Cloudam的博客

大多数新用户可能比较在意的是费用标准，上图所示的是我经常使用的价位，对于一般的模型可以尝试使用特惠版的CPU类型，性价比较高，对于自由度规模较大的模型，可适当增加CPU的核心数，同时价位也会随之上升。运行模板中的Abaqus进行求解，结算结果如图所示，将计算的结果文件.odb文件传复制到H盘中，即可在文件传输界面中看到计算结果文件，下载后用于后处理，退出模板，释放节点，释放节点后，云计算会将所有计算文件清除。可以看出，三种计算工况的荷载-位移曲线的分布趋势大致相同，但承载能力的大小确有明显不同。

在云超算平台上，CADD可以利用高性能计算能力来进行大规模模拟和分析，提高药物设计的效率和准确性。例如，可以使用CADD来模拟药物分子与靶分子之间的相互作用，预测药物的活性和毒副作用，并优化药物分子的结构，以提高其治疗效果。总的来说，CADD在云超算平台上的应用可以帮助研究人员快速开发出更有效的药物，推动医药研发的进步。此外，CADD技术也受到数据质量和数据访问的限制，这可能对研究人员的工作造成一定的困难。缩短时间、自动编排、并行规模、整合拓展都是北鲲云CADD云平台能做到的，欢迎大家了解。

LS-DYNA ®由Livermore Software Technology Corporation (LSTC) 开发，是一种多用途的显式和隐式有限元和多物理场程序，用于分析结构的非线性响应；这里要注意的是，LS-DYNA为商业软件，无法在北鲲云平台上直接使用，需要授权，具体的操作方法可以询问我们的技术支持。Step 2. 将运行LS-DYNA需要的相关文件上传到该文件夹下，详情请查看Linux数据传输；Step 5. 查看作业内容汇总，并提交作业；Step 6. 通过作业管理查看运行中的作业；

分子对接的基本原理就是把配体分子放在受体活性位点的位置，然后按照几何互补和能量互补的原则来实时评价配体与受体相互作用的优劣，最终找到这两个分子之间最佳的结合模式。分子对接分为刚性、半柔性和柔性对接。不同的对接软件又可以分为：商业软件和学术软件，而分子对接的计算结果，则体现为打分函数的不同。目前用的比较多的分子对接软件有：AutoDock、AutoDock Vina、LeDock、rDock，这些都是学术软件；商业软件有：Glide、GOLD、MOE Dock、Surflex-Dock、LigandFit、F

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换，Conda支持Python、R、 Ruby、 Lua、 Scala、 Java、 JavaScript、 C/ C++、 FORTRAN等多种语言。习惯使用Conda的同学可以在北鲲云超算平台上无门槛直接使用，无需安装或管理，平台也提供了更为方便的作业提交方式：如 模板提交等一. 使用北鲲云的Conda环境​#加载Anaconda3module add Anaconda3#查看Conda环境

内容摘自北鲲云五月份直播内容【声子谱的计算、后处理与分析实例】 另有文章【不同压强下ZnO的声子谱计算及其收敛性测试】可在发布的内容中查阅。或者直接出图： phonopy --dim=“2 2 1” -c POSCAR-unit -p name.conf -s。计算数据： phonopy --dim=“2 2 1” -c POSCAR-unit -p name.conf。具体的命令行可以在帮助手册中查询，这里平台使用的是Slurm作业管理系统及Linux传输。可选择的作业提交方式：模板提交/命令行提交。

早在今年五月，北鲲云超算平台邀请了平台用户——温老师为大家做直播分享，分享主题为Maxwell 2D涡流场分析要点和心得。

将两个pdb文件（FEN.pdb和BEN.pdb）中同样位置的全部重原子，保存成同样的坐标，注意名字要和lib中的一样，放成一个lig.pdb，在下面的tleap过程中，tleap会自动根据lib文件将complex中的原子变成真实的样子，这样做是为了保证一样原子的位置完全一致，减少不必要的变量。对比两个去水后的文件，发现由于Amber重编号，突变的残基变为84位，此时使用check_diff_online.py，来保证不是突变的残基的位置都绝对一致，以允许进行TI过程。设置出发和结束原子。

