【数据分析】环境数据降维与聚类分析教程：从PCA到可视化

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介绍

本教程旨在通过R语言及其相关数据分析包，展示如何对环境数据进行主成分分析（PCA）和聚类分析，并将分析结果进行可视化。教程从数据预处理开始，逐步引导读者完成PCA分析、聚类分析以及结果的可视化展示。通过本教程，读者将能够掌握如何使用R语言对环境数据进行降维处理，提取关键信息，并通过聚类分析发现数据中的潜在模式。同时，教程还提供了多种可视化方法，帮助读者更直观地理解分析结果。

教程内容

数据预处理

1. 读取数据：使用read.csv函数读取环境数据文件。
2. 数据清洗：
   • 移除不需要的列（如土壤变量）。
   • 将gen_id列设置为行名，并移除该列。
   • 检查并移除包含缺失值的行。
3. 数据标准化：对数据进行标准化处理，以便进行PCA分析。

主成分分析（PCA）