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awk 分隔符awk默认分割符是空格。awk的分隔符还分为两种，“输入分隔符” 和 “输出分隔符” 。（1）输入分隔符：英文原文field separator，简称FS。默认空白字符(即空格)，awk默认以空白字符为分隔符对每一行进行分割。内置变量FS,使用-v选项。awk -v FS='\t' '{}' file　　（2）输出分割符：英文原文output field separator，简称OFS。Linux ifref: https://blog.csdn.net/m0_50668851/

多个lane fastq.gz 文件cat L1.R1.fastq.gz L2.R2.fastq.gz > sample.R1.fastq.gz

一、Shell 特殊参数解释首先来看几个特殊变量：$0, $#, $*, $@, $?, $$, $_#!/bin/bashecho $0 # 当前脚本的文件名（间接运行时还包括绝对路径）。echo $n # 传递给脚本或函数的参数。n 是一个数字，表示第几个参数。例如，第一个参数是 $1 。echo $# # 传递给脚本或函数的参数个数。echo $* # 传递给脚本或函数的所有参数。echo $@ # 传递给脚本或函数的所有参数。被双引号 (" ") 包含时，

单行#多行使用 :<<! ！:<<!fileContent=`cat $filename`i=0for line in $fileContentdo fileList[$i]=$line ((++i))done!使用语句 if false then fiif falsethen echo "1:" echo "2:" echo "3:"fi

转到文件结尾G转到第9行9G删除所有内容(先用G转到文件尾)，使用：:1,.d删除第9行到第200行的内容(先用200G转到第200行)，使用:9,.d删除说明：vi中，“.”当前行，“1,.”表示从第一行到当前行，“d”删除...

Kill All Stopped Jobs LinuxShow jobs with PIDjobs -lHow to Bring Background Job to Foregroundfg %1Jobs Command Options-n – This shows the jobs that have changed their status since the last notification. For example, a job that has changed from a ru

C语言配置 .configure --prefix=‘path’编译 make安装 make install重新编译 make clean环境配置 .bashrc

创建系统下没有 ll 命令，使用 alias 创建别名。（等号前后不要有空格）alias ll='ls -alh'直接使用 alias 命令显示已经创建的别名列表删除unalias ll环境变量# Linux下编辑 ~/.bashrc文件vim ~/.bashrc # mac下编辑 ~/.bash_profile文件vim .bash_profile # 将新建的别名命令按行逐一写入，比如alias ll='ls -alh'alias print='echo 测试'#

参考Tar选项：c – 创建压缩文件x – 解压文件v – 显示进度f – 文件名t – 查看压缩文件内容j – 通过bzip2归档z –通过gzip归档r – 在压缩文件中追加文件或目录W – 验证压缩文件把目录/home/abc/code 打包为code.tartar -cvf code.tar /home/abc/code/压缩为 tar.gz 格式的包tar cvzf code.tar.gz /home/abc/code压缩率更高的 tar.bz2 格式的包tar c

:%s/[a-z]/\U&/gs/[A-Z]/\L&/g

sed详解变量字符替换sed表达式可以使用单引号来引用，但是如果表达式内部包含变量字符串，就需要使用双引号 test=hello echo hello WORLD | sed "s/$test/HELLO" HELLO WORLD

把每行.1后面的内容删除:%s/\.1.*/\.1/gcat map.need.del.sort | while read iddoecho '/'$id'/d'#sed -i '/$id/d' seqid2taxid.map.bak > seqid2taxid.map.bakdone'/$id/d'无效'/'$id'/d'有效

shell判断文件,目录是否存在或者具有权限#!/bin/shmyPath="/var/log/httpd/"myFile="/var /log/httpd/access.log"这里的-x 参数判断$myPath是否存在并且是否具有可执行权限if [ ! -x “$myPath”]; thenmkdir “$myPath”fi这里的-d 参数判断$myPath是否存在if [ ! -d “$myPath”]; thenmkdir “$myPath”fi这里的-f.

参考文档：link1写的很棒link2error：samtools: error while loading shared libraries: libtinfow.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory通过ldd查看samtools依赖了哪些工具。$ ldd `which samtools` linux-vdso.so.1 => (0x00007ffdd0950000)

基础channel配置conda config --add channels conda-forgeconda config --add channels defaultsconda config --add channels rconda config --add channels bioconda报错：PackagesNotFoundError: The following packages are not availablefrom current channels:r=4.0.0

grep -F -f a.txt b.txt #求文件交集sort a.txt b.txt | uniq -d #求两文件交集sort a.txt b.txt b.txt | uniq -u #求两文件不重复的项awk ‘{print $0}’ 01.txt 02.txt 03.txt 04.txt | sort | uniq -c | awk ‘{if($1==4)print}’ > universe.txt主义uniq -c计数和后面的值中间是空格不是tab...

CrossMap.py vcf /data1/00.softwares/02.common/CrossMap/hg38ToHg19.over.chain.gz /data1/01.projects/GROUP01015/02.analysis_support/01.Kaiumph/cl0001/03.variant_filter/1.exome_panel/L459.exome_panel.vcf /data2/references/Homo_sapiens/hg19.genomic.fa /data1/0

grep进行文件内容匹配工作是用到的参数主要有两个：取出两个文件中的相同部分内容“-wf”参数.取出两个文件中的不同部分内容“-wvf”参数grep -wvf firstfile secondfile的规则就是取出secondfile中存在但是在firstfile中不存在的内容并输出到屏幕上...