如何在云计算平台上完成分子对接

分子对接的基本原理就是把配体分子放在受体活性位点的位置，然后按照几何互补和能量互补的原则来实时评价配体与受体相互作用的优劣，最终找到这两个分子之间最佳的结合模式。

分子对接分为刚性、半柔性和柔性对接。不同的对接软件又可以分为：商业软件和学术软件，而分子对接的计算结果，则体现为打分函数的不同。目前用的比较多的分子对接软件有：AutoDock、AutoDock Vina、LeDock、rDock，这些都是学术软件；商业软件有：Glide、GOLD、MOE Dock、Surflex-Dock、LigandFit、FlexX等等。

做分子对接，一般对接的分子量都很大，到底有多大？就是很大！

我来举个例子，通常分子对接的采样，都是百万到千万级别的分子

而事实上可用于药物发现的有机分子有多少？

超过10的60次方！

我们取的只是沧海一粟罢了。

这么大的对接量，对算力的需求肯定少不了呀！

那怎么办呢？

具体，我以AutoDock-Vina分子对接为例。

AutoDock-Vina 是用于分子对接和虚拟筛选的开源程序，由Scripps研究所分子图形实验室的Oleg Trott博士设计和实现，是目前使用最为广泛的分子对接软件之一。此外，Vina可以利用系统上的多个CPU或CPU内核来显著缩短运行时间；北鯤云超算平台提供了丰富的cpu,gpu资源，此次教程以STAT3靶点的晶体结构与其原配体为例进行分子对接的详细步骤说明，就在北鯤云上演示。

准备工作

蛋白晶体结构由PDB数据库（http://www.rcsb.org/）下载，PDB编号为6NJS。首先需要通过其他软件如Pymol、Glide、DS等去除蛋白中的水分子，删除多余的链，并把原配体分子提离出来。单独的蛋白文件和配体文件均保存为.pdb格式。

设置工作目录：

为了计算的方便以及后续文件的方便查找，我们首先设置一个工作目录，要注意文件路径需全为英文，否则会导致程序出现错误。

我这里在C盘中设立文件夹AutoDock，以后的计算均可保存在该文件夹中。

为了将不同的计算结果分