先日「ネットビジネスイノベーション政策フォーラム」というエントリーのおまけで書いていた「Ustream/Twitter時代の勉強会・講演会の注意点」ですが、膨大になってきたので別エントリーにしました :)
先日「ネットビジネスイノベーション政策フォーラム」というエントリーのおまけで書いていた「Ustream/Twitter時代の勉強会・講演会の注意点」ですが、膨大になってきたので別エントリーにしました :)
昨日の続き では、正方行列を作らずに、非正方行列のままsvd()をかけるとどうなるかもやってみます。 同じ構造を表す固有値と固有ベクトルが取れました。 #構造化集団をシミュレート Nm<-1000 #マーカー数 Npop<-4 #亜集団数 Ns<-c(100,150,200,250) #集団別人数 M<-NULL #全ジェノタイプデータを納める行列 #亜集団別にアレル頻度を振ってシミュレーション for(j in 1:Npop){ tmpM<-matrix(rep(0,Nm*Ns[j]),nrow=Nm) for(i in 1:Nm){ af<-runif(1)*0.8+0.1 f<-rnorm(1,sd=0.01) if(abs(f)>1) f=0 df<-c(af^2,2*af*(1-af),(1-af)^2) df[1]<-df[1]+f/2*df[2] df[3]<-df[3]+f
※最後に追記有り そろそろ2010年も6分の1が終わろうとしているぜ。元日に立てた今年の目標はどうよ？今年こそTOEICで900点？今年こそ海外留学する？そんな目標は日々の生活に追われてすっかり忘れ去ってることだろう。社会人にとって最も重大な敵は日々の生活が忙しすぎることなんだよな。学生の頃はまだ自分が怠惰であることに自覚できる。「オレ（私）はだめなやつだ…」そんな自己嫌悪にも浸ってられるんだ。でも、社会人はそれがどんなにしょうもない仕事の内容であっても、「オレは毎日、仕事をしてるんだ！今日は英語の勉強をしなくてもいいことにしよう。週末にいっぱいやればいいや」って思うことができるわけだ。 そろそろそんな自分をごまかす言い訳とはおさらばしよう。 まず、英語を学習する理由なんだけど、それが昇進に繋がる、とか年収増加に反映される、なんてせこいことを考えるのはやめようぜ。本当に大変なことを行うとき
集団構造化があるときに、PCAして、プロットすることがある。 その情報を使って、形質マッピング検定に用いる前座のようなもの。 この論文がEigenstratのそれですが。 ここでやっている、PCA部分をRでなぞってみます #構造化集団をシミュレート Nm<-1000 #マーカー数 Npop<-4 #亜集団数 Ns<-c(100,150,200,250) #集団別人数 M<-NULL #全ジェノタイプデータを納める行列 #亜集団別にアレル頻度を振ってシミュレーション for(j in 1:Npop){ tmpM<-matrix(rep(0,Nm*Ns[j]),nrow=Nm) for(i in 1:Nm){ af<-runif(1)*0.8+0.1 f<-rnorm(1,sd=0.01) if(abs(f)>1) f=0 df<-c(af^2,2*af*(1-af),(1-af)^2) df
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