36、局部比对器详细基准测试结果分析

于 2025-09-01 05:33:50 发布
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分类专栏： SeqAn3：现代C++生物信息学 文章标签： 局部比对器 生物信息学 序列分析
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局部比对器详细基准测试结果分析

1. 引言

在生物信息学领域，局部比对器在序列分析中起着至关重要的作用。不同的局部比对器在性能、准确性等方面存在差异。本文将详细介绍不同局部比对器在不同查询集下的基准测试结果，为相关研究和应用提供参考。

2. 10MB 查询集 II 的局部比对器基准测试

以下是 10MB 查询集 II 的局部比对器基准测试结果：
| 应用名称 | 配置文件 | 比特分数（Q25） | 比特分数（Q50） | 比特分数（Q75） | 查询数量 | 总命中数 | 运行时间 | 内存使用 |
| — | — | — | — | — | — | — | — | — |
| lambda0 | 默认 | 60.8 | 79.3 | 103.2 | 8999 | 638,624 | 16s | 826MB |
| lambda1 | 默认 | 61.2 | 79.7 | 104 | 8932 | 482,882 | 16s | 645MB |
| lambda2 | 默认 | 60.8 | 79.0 | 103 | 9112 | 473,095 | 9s | 1309MB |
| lambda3 | 默认 | 61.2 | 80.9 | 105 | 8510 | 431,698 | 20s | 2111MB |
| lambda3 | 快速 | 67.4 | 89.4 | 112 | 6129 | 273,877 | 12s | 1694MB |
| lambda3 | 敏感 | 59.7 | 77.8 | 102 | 9553 | 522,611 | 32s | 2639MB |

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