Tugas mikrobiologi

Plasmid bakteri

Disusun oleh :

Nama : Yugo guntoro

NIM : 07040023

Jurusan : SI FARMASI

SEKOLAH TINGGI FARMASI MUHAMMADIYAH

TANGERANG

2010
Plasmid adalah DNAekstrakromosomal yang dapat bereplikasi secara autonom dan bisa
ditemukan pada sel hidup. Di dalam satu sel, dapat ditemukan lebih dari satu plasmid dengan
ukuran yang sangat bervariasi namun semua plasmid tidak mengkodekan fungsi yang penting
untuk pertumbuhan sel tersebu]. Umumnya, plasmid mengkodekan gen-gen yang diperlukan agar
dapat bertahan pada keadaan yang kurang menguntungkan sehingga bila lingkungan kembali
normal, DNA plasmid dapat dibuang.

1. Struktur plasmid

Sebagian besar plasmid memiliki struktur sirkuler, namun ada juga plasmid linear yang dapat
ditemukan pada mikroorganisme tertentu, seperti Borrelia burgdorferi dan Streptomyces.
Plasmid ditemukan dalam bentuk DNA utas ganda yang sebagian besar tersusun menjadi
superkoil atau kumparan terpilin. Struktur superkoil terjadi karena enzim topoisomerase
membuat sebagian DNA utas ganda lepas (tidak terikat) selama replikasi plasmid berlangsung.
Struktur superkoil akan menyebabkan DNA plasmid berada dalam konformasi yang disebut
lingkaran tertutup kovalen atau covalently closed circular (ccc), namun apabila kedua utas DNA
terlepas maka akan plasmid akan kembali dalam keadaan normal (tidak terpilin) dan konformasi
tersebut disebut sebagai open circuler (oc).

Plasmid pada bakteri.

2. Sejarah plasmid

Penemuan akan plasmid telah dimulai sejak tahun 1887, ketika Robert Koch mempublikasikan
penelitiannya tentang bakteri Bacillus anthracis sebagai penyebab penyakit antraks. Sekitar 100
tahun kemudian, para ilmuwan menemukan bahwa bakteri tersebut memiliki 2 plasmid yang
merupakan faktor virulensi penyebab antraks. Keyakinan akan keberadaan DNA plasmid
berhasil dibuktikan oleh J. Lederberg dan dan W. Hayes pada tahun 1950-an. Kedua ilmuwan
tersebut berhasil menyelidiki tentang peristiwa konjugasi pada Escherichia coli yang melibatkan
plasmid. Tidak beberapa lama setelah itu, plasmid terbukti merupakan DNA ekstrakromosomal
yang menyebabkan resistensi antibiotik pada golongan bakteri enterik dan dapat ditransmisikan
antarsel. Sejak saat itu, beberapa laboratorium mulai membuat plasmid yang dapat ditransfer ke
sel hidup, seperti sel bakteri dan tanaman.

3. Fungsi plasmid

Dewasa ini, plasmid telah diproduksi secara komersil oleh sejumlah perusahaan untuk digunakan
sebagai vektor kloning. Agar dapat digunakan sebagai vektor kloning, plasmid harus memiliki
beberapa kriteria, yaitu berukuran kecil, relatif memiliki jumlah salinan yang tinggi (high copy
number), memiliki gen penanda seleksi dan gen pelapor, serta memiliki situs pemotongan enzim
restriksi untu memudahkan penyisipan DNA ke dalam vektor plasmid.

