如何使用 Conda 安装 bedtools（详细教程）

已于 2025-08-03 00:12:16 修改
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文章标签： conda wsl2 Ubuntu
于 2025-08-03 00:11:58 首次发布
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本章教程，主要记录通过conda安装bedtools包的过程。
由于Windows操作系统不支持直接安装bedtools，本章教程采用wsl2+ubuntu方式进行安装。
Bedtools 是一个非常常用的生物信息学命令行工具集，专门用于 基因组数据的比较、筛选、合并、交集和统计。它的核心思想是把基因组区间（interval，如 BED、GFF、VCF 文件中的染色体位置）当作数学集合来进行操作。

在这里插入图片描述

一、创建虚拟环境

conda create -n bedtools_env python=3.7 -y

在这里插入图片描述

二、激活虚拟环境

conda  activate be
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安装bedtools详细步骤和详细介绍bedtools用法
zhengzaifeidelushang的博客
08-05 922
以下是典型的bedtools用法示例。在任何bedtools命令后使用“-h”选项将报告所有命令行选项的列表。报告两个BED文件中特征之间的碱基重叠。报告 A 中与 B 中没有条目重叠的条目。如“grep -v”从标准输入读取BED A。这在将命令串联在一起时非常有用。例如，查找与LINEs重叠但不与SINEs重叠的基因。找到每个基因最近的ALU。将重复元素的重叠部分合并为单个条目，并返回合并的条目数。将附近的重复元素合并为单个条目，只要它们相互之间的距离不超过1000 bp。
conda和mamba安装与使用-生物信息学工具30
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08-25 1223
Conda 的出现极大简化了生信软件的安装与环境配置，只需通过 `conda install XXX` 命令即可完成大部分软件及其依赖的安装。Mamba 是用 C 语言重写的 Conda，具备与 Conda 相同的命令使用方式，但显著提升了下载速度和依赖解决效率。它是为 Python 程序而创造的，但它可以打包和分发任何语言的软件。除了部分软件提供预编译的可执行程序外，大多数软件需要通过执行 `./configure`、`make` 和 `make install` 等编译命令进行安装。
bedtools安装
weixin_73114919的博客
04-21 912
②解压缩的文件bedtools-2.31.1copy到服务器 home/pyq/bedtools 目录下后，不能直接命令行 cd bedtools2进入bedtools2，而是用 "cd bedtools/bedtools-2.31.1/bedtools2"进入解压的目录，再编译源码 make。①在putty上使用命令行 tar -zxvf bedtools-2.31.1.tar.gz解压缩服务器上的bedtools-2.31.1.tar.gz，结果失败了。【如果编译过程中提示缺少依赖项，如。
linux软件安装 rna-seq
生信小博士的博客
12-27 951
pre-step: download sratoolkit /fastx_toolkit_0.0.13/fastqc/bowtie2/bwa/MACS2/HOMER/QuEST/mm9/hg19/bedtools http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK158900/ Download and install sratoolkit cd ~/biosof
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下载v2.25.0版本的源代码，进行安装 wget https://github.com/arq5x/bedtools2/archive/v2.25.0.tar.gz tar zxvf v2.25.0 cd bedtools2-2.25.0/ make cd bin/ export PATH=$PWD:$PATH 2) 使用 intersect： 求两个区间的交集，输入文件可以是bed,...
bedtools安装和常用命令，一站式搞定！
henlenya的博客
08-19 2902
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基因组区域定义及BEDTools安装教程
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二、ChIA-PET2——1、安装依赖的环境
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Sherry102的博客
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Spack+Environment Modules实现Linux轻松安装软件、自动配置环境变量，解决非root用户日常安装软件出现的权限问题、缺乏依赖、版本冲突的问题。
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06-19
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bedtoolsr:R包包裹床工具
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概述 是用于基因组分析的一组广泛使用的实用程序。 这个R包为床具功能提供了一个方便的包装器，允许在R环境中进行文档记录和使用。 这包括所有功能的手册页以及主要的新增功能，包括提供文件路径或R对象作为输入和输出的功能。 安装 可以使用以下命令直接从GitHub安装bedtoolsr： install.packages("devtools") devtools::install_github("PhanstielLab/bedtoolsr") 请注意，如果在R的PATH中找不到bedtools ，或者您想使用特定的版本，则可以使用以下命令在R中手动指定所需的目录： options(bedtools.path = "[bedtools path]") 您也可以为特定版本的bedtools安装特定的版。 下载相应的zip文件（不是源代码），解压缩并从R安装： install.packages
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最新安装步骤 (202305)
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Bedtools 是一个强大的工具集，专门用于基因组算术操作。它允许用户对基因组数据进行各种操作，如交集、并集、差异等。Bedtools 广泛应用于生物信息学领域，是处理基因组数据的重要工具之一。 ## 2. 项目下载位置 Bedtools 项目的源代码托管在 GitHub 上，可以通过以下链接进行下载： [Bedtools GitHub 仓库](https://github.com/arq...
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首先你需要有一个linux的环境 其次在linux系统下用浏览器打开trimmomatic的下载链接，下载最新版本对应的binary下载链接http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic下载完成后，将其解压到一个新的文件夹中，然后复制trimmomatic-0.39.jar的路径，打开终端，输入jar <路径>/trimmomatic-0.39.jar， 例如：jar /home/sai/workspace/go/src/pro
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weixin_44874487的博客
08-24 4993
当前版本的 bedtools intersect 的速度与 bedops 软件包的 bedmap 相当（甚至稍快），后者也使用了类似的排序数据算法。总体而言，bedtools 工具集是一个多功能的工具包，可用于广泛的基因组分析任务。虽然每个工具都设计用于执行一个相对简单的任务（例如，交集两个区间文件），但通过在 UNIX 命令行上组合多个 bedtools 操作，可以进行相当复杂的分析。你希望识别出在两个实验中都观察到的峰（要求 50% 的相互重叠），并且对于这些峰，你希望找到最近的、不重叠的基因。
linux安装bedtools2
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01-12 1580
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