Jupyter Notebook 的本质是一个 Web 应用程序，便于创建和共享文学化程序文档，支持实时代码，数学方程，可视化和 markdown。第五步，回到北鲲云控制台，上传所需文件，这里注意的是，一定要注意回到控制台上传，平台有文件同步功能，支持跨计算区同步文件。第四步，进入图形界面后，打开浏览器，输入localhost:8889,进入jupter notebook，这里可能需要等待10秒左右，等待后刷新后即可。富媒体格式包括：HTML，LaTeX，PNG，SVG等。第二步，选择图形界面并启动。

注意事项: 建议不要同时module add多个软件，因为不同软件间可能是有冲突的。比较好的方式是module add一个或一组相互依赖的软件，软件运行完后运行module purge清除导入的环境，然后再导入另外一个或一组相互依赖的软件。Module是一款环境变量管理工具，北鲲云超算平台安装了许多公共软件，通过module实现软件环境变量的管理，快速加载和切换软件环境。用户只需加载模块即可使用平台的软件或依赖库。平台上预安装了部分常用软件，用户可通过module指令进行查看和加载使用。

您需要选择数据存放相同的地域创建Workspace，选择相同地域的好处是数据在AWS EC2上和S3之间上传下载可以使用内网进行访问，速度更快而且更加安全。Workspace是北鲲云为您在AWS上创建的一片虚拟空间，对应了AWS的某个region，后续使用的AWS相关服务和资源都在这个region下进行配置。在这篇博文中，我们演示了如何使用北鲲云平台在AWS来提交基因分析任务。特别申明：北鲲云不会在未经用户授权的情况下访问用户的EC2，也不会获取用户的数据，用户在使用平台前需要签署电子版法律协议。

同时北鲲云超算平台也是使用的Slurm作业管理系统，熟悉slurm作业管理系统的同学可以快速上手北鲲云进行计算，不熟悉的也没关系，一是可以学，我们有完整的教程以及技术支持服务，另外就是平台还提供模板提交方式，无需it基础也可以快速进行计算。CPU分区命名规则为c-核心数-每核心内存大小，如c-8-4：表示单节点规格为8核，每核心有4G内存，即节点规格为8核32G。salloc命令可以用来分配节点，用户可以在获取分配的计算节点后，ssh进入直接运行相关计算程序，主要用来调式程序执行。二. 提交作业的方式​。

命令行提交在管理节点使用SSH命令行创建动态集群，可以同时调用多种相同或者不同规格的计算节点，通过slurm作业调度系统提交作业计算，全程只需命令行操作。结构处理，文件上传，生成拓扑文件，定义单位盒子并填充溶剂，添加离子，体系能量最小化，NVT平衡，NPT平衡，动力学模拟成品模拟的部分可以到我们以前发布的文章中查看。GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件，其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。之前的教程非常详细的展示了如何用Gromacs进行动力学模拟，值得注意的是，

PyTorch 是一个 Python 优先的深度学习框架，也是使用 GPU 和 CPU 优化的深度学习张量库，能够在强大的 GPU 加速基础上实现张量和动态神经网络。在文件传输页面，点击“新建”上传文件或文件夹，您也可以进入到自定义目录，点击“新建”上传到自定义目录。想要在北鲲云上使用Pytorch还是很简单的，就像标题说的，不用自己配置环境，可以直接使用。第五步 使用sbatch命令提交作业，这里要提示的是，北鲲云使用的是slurm作业管理系统。或者是一些硬件上的问题，自己的电脑跑不动之类的。

在平台上使用图形界面提交超级简单，平台已内置模板，只需按照提示上传文件及选择选项即可，对于没有代码基础的同学来说，这是最推荐的方式。

首先就是长x宽个RGB像素点.再是绘画中每一笔的位置、形状、颜色等多个方面的参数， 这里涉及到的参数组合是非常庞大的. 而深度模型训练的计算复杂度随着参数输入组合的增长。最关键的短语设置部分，text_prompts就是短语，0：是第一帧，如果是动画可以设置从哪一帧开始变风格，单个图片就设置一句就行。怎么设置好的确是门艺术，不过大概有场景描述就可以生成，有喜欢的艺术家也可以加上，还有时间，地点也可以。最近，AI绘画大热，我们所说的“AI绘画”的概念，指的是基于深度学习模型来进项自动作图的计算机程序。

