零基础操作linux系统——小白版（入门级绘制系统发育树）

使用MobaXterm软件进入服务器，使用filezilla软件进行文件传输

数据准备，将fasta格式文件，使用mega进行对齐截取

1.ctrl+A全选后，左上角点击Alignment,点击align by clustalW。

2.将第一个和最后一个*的前面的后面的序列delete

3.Date ,export alignment.保存一个名字为all的fasta文件

打开filezilla软件，点击连接

找到自己的工作路径，拖动文件上传，右击“创建目录”为创建新的文件夹

若数据量非常小则可以直接使用服务器上方的按钮上传即可。

进入服务器后，单击要连接的会话

查看当前工作路径

pwd

切换到自己的工作路径,使用命令cd+空格+工作路径（工作路径设置与激活环境无前后顺序，都可以）

cd /share/lustre/fuyu/xjj

查看conda创建的所有虚拟环境

conda env list

激活环境mamba+activate+环境名称（mamba是conda的一个加速器，功能是一样的，如果服务器下载的是conda就把命令中的mamba替换为conda）

mamba activate iqtree

如果没有对应的环境，则需要自己创建环境，并下载需要用的软件。创建环境：mamba+create -n+环境名称；激活环境；下载需要的软件包：mamba+install+软件名 

mamba create -n iqtree
mamba activate iqtree
mamba install iqtree
mamba install mafft

绘制发育树

1.使用mafft软件进行多序列比对这是建树的必要步骤。输入all.fasta文件。>表示将内容输出到某个文件中。输出文件为all.fasta.mafft

mafft --auto all.fasta >all.fasta.mafft

-o 指定外群的名称（fasta文件中一个外群的名称）

-pre 文件保存的路径。最后一级是文件名称的前缀。代码中显示的是文件保存在iqtree文件夹中，生成的文件名前缀为iqtree1

iqtree -s all.fasta.mafft -bb 1000 -redo -alrt 1000 -m MFP -nt AUTO -o Homosapiens -pre  /share/lustre/fuyu/xjj/iqtree/iqtree1

最后将跑完的结果中“treefile”后缀文件下载。进入官网链接：iTOL: Interactive Tree Of Life上传文件，绘制进化树。