PyTorch Geometric Temporal:时空图神经网络入门指南

PyTorch Geometric Temporal:时空图神经网络入门指南

项目概述

PyTorch Geometric Temporal 是一个基于 PyTorch Geometric 的时空图神经网络扩展库,专注于处理时空信号数据。作为首个针对几何结构的时序深度学习开源库,它提供了在动态和静态图上实现恒定时间差图神经网络的能力。

核心概念

时空图数据特点

时空图数据同时包含空间维度和时间维度的信息:

  • 空间维度:通过图结构表示实体间的关系
  • 时间维度:数据随时间演变形成序列

数据迭代器类型

PyTorch Geometric Temporal 提供了三类数据迭代器,满足不同场景需求:

  1. 静态图时序信号(StaticGraphTemporalSignal)

    • 图结构保持不变
    • 节点/边特征随时间变化
    • 典型应用:交通流量预测
  2. 动态图时序信号(DynamicGraphTemporalSignal)

    • 图结构和节点/边特征都随时间变化
    • 典型应用:社交网络演化分析
  3. 动态图静态信号(DynamicGraphStaticSignal)

    • 图结构随时间变化
    • 节点/边特征保持不变
    • 典型应用:固定传感器网络监测

数据处理流程

数据快照结构

每个时间点的数据快照包含以下关键属性:

  • edge_index:边索引张量,定义图结构
  • edge_attr:边特征张量,用于加权聚合
  • x:节点特征矩阵
  • y:预测目标值

批处理支持

对于需要同时处理多个图的情况,库提供了批处理迭代器版本,使用块对角矩阵技术实现高效批处理。

基准数据集

项目包含多个真实世界的基准数据集,方便模型评估:

新发布数据集

  1. 匈牙利水痘病例数据集:地区级流行病学数据
  2. PedalMe伦敦数据集:自行车共享数据
  3. 在线百科数学页面数据集:网页访问量数据
  4. 风力发电机输出数据集:能源生产数据

集成数据集

  1. Pems Bay交通数据集
  2. Metr LA交通数据集
  3. 英格兰疫情数据集
  4. Twitter网球数据集

典型应用案例

案例1:流行病预测

使用匈牙利水痘数据集预测地区水痘病例数:

# 数据准备
from torch_geometric_temporal.dataset import ChickenpoxDatasetLoader
from torch_geometric_temporal.signal import temporal_signal_split

loader = ChickenpoxDatasetLoader()
dataset = loader.get_dataset()
train_dataset, test_dataset = temporal_signal_split(dataset, train_ratio=0.2)

# 模型定义
class RecurrentGCN(torch.nn.Module):
    def __init__(self, node_features):
        super().__init__()
        self.recurrent = DCRNN(node_features, 32, 1)
        self.linear = torch.nn.Linear(32, 1)
    
    def forward(self, x, edge_index, edge_weight):
        h = self.recurrent(x, edge_index, edge_weight)
        h = F.relu(h)
        return self.linear(h)

案例2:网页流量预测

使用在线百科数学页面数据集预测每日访问量:

# 数据准备
loader = WikiMathsDatasetLoader()
dataset = loader.get_dataset(lags=14)
train_dataset, test_dataset = temporal_signal_split(dataset, train_ratio=0.5)

# 模型定义
class RecurrentGCN(torch.nn.Module):
    def __init__(self, node_features, filters):
        super().__init__()
        self.recurrent = GConvGRU(node_features, filters, 2)
        self.linear = torch.nn.Linear(filters, 1)
    
    def forward(self, x, edge_index, edge_weight):
        h = self.recurrent(x, edge_index, edge_weight)
        h = F.relu(h)
        return self.linear(h)

模型训练技巧

  1. 损失计算:可以累积多个时间步的损失后反向传播,也可以每个时间步单独反向传播
  2. 优化器选择:推荐使用Adam优化器,学习率通常设为0.01
  3. 正则化:可通过Dropout层或权重衰减防止过拟合
  4. 评估指标:回归任务常用MSE,分类任务可用准确率等

总结

PyTorch Geometric Temporal为时空图数据分析提供了强大工具,其主要优势包括:

  • 统一的API设计,简化了时空图数据处理流程
  • 丰富的预实现模型,涵盖多种时空图神经网络架构
  • 多样的基准数据集,便于模型评估比较
  • 与PyTorch生态无缝集成,支持GPU加速

