Figure 1), l’utilisation des simulateurs électroniques, plus matures et plus
complets que les simulateurs biologiques actuels, peut s’avérer intéressante. Nous
avons montré qu’il était possible de simuler les réseaux de régulation génétique
décrits en VHDL-AMS (very high speed integrated circuits hardware description
language – analog-mixed signal), un langage de description de matériel
universellement utilisé dans le contexte des systèmes électroniques et
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multiphysiques . Le modèle VHDL-AMS est établi en utilisant l’analogie décrite
ci-dessus. Il est généré automatiquement par un outil doté d’une interface
graphique dans laquelle l’utilisateur spécifie les espèces chimiques interagissant
dans le système, les gènes impliqués et le type de mécanismes biologiques
intervenant entre les espèces (régulation de l’expression d’un gène, traduction
d’ARN messager, réaction de liaison, réaction enzymatique, etc.) ainsi que les
paramètres liés à ceux-ci.
Figure 1
8-Différents entre Excel et R et SPSS
Il existe différents logiciels de statistiques, les plus courants étant Excel, R, et
SPSS. Il est essentiel de bien connaître les caractéristiques de chacun avant de
choisir lequel mobiliser. Pour permettre un choix éclairé, il est possible de lister
les caractéristiques sur les points suivants :
coût ;
ergonomie ;
facilité d’installation ;
possibilité de mener des analyses complexes ;
possibilité d’améliorer facilement l’aspect visuel des
graphiques.Connaître les logiciels statistiques disponibles.
Posséder les clés pour choisir le bon outil.
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Les différents logiciels se distinguent entre autres en matière de :
coûts : R étant le seul logiciel en accès libre ;
facilité d’installation (critère important, notamment pour les utilisateurs qui
n’en auront qu’un usage de courte durée) : certains packages de R sont ainsi
relativement difficiles à installer sous MacOS ;
facilité d’usage (critère important notamment pour les utilisateurs ne
maîtrisant pas le code informatique) : Excel ou SPSS avec l’interface sont
les plus faciles à utiliser ;
sophistication des analyses possibles : la version basique d’Excel étant ainsi
particulièrement limitée par rapport aux autres logiciels ;
sophistication des visuels graphiques : Excel se démarquant cette fois pour
sa facilité de personnalisation des graphiques.
Conclusion
Linux et Windows sont des systèmes d’exploitation, chacun a des avantages et
des inconvénients. Windows est simple à utiliser mais n’est pas un système
d’exploitation libre et à code source ouvert, alors que Linux est un logiciel libre,
à code source ouvert, personnalisable et sécurisé, mais plutôt complexe pour les
utilisateurs qui ne sont pas confortable avec les commandes Linux. Enfin Linux
est plus fiable que Windows.
Référence :
1. Cours de Mme Yahiaoui (www.esi.dz)
2. Administration et réseau sous Linux de Mr. A.Belahcene et S.Khelifati .
3. Gendrault Y, Madec M, Lallement C, Haiech J Modeling biology with
HDL languages : a first step toward a genetic design automation tool
inspired from microelectronics. IEEE Trans Biomed Eng 2014 ; 61 :
1231–1240.
