fasta文件与fastq文件相互转化Python脚本

最新推荐文章于 2025-06-09 09:39:00 发布

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fa文件与fq文件互相转换

今天分享的内容是fasta文件与fastq文件的基本知识，以及通过Python实现两者互相转换的方法。

测序数据公司给的格式通常是fq.gz，也就是fastq文件，计算机的角度来说，生物的序列属于一种字符串，就是一堆字母，这些字母就蕴含了遗传信息。

通过序列拼接将fastq转换为fasta，通过短序列比对将fastq与fasta合并为bam，通过变异检测将bam中突变位点提取出来转换为vcf，这就是上游分析的套路。

fastq文件基本格式

可以看出fq文件包含了更多的信息，比如测序质量，碱基信息等，这些是通过测序仪产生的数据。

fasta文件基本格式

alt 对比一下可以看出，fa文件主要是两部分，大于号开头的是序列的ID，下一行是序列，相比于fq文件，少了质量信息。

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使用Python脚本读取fasta文件

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