4. Penamaan plasmid

Pada awalnya penamaan plasmid didasarkan pada sifat fenotipe yang dikodekan oleh DNA
plasmid tersebut. Contohnya plasmid ColE1 yang berasal dari E. coli dapat menyandikan
bakteriocin colicin. Banyaknya laboratorium ataupun institusi yang membuat plasmid kloning
membuat sistem penamaan tersebut berubah. Untuk standardisasi penulisan plasmid, digunakan
huruf "p" yang diikuti oleh inisial huruf kapital dan angka. Huruf kapital diambil dari nama
institusi atau laboratorium tempat plasmid tersebut berasal ataupun dari nama penemu plasmid
tersebut. Sedangkan, angka yang ada merupakan kode laboratorium tempat plasmid tersebut
dibuat. Contohnya: pBR322, "p" menyatakan plasmid, BR merupakan laboratorium tempat
plasmid tersebut pertama kali dikonstruksi (BR dari Bolivar dan Rodriguez, perancang plasmid
tersebut), sedangkan 322 menyatakan di laboratorium mana plasmid ini dibuat, banyak pBR
lainnya seperti pBR325, pBR327, dll.

5. Mekanisme mencegah pembuangan plasmid

Untuk mencegah pembuang plasmid dari sel yang tidak lagi membutuhkannya, terdapat beberapa
mekanisme yang sudah diketahui. Salah satunya adalah beberapa plasmid menyandikan protein
yang dapat membunuh sel yang membuangnya. Mekanisme ini disebut ketergantungan plasmid
(plasmid addiction) yang diklasifikasikan menjadi tiga jenis berdasarkan aksi yang dilakukan
protein antitoksin yang disandikan plasmid. Ketiga jenis aksi tersebut adalah berinteraksi dengan
toksin, melindungi target yang akan diserang toksin, dan menghambat ekspresi toksin tersebut.

Struktur sel bakteri bagian dalam

Dibandingkan dengan eukaryota, bagian dalam sel bakteri sangat sederhana.

Kromosom dan plasmid

Struktur sel prokaryota

Tidak seperti eukaryota, kromosom bakteri tidak dikelilingi membran-bound nucleus melainkan
ada di dalam sitoplasma sel bakteri. Ini berarti translasi, transkripsi dan replikasi DNA semuanya
terjadi di tempat yang sama dan dapat berinteraksi dengan struktur sitoplasma lainnya, salah
satunya ribosom.

Kebanyakan bakteri memiliki plasmid. Plasmid dapat dengan mudah didapat oleh bakteri.
Namun, bakteri juga mudah untuk menghilangkannya. Plasmid dapat diberikan kepada bakteri
lainnya dalam bentuk transfer gen horizontal.

Membran intraselular

Membran intraselular dapat ditemui pada bakteri fototrof, bakteri nitrifying dan bakteri metana.
Ribosom

Semua prokaryota memiliki 70S (di mana S = satuan Svedberg) ribosom sedangkan eukaryota
memiliki 80S ribosom pada sitosol mereka.

Vakuola gas

Dengan mengatur jumlah gas dalam vakuola gasnya, bakteri dapat meningkatkan atau
mengurangi kepadatan sel mereka secara keseluruhan dan bergerak ke atas atau bawah dalam air.

Endospora

Endospora tahan terhadap berbagai jenis larutan kimia, dan keadaan lingkungan yang tidak baik.

6. Referensi

1. ^ (en)Royston C. Clowes (September 1972). "Molecular Structure of Bacterial

Plasmids". Bacteriological Reviews 36 (3): 361-405.
2. (en)Hinnebusch J, Barbour AG (November 1991). "Linear plasmids of Borrelia
burgdorferi have a telomeric structure and sequence similar to those of a eukaryotic
virus.". J Bacteriol 173 (22): 7233-7239.
3. ^ (en)Brown, Terry A. (2010). Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction.
Wiley-Blackwell. ISBN 978-1-4051-8173-0.Hal. 35-36
4. ^ (en)Gregory Phillips G, Funnell BE (2004). Plasmid biology. Washington: ASM Press.
ISBN 978-1-55581-265-2.Hal.1-6
5. ^ (en) Molecular Cell Biology. W. H. Freeman. 2007. ISBN 978-0-7167-7601-7.
6. ^ (en) Route maps in gene technology. Wiley-Blackwell. 1997. ISBN 978-0-632-03792-
6.Hal.176-177