对于需要处理时空图数据的任务,如交通预测、流行病建模、社交网络分析等,该库都是值得考虑的选择。

创作声明:本文部分内容由AI辅助生成(AIGC),仅供参考

<think>好的,用户遇到了一个新的错误:ModuleNotFoundError: No module named 'torch_geometric.utils.to_dense_adj'。之前他们的问题是关于无法导入GNNExplainer,现在又出现了另一个模块找不到的问题。我需要先理解这个错误的原因。 首先,这个错误提示的是在torch_geometric.utils中没有to_dense_adj这个模块。根据我的知识,PyTorch Geometric确实有一个to_dense_adj函数,通常在utils模块中。用户可能在代码中使用了类似from torch_geometric.utils import to_dense_adj的导入语句,或者他们使用的某个库(比如torch_geometric_temporal)内部调用了这个函数。 接下来,我应该考虑可能的原因: 1. **版本问题**:可能用户的PyTorch Geometric版本太旧,导致没有这个函数。可能to_dense_adj是在某个较新的版本中添加的,而用户安装的版本较旧,所以找不到。 2. **安装问题**:可能在安装PyTorch Geometric时,某些依赖没有正确安装,导致部分功能缺失。 3. **代码中的导入错误**:用户可能错误地导入了这个函数,或者第三方库(如torch_geometric_temporal)依赖了该函数,但用户的环境中没有正确安装对应的版本。 接下来,我需要验证这些可能性。首先,检查PyTorch Geometric的版本。例如,查看官方文档或更新日志,确认to_dense_adj何时被引入。假设这个函数是在1.7.0版本中添加的,那么如果用户的版本低于此,就会出错。 用户之前的问题是关于GNNExplainer的导入问题,这通常需要版本>=1.6.0。现在的问题可能意味着他们升级了PyTorch Geometric,但可能升级到了某个版本,而torch_geometric_temporal可能对版本有更高的要求,或者存在其他依赖问题。 另外,用户现在使用了torch_geometric_temporal,这个库可能有自己的版本要求,需要与PyTorch Geometric的版本兼容。如果用户安装了最新版本的PyTorch Geometric,但torch_geometric_temporal的版本较旧,可能会出现兼容性问题。 可能的解决步骤包括: 1. 升级PyTorch Geometric到最新版本,确保包含to_dense_adj函数。 2. 确保torch_geometric_temporal的版本与PyTorch Geometric兼容,可能需要升级或降级其中一个。 3. 检查安装依赖项是否正确,特别是PyTorch Geometric的附加库(如torch-scatter, torch-sparse等)。 用户可能已经按照之前的建议升级了PyTorch Geometric,但可能没有正确安装所有依赖项,或者存在版本冲突。此外,torch_geometric_temporal可能对PyTorchPyTorch Geometric的版本有特定要求,需要满足。 此外,用户导入的模块中使用了EvolveGCNH,这可能依赖于某些特定的函数,如to_dense_adj,因此需要确保这些函数存在于当前安装的版本中。 总结解决方案:建议用户首先确认PyTorch Geometric的版本是否足够新,包含所需的函数,并确保所有依赖库正确安装。如果问题依旧,可能需要检查版本兼容性或重新安装整个环境。</think>遇到`ModuleNotFoundError: No module named 'torch_geometric.utils.to_dense_adj'`错误,通常是因为 **PyTorch Geometric版本不兼容** 或 **依赖库未正确安装**。以下是逐步解决方案: --- ### **1. 升级PyTorch Geometric** `to_dense_adj`函数在较新版本的PyTorch Geometric中提供。如果你的版本过旧(例如<1.7.0),需要升级。 #### 验证当前版本: ```python import torch_geometric print(torch_geometric.__version__) # 输出当前版本 ``` #### 升级到最新版本: ```bash pip install torch-geometric --upgrade ``` --- ### **2. 安装/更新扩展依赖库** PyTorch Geometric依赖`torch-scatter`、`torch-sparse`等扩展库。若未正确安装,会导致部分功能缺失。 #### 重新安装所有依赖: ```bash # 替换${TORCH_VERSION}为你的PyTorch版本(如1.13.0+cu117) pip install torch-scatter torch-sparse torch-cluster torch-spline-conv -f https://data.pyg.org/whl/torch-${TORCH_VERSION}.html ``` --- ### **3. 检查torch_geometric_temporal的兼容性** `torch_geometric_temporal`可能与特定版本的PyTorch Geometric绑定。若版本不匹配,可能触发内部依赖错误。 #### 升级torch_geometric_temporal: ```bash pip install torch-geometric-temporal --upgrade ``` --- ### **4. 验证安装结果** 升级后测试导入关键模块: ```python from torch_geometric.utils import to_dense_adj # 确认该函数存在 from torch_geometric_temporal.signal import temporal_signal_split from torch_geometric_temporal.dataset import WikiMathsDatasetLoader ``` --- ### **可能的原因扩展** - **函数迁移**:在旧版PyTorch Geometric中,`to_dense_adj`可能位于其他子模块(如`torch_geometric.utils.dense`),新版已调整路径。 - **版本冲突**:若同时安装了多个版本的PyTorch Geometric(如通过pip和conda混装),可能引发路径混乱。建议使用虚拟环境重新安装。 --- ### **完整环境修复示例** ```bash # 创建新虚拟环境(推荐) conda create -n pyg_env python=3.9 conda activate pyg_env # 安装PyTorch(根据CUDA版本选择) pip install torch==1.13.0+cu117 torchvision==0.14.0+cu117 -f https://download.pytorch.org/whl/torch_stable.html # 安装PyTorch Geometric及其依赖 pip install torch-scatter torch-sparse torch-cluster torch-spline-conv -f https://data.pyg.org/whl/torch-1.13.0+cu117.html pip install torch-geometric pip install torch-geometric-temporal ``` --- 如果问题仍未解决,请提供以下信息进一步排查: 1. `print(torch.__version__)` 的输出 2. `print(torch_geometric.__version__)` 的输出 3. 操作系统和Python版本
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