代谢组数据分析（二十六）：LC-MS/MS代谢组学和脂质组学数据的分析流程

<think>我们首先需要理解用户的问题：用户希望了解相对定量代谢组学和脂质组学分析的方法或流程。由于代谢组学和脂质组学都是研究生物体内小分子代谢物的学科，它们的分析流程有相似之处，但脂质组学作为代谢组学的一个分支，也有其特殊性。相对定量是指比较不同样本中代谢物或脂质含量的相对变化，而不是绝对浓度。 根据专业知识和文献，典型的分析流程包括样本制备、数据采集、数据处理和统计分析等步骤。由于用户要求的是相对定量的方法和流程，我们将重点关注如何通过比较不同样本的信号强度来获得相对定量的结果。 我们将分别概述代谢组学和脂质组学的分析流程，并指出它们之间的异同。由于流程步骤较多，我们将按照逻辑顺序组织，但避免使用步骤词汇（如首先、然后），而是直接分点描述（每个方法或步骤间换行）。 由于要求禁止将引用内容集中在末尾，因此我们在整合信息时会将关键点直接融入回答中，而不单独列出参考文献。 同时，我们会在最后按照要求生成相关问题。 注意：由于我们无法实时调用网络搜索工具，这里将基于已有的知识库进行回答，但会尽量反映当前常用的方法。</think>### 相对定量代谢组学与脂质组学分析流程 #### **样本制备** - **代谢组学样本处理** 生物样本（血浆/尿液/组织）经淬灭、提取（甲醇-水或氯仿-甲醇混合溶剂）和离心，去除蛋白质等大分子干扰物。推荐使用内标混合物（如同位素标记代谢物）校正提取效率。 - **脂质组学特殊处理** 采用甲基叔丁基醚（MTBE）或异丙醇-己烷双相提取法分离脂质，需添加脂质类内标（如PC(14:0/14:0)、TG(17:0/17:0/17:0)）。避免使用酸性溶剂防止磷脂水解。 #### **数据采集** - **色谱分离** 反相色谱（C18柱）分离非极性脂质和代谢物；亲水作用色谱（HILIC柱）用于极性代谢物。流动相常含甲酸铵（$ \text{NH}_4\text{HCOO} $）增强离子化。 - **质谱检测** 高分辨质谱（Q-TOF或Orbitrap）全扫描模式（$ m/z $ 50-1500），分辨率>30,000。正/负离子模式切换覆盖代谢物多样性。脂质组学需MS/MS触发（如DDA/DIA）获取结构信息。 #### **数据处理** 1. **特征提取** 软件（XCMS/MS-DIAL）提取峰面积、保留时间、$ m/z $值。关键公式： $$ \text{相对丰度} = \frac{\text{样本峰面积}}{\text{内标峰面积}} \times \text{校正因子} $$ 2. **脂质注释** 基于LIPID MAPS数据库，匹配$ m/z $（质量误差<5 ppm）和碎片离子（如磷酸胆碱m/z 184.07）。使用LDA或随机森林算法降维。 #### **统计分析** - **差异分析** T检验/ANOVA筛选组间差异代谢物（$ p<0.05 $），倍数变化（FC）阈值设为>1.5或<0.67。 示例代码（R语言）： ```r library(limma) design <- model.matrix(~0 + group) fit <- lmFit(metabo_data, design) fit <- eBayes(fit) results <- topTable(fit, coef=2, p.value=0.05, lfc=log2(1.5)) ``` - **通路分析** KEGG/MetPA平台映射差异代谢物至通路，富集显著性通过超几何检验计算（$ p_{\text{adj}}<0.05 $）。 #### **验证与报告** - 关键代谢物用标准品验证保留时间及碎片谱图 - 报告内容：差异代谢物热图、通路气泡图、VIP值（若用PLS-DA模型） ---