作为 CLOUD-HPC 的先行者，北鲲云 SaaS 平台在高性能计算领域中具备了强大的优势。北鲲云可在传统云服务平台的基础上，搭建更快、更自动化的数字化研发平台，帮助用户驱动云上高性能计算的 “新引擎”。这其中包括为 CADD/AIDD、EDA 芯片设计、CAE/CFD 等场景配置的可编排的垂直云平台；为提高工作效率自研的高 I/O 并行文件系统、大规模云资源并行调度及并行文件传输；北鲲云超算平台蛋白设计助推生物制药行业发展，交付因云而生的高性能软件，减轻科研人员的 IT 与工程负担。

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A: 云上CPU&GPU资源弹性伸缩，本地资源不足时，自动快速溢出云上HPC及AI算力并且支持不同云厂商的CPU以及GPU资源，同时支持混合或多云模式。在绝大部分场景下，用户无需关注资源本身，只需要提交作业，平台会自动根据作业申请的资源数量自动弹性申请云上资源，并在作业结束后5分钟自动释放资源。北鲲云药物发现Cloud-HPC&AI解决方案，依托于强大的云端高性能计算技术，助力科研机构的研发工作提速，为药物发现提供强大的技术后盾。通过大规模但短时间的资源调度, 并行化加速药物发现的核心流程，如虚拟筛选等。

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现在的有限元分析软件在航天领域发挥了重要作用，不仅可以进行结构的静力学和动力学分析，也可以计算结构在热载荷和声载荷等作用下的应力应变分布情况。在

噱头，还是未来？这是大家面对AI制药经常提出的问题，但这却不是AI制药面临的问题。

北鲲云能够基本满足一切我等对超算的幻想，对于导师来说，最重要的肯定是便宜，便宜，和便

近年来，在政策引导和资金推动下，创新药正成为中外药企的重兵集结地。

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北鲲云支持CRO药物发现场景

据国际数据公司IDC等机构最新发布的《 2021-2022全球计算力指数评估报告》显示，除五大行业之外，疫情之后医疗行业的数字化进程尤为值得关注，其中算力助力疫苗（新药）研制和疫情防控的社会价值更是不可估量。AI制药+ HPC算力可以辅助疫苗和药物开发，极大提高药物发现效率、降低平均研发成本并减少临床失败风险。算力在生信行业的创新中提供了越来越多的帮助，生物岛实验室陈老师曾表示：“AI+HPC在药物研发领域是未来的发展趋势。首先创新药物研发过程中，对计算的要求是非常急需的。”实验室目前面临的问题本

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据国际数据公司IDC等机构最新发布的《 2021-2022全球计算力指数评估报告》显示，除五大行业之外，疫情之后医疗行业的数字化进程尤为值得关注，其中算力助力疫苗（新药）研制和疫情防控的社会价值更是不可估量。算力可以辅助疫苗和药物开发，极大提高药物发现效率、降低平均研发成本并减少临床失败风险。算力在生信行业的创新中提供了越来越多的帮助，某实验室陈老师曾表示：“AI+HPC在药物研发领域是未来的发展趋势。首先创新药物研发过程中，对计算的要求是非常急需的。”实验室目前面临的问题：1 本地机房计算资源不足

北鲲云助力汽车仿真

利用Gaussian16进行HAT反应过渡态的寻找

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毫无疑问，云计算的使用是生命科学发展的大趋势。随着云计算在生命科学行业中的应用场景越来越丰富，云计算在生命科学行业的解决方案也日趋成熟。未来会有越来越多的生命科学研究人员使用云计算。在生命科学领域，随着云计算在多个行业的深度应用，也带来了分子筛选模型日益复杂，数据倍增、计算费用昂贵等问题，基因测序、蛋白质结构预测与人工智能、云计算等多种技术的深度融合，成为了生命科学的重要发展趋势。许多云计算厂商都对于生命科学行业所面临的痛点，做出了相应的改善方案，但公有云提供丰富算力资源的成本也就造成了计算费用昂贵的必然

当今全球云计算的计算能力正在飞速发展，这与处理器、编译器和软件等多方面综合因素是密不可分的。近几年，云计算在医疗、能源、高校科研等多个行业的应用场景越来越多，但在单一行业垂直发展的深度有限。北鲲云超算平台研发团队基于自身在云计算领域的多年积累，致力于为企业提供成熟的一站式行业Cloud-HPC 解决方案。尽管云计算在人工智能领域成功应用并取得了巨大成就，但是对于类似药物研发这样更注准确率的生命科学领域来说，提高研发效率只是云计算的基础步骤，如何提高云计算在药物研发领域的准确性来说，云计算还需要进入到更多药