26、SeqAn3序列文件子模块及性能、易用性分析

SeqAn3序列文件子模块及性能、易用性分析

1. 序列文件子模块操作

在序列文件操作中，有多种写入方式。使用 begin() 返回的解引用输出迭代器（Option3）不太直观，而受 std::vector 启发的 emplace_back() 和 push_back() 成员函数更易于使用。 emplace 函数接受单个字段作为参数，参数类型是通用的，但有一定约束，例如序列数据可以是普通的 std::string ，但传入 int 会导致约束失败。

输出文件可以在现有流上创建，还能使用自定义字段配置。 emplace 函数期望其参数与文件配置的字段相对应，这可以像处理输入文件那样进行更改。需要注意的是，以 seqan3::record 为参数的 push_back() 不受字段配置更改的影响，因为文件总能将记录元素映射到正确的ID。

在写入文件时，格式会忽略无法写入的字段，这使得超集格式之间的无缝转换成为可能，如从FASTQ转换为FASTA。但反向转换不可行，因为FASTQ文件要求写入质量字符串。如果尝试写入不包含所需字段或字段不匹配的记录，格式会抛出异常。

2. 输入输出结合

结合输入和输出文件有两种方式。可以使用之前介绍的函数将输入和输出文件结合，也可以将输入文件当作视图，输出文件当作视图终止符。使用 |