pacbio测序功能基因挖掘--牛晶纳米孔测序--GeneCare测序

与上一篇类似，但是这个更精简：

1. 借助测序公司的功能批注程序，往往包含kegg, CAZy, CARD, eggnog等不同的批注方式；

     这其中，CAYz的注释就是专门针对各种酶的。

2. 借助已知酶蛋白序列，通过基因组\\蛋白组序列文件的blastn\\blastp功能，查找相似序列；

    E-value范围在10e-50 ~ 10e-100之间的，就是我们的靶标序列；

    E-value范围在10e-10 ~ 10e-50之间的序列，可能是我们靶标序列的同系物；

3. 通过保守功能域进行查找，有时候，由于各种各样的原因，比如说现有数据库的基本批注功能并不能够满足我们的需求；

     这时候，先进行对现有已知酶序列进行alignment，找到保守的短序列，在基因组、蛋白组序列文件中直接查找，这种方法大多数情况下，也是可行、可信的。

4. 借助Interpro的Pfam蛋白功能域批注：

        pfam功能批注，并不是标准的三代测序\\宏基因组测序的分析项目，但是它有一个巨大的优点，在查找潜在酶蛋白序列时是很实用的；它可以：

     1）对已知酶序列进行pfam批注；

     2）对测序结果 panbio\\宏基因组等进行pfam批注；

     3）根据对已知酶序列的批注情况，从2）的结果中筛选相同功能域的蛋白序列，即是我们潜在的靶标酶序列。

||||\\\\分析—某鱼 检索 “ Interpro Pfam蛋白功能重批注—可开发P ”
||||\\\\分析—某鱼 检索 “ 蛋白表达亚细胞定位分析；全流程，可开发P ”
||||\\\\分析—某鱼 检索 “病毒蛋白亚细胞定位 ”
||||\\\\分析—某鱼 检索 “Enzyme function prediciton using constrative learning 可开发P ”
||||\\\\分析—某鱼 检索 “signalp6 分泌信号肽预测 可开发P ”
||||\\\\分析—某鱼 检索 “全基因组间序列比对，找差异表达序列 ”
||||\\\\分析—某鱼 检索 “ 序列进化树作图，系统进化树作图； ”
||||\\\\分析—某鱼 检索 “ pacbio测序数据分析，功能酶挖掘，可开发P ”

  如此，便可从pacbio测序结果中，挖掘到自己想要的序列文件……

下图是一个批注结果截图示例；