【数据工程实战】Amplicon sequence扩增子下游数据分析流程

数据分析流程：Amplicon sequence扩增子下游数据分析流程

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介绍

通过 R 语言和相关生物信息学工具，对微生物组数据进行详细的分析。它涵盖了从原始序列数据到微生物群落结构和功能的全面分析，旨在帮助研究人员理解微生物群落的组成、多样性和动态变化。教材特别关注了如何通过微生物组数据揭示微生物群落的生态学特征和潜在功能，以及如何通过统计分析和可视化方法展示这些特征。

步骤

教材分为多个部分，逐步介绍了微生物组数据分析的各个环节：

1. 数据加载与预处理：使用 phyloseq 包加载和处理微生物组数据，包括过滤、归一化和多样性分析。
2. 微生物群落结构分析：通过稀疏曲线、多样性指数（如 Observed ASVs、Shannon、Simpson 和 Faith’s PD）和非度量多维尺度分析（NMDS）等方法，评估微生物群落的结构和多样性。
3. 微生物群落动态变化分析：通过时间序列数据，分析微生物群落的动态变化，包括不同周期的微生物群落组成和多样性变化。</