19、生物信息学中的字母表模块解析

生物信息学中的字母表模块解析

1. 核苷酸子模块概述

核苷酸是生物序列分析中的重要元素，在不同的生物文件格式和算法中有着广泛的应用。然而，由于使用场景和表示方法的多样性，单一类型的核苷酸表示往往不足以满足需求。因此，确保不同核苷酸类型之间的互操作性至关重要，通用算法需要能够处理所有核苷酸类型，并将它们与非核苷酸字母表区分开来。

1.1 通用设计

核苷酸子模块定义了 seqan3::complement 通用函数对象（CPO），它能为每个核苷酸返回相应的互补值。该CPO使用的机制与之前讨论的类似，即任何提供 .complement() 成员函数（或通过参数依赖查找（ADL）找到自由函数）的类型，都能有效定义该CPO。由于互补行为是核苷酸特有的，因此这种有效CPO定义的存在可作为“核苷酸类型”的标识符。

seqan3::nucleotide_alphabet 概念的定义为 seqan3::alphabet 加上 seqan3::complement 为该类型定义的要求。这个概念可用于约束通用算法，使其仅对核苷酸类型起作用，或为它们提供专门的行为。此外，该概念还建议任何核苷酸类型都应能从其他核苷酸类型显式构造，以便在必要时进行简单的转换。

核苷酸子模块还提供了一个新的基类 seqan3::nucleotide_base 。与 seqan3::alphabet_base 类似，使用这个基类对于多态性（或满足概念要求）来说是完全可选的，它只