24、SeqAn3与SeqAn2性能、设计及I/O模块的对比分析

SeqAn3与SeqAn2性能、设计及I/O模块的对比分析

1. 性能分析

1.1 后插入操作开销

后插入操作存在明显的开销，在SeqAn2基于栈的字符串和 seqan3::small_vector 中情况一致，即使元素类型为 char 时也是如此。原本预计这些操作会更快（因为完全不涉及动态内存分配），但 std::vector 的性能也出奇地好。通过分析发现，在微基准测试中， std::vector 的 push_back() 操作可能并非完全串行。

1.2 位压缩存储性能

SeqAn2有自己的位压缩存储自定义实现，而SeqAn3基于 sdsl::int_vector 构建向量。总体而言，它们的性能相似，SeqAn2在读写方面稍快一些。在常量上下文中访问位压缩向量时，SeqAn3的实现表现更好。SeqAn2和SeqAn3在压缩存储的后插入操作上性能相近，基于逐元素写入速度，后插入性能看起来较为合理。需要注意的是，在压缩存储中存储不可压缩的字母表（如 char ）没有读写开销，但后插入操作的“基线”性能与插入到其他自定义容器（如栈存储）时相同。

1.3 视图性能