DeepLabCut 3D工具箱使用指南：从2D姿态估计到3D重建

DeepLabCut 3D工具箱使用指南：从2D姿态估计到3D重建

3D姿态估计技术概述

DeepLabCut作为先进的姿态估计算法，其3D扩展功能允许研究人员将2D视频中的关键点信息转换为三维空间坐标。这项技术基于计算机视觉中的多视角几何原理，通过两个或多个摄像机的视差信息实现三维重建。

3D项目创建与初始化

项目创建步骤

要启动3D分析项目，首先需要创建专用项目目录结构：

import deeplabcut

# 设置项目变量
实验者名称 = '研究团队名称'
项目名称 = '实验项目名称'

# 创建3D项目
config_path = deeplabcut.create_new_project_3d(项目名称, 实验者名称, num_cameras=2)

此函数会生成包含以下子目录的项目结构：

• camera_matrix: 存储相机参数矩阵
• calibration_images: 存放标定图像
• undistortion: 保存去畸变结果
• corners: 存储棋盘格角点检测结果

相机标定流程详解

棋盘格标定准备

1. 棋盘格要求：

   • 推荐使用8x6或更大尺寸的棋盘格
   • 打印后需固定在坚硬平整表面
   • 棋盘格方块尺寸应尽可能大

2. 图像采集规范：

   • 至少采集70对图像（每对包含两个相机的同步图像）
   • 命名规则：camera-1-01.jpg和camera-2-01.jpg
   • 覆盖不同距离和视角（所有角落和中心区域）
   • 棋盘格旋转角度不超过30度

标定执行步骤

1. 初步角点检测：

deeplabcut.calibrate_cameras(config_path, cbrow=9, cbcol=6, calibrate=False)

2. 视觉检查与筛选：

   • 检查corners目录中的检测结果
   • 删除角点检测不准确的图像对

3. 最终标定计算：

deeplabcut.calibrate_cameras(config_path, cbrow=9, cbcol=6, calibrate=True, alpha=0.9)

参数说明：

• alpha: 控制去畸变图像的有效区域(0-1)，1表示保留所有像素，可能包含黑色边界

标定质量验证

执行去畸变检查以验证标定质量：

import matplotlib
%matplotlib inline

deeplabcut.check_undistortion(config_path)

检查内容：

1. 去畸变图像中角点是否对齐
2. 所有角点的3D重投影误差
3. 立体标定的整体精度

3D三角测量实现

准备工作

1. 视频文件命名：

   • 必须包含相机标识（如camera-1或cam-1）
   • 示例：实验1-小鼠-day1-camera-1.avi

2. 配置文件修改：

   • 指定对应的2D项目配置文件路径
   • 确保身体部位名称与2D项目完全一致
   • 设置3D评分者名称
   • 定义骨架连接关系（用于可视化）

执行三角测量

视频路径 = '/path/to/video/folder'
deeplabcut.triangulate(config_path, 视频路径, videotype='mp4')

输出结果：

• 生成包含3D坐标的.h5文件
• 文件命名格式：yourDLC_3D_scorername.h5

3D结果可视化

创建3D标记视频：

deeplabcut.create_labeled_video_3d(
    config_path,
    ['triangulated_file_folder'],
    start=50,  # 起始帧
    end=250,   # 结束帧
    trailpoints=3  # 轨迹点数量
)

可视化参数：

• trailpoints: 显示历史轨迹帧数
• 建议只渲染部分帧序列（处理资源密集）

技术要点与最佳实践

1. 标定质量保障：

   • 使用高精度打印的棋盘格
   • 确保标定环境光照均匀
   • 覆盖工作空间所有区域

2. 3D重建优化：

   • 定期重新标定相机（特别是设备移动后）
   • 检查重投影误差（应<0.5像素）
   • 考虑使用更高分辨率的相机

3. 数据分析建议：

   • 先进行2D轨迹平滑再三角测量
   • 设置合理的置信度阈值
   • 利用骨架定义简化运动分析

通过本指南，研究人员可以系统性地实现从2D视频到3D运动分析的完整流程，为行为学研究提供更丰富的三维运动信息。