Cut&Run与Cut&Tag

最新推荐文章于 2025-06-23 15:30:59 发布

生信大白记

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文章标签： Cut/Run与Cut/Tag 生物信息分析表观遗传大数据

本文链接：https://blog.csdn.net/Da_gan/article/details/144515894

Cut&Run（Cleavage Under Targets & Release Using Nuclease）和Cut&Tag（Cleavage Under Targets & Tagmentation）是两种用于研究基因组蛋白-DNA相互作用的技术。它们以高灵敏度和低背景噪声著称，成为表观遗传学研究中的重要工具。

以下是对两种技术的介绍：

Cut&Run技术

1. 技术概述

Cut&Run是一种基于抗体的技术，用于研究转录因子、核小体及其他染色质相关蛋白与DNA的结合。它通过将蛋白结合的特定位点切割下来，释放与其相连的DNA片段，并随后测序来确定结合位点。

2. 技术流程

样本制备：
- 从细胞或组织中分离细胞核，或者直接使用固定的完整细胞。
- 使用玻片或磁珠固定细胞核，确保实验过程中样本稳定性。
抗体结合：
- 添加针对目标蛋白的特异性抗体，与目标蛋白结合。
- 抗体通常能够精确定位靶蛋白。
蛋白A/G融合核酸酶结合：
- 引入融合蛋白（如蛋白A或G与微球菌核酸酶的融合体），其能够通过抗体与目标蛋白结合。
核酸酶活化与切割：
- 添加低浓度的Ca²⁺激活核酸酶，使其在靶点附近切割DNA。
- 仅切割与目标蛋白结合的DNA片段，减少非特异性背景。
释放与回收DNA：
- 通过温和裂解或离心分离，将切割下来的DNA片段释放到上清中。
- 回收DNA用于下游测序。
高通量测序与分析：
- 构建文库后，通过Illumina等平台进行高通量测序。
- 使用生物信息学工具识别蛋白结合位点。

3. 技术特点

灵敏度高
：由于背景噪声极低，Cut&Run技术能检测到稀有的蛋白-DNA相互作用。
操作简单
：不需要大量的细胞，也无需复杂的核酸免疫沉淀步骤。
背景噪声低
：由于反应在细胞核中原位完成，未结合的核酸酶被轻松洗脱。
需求样本量少
：适用于小数量或珍贵样本。

4. 应用

研究转录因子结合
：精准定位转录因子在基因组中的结合位点。
分析表观修饰
：研究组蛋白修饰标记，如H3K27me3、H3K4me3。
染色质结构研究
：探索染色质结合蛋白的分布规律。
研究动态变化
：监测细胞状态或外界刺激对蛋白-DNA结合的影响。

Cut&Tag技术

1. 技术概述

Cut&Tag是Cut&Run的升级版本，用于检测DNA结合蛋白和表观遗传修饰。它结合了转座酶技术（Tn5），直接在目标DNA结合位点上进行文库制备，进一步简化了流程和提升了效率。

2. 技术流程

样本制备：
- 与Cut&Run类似，细胞固定后提取细胞核，或直接使用完整细胞。
抗体结合：
- 加入针对目标蛋白的抗体，使其结合到目标蛋白。
转座酶结合：
- 添加融合转座酶（Tn5）和蛋白A或G，形成复合体。
- 转座酶通过抗体被精准招募到目标蛋白附近。
文库生成：
- 在目标位点，Tn5插入并标记DNA片段，同时添加测序接头。
- 这一步直接生成可用于测序的文库，省略了传统建库步骤。
高通量测序与分析：
- 直接对生成的文库进行测序，识别目标蛋白的结合区域。

3. 技术特点

极高灵敏度
：能够从少量细胞或单细胞样本中捕获蛋白-DNA结合信息。
操作简化
：通过整合转座酶，直接完成文库构建，大幅减少实验时间。
样本需求少
：对稀有细胞群体或单细胞样本友好。
适配多种应用
：兼容多种蛋白-DNA研究需求，包括组蛋白修饰、转录因子结合等。

4. 应用

研究染色质开放性
：通过分析组蛋白修饰标记（如H3K27ac）推断染色质活性。
转录因子研究
：识别转录因子的结合位点及其调控网络。
单细胞分析
：Cut&Tag能够在单细胞水平上解析染色质状态。
开发新的表观遗传标记
：研究未知蛋白或新表观修饰的功能。

Cut&Run和Cut&Tag的对比

特性	Cut&Run	Cut&Tag
核心机制	核酸酶切割并释放DNA	转座酶标记并插入测序接头
背景噪声	较低	更低
样本需求	几千个细胞	单细胞或极少量细胞
实验时间	中等	更快（一步生成文库）
适用范围	大部分蛋白-DNA相互作用研究	高通量单细胞分析
成本	较低	较高