2、SeqAn 库（版本 1 和 2）深度解析

SeqAn 库（版本 1 和 2）深度解析

1. SeqAn 库的历史

SeqAn 库主要由柏林自由大学（Freie Universität Berlin）和马克斯·普朗克分子遗传学研究所（Max Planck Institute for molecular Genetics）的 Knut Reinert 团队开发，不过来自柏林及全球众多其他研究团队的人员也有参与贡献。自 2015 年迁移至公共 Git 仓库后，非 Knut Reinert 实验室或合作方的个人贡献数量持续增长。以下是 SeqAn 库发展历程中的重要事件：
| 年份 | 事件 |
| ---- | ---- |
| 2008 | SeqAn - 1.0 发布；首次发表相关论文 |
| 2009 | Gogol - Döring 的博士论文发表 |
| 2013 | SeqAn - 1.3 发布，有重大改动 |
| 2015 | SeqAn - 2.0 发布，迁移至 GitHub |
| 2016 | SeqAn - 2.1 发布，遵循语义化版本控制 |
| 2017 | 第二次发表相关论文 |
| 2018 | SeqAn - 2.4 发布，2.x 系列的最后一个功能版本 |
| 2019 | SeqAn - 3.0 发布 |
| 2020 | 计划发布 SeqAn - 3.1（稳定版）并进行第三次论文发表 |

由于 SeqAn 是一个软件库，其历史也与基于它构建的应用程序的历史紧密相连。尽管无法涵盖所有应用，但一些值得关注的例子包括 Bowtie、TopHat、DELLY、FLEXBAR、RazerS、Mason、Stel