使用sunode与PyMC进行贝叶斯ODE建模快速入门-CSDN博客

使用sunode与PyMC进行贝叶斯ODE建模快速入门

项目简介

sunode是一个专注于高效求解常微分方程(ODE)的Python库，特别针对贝叶斯统计建模中需要反复求解ODE的场景进行了优化。当与PyMC结合使用时，能够显著提升包含ODE的贝叶斯模型的采样效率。

环境配置

基础安装

推荐通过conda-forge渠道安装sunode：

conda create -n sunode-env
conda activate sunode-env
conda config --add channels conda-forge
conda config --set channel_priority strict
conda install sunode

开发版安装

如需使用最新开发版本，可通过源码安装：

git clone 项目仓库地址
cd sunode
conda install --only-deps sunode
pip install -e .

注意：Windows平台需要安装兼容的Visual Studio版本。

核心功能演示：Lotka-Volterra模型

模型背景

我们将以生态学中经典的Lotka-Volterra捕食者-被捕食者模型为例：

dH/dt = αH - βLH
dL/dt = δLH - γL

其中H代表兔(被捕食者)数量，L代表猞猁(捕食者)数量。

数据准备

import numpy as np
times = np.arange(1900,1921,1)
lynx_data = np.array([...])  # 猞猁数量观测数据
hare_data = np.array([...])  # 兔子数量观测数据

ODE定义

def lotka_volterra(t, y, p):
    return {
        'hares': p.alpha * y.hares - p.beta * y.lynxes * y.hares,
        'lynxes': p.delta * y.hares * y.lynxes - p.gamma * y.lynxes,
    }

贝叶斯建模

先验分布设置：

with pm.Model() as model:
    # 初始值先验
    hares_start = pm.HalfNormal('hares_start', sigma=50)
    lynx_start = pm.HalfNormal('lynx_start', sigma=50)
    
    # 稳态比例参数
    ratio = pm.Beta('ratio', alpha=0.5, beta=0.5)
    
    # 周期参数
    period = pm.Gamma('period', mu=10, sigma=1)
    freq = pm.Deterministic('freq', 2 * np.pi / period)
    
    # 推导ODE参数
    alpha = pm.Deterministic('alpha', freq * speed_ratio * ratio)
    beta = pm.Deterministic('beta', freq * speed_ratio / fixed_hares)
    # ...其他参数类似推导

ODE求解集成：

with model:
    y0 = {'hares': (hares_start, ()), 'lynxes': (lynx_start, ())}
    params = {'alpha': (alpha, ()), 'beta': (beta, ()), ...}
    
    from sunode.wrappers.as_pytensor import solve_ivp
    solution, *_ = solve_ivp(
        y0=y0,
        params=params,
        rhs=lotka_volterra,
        tvals=times,
        t0=times[0]
    )

似然函数定义：

with model:
    pm.Deterministic('hares_mu', solution['hares'])
    pm.Deterministic('lynxes_mu', solution['lynxes'])
    
    sd = pm.HalfNormal('sd')
    pm.LogNormal('hares', mu=solution['hares'], sigma=sd, observed=hare_data)
    pm.LogNormal('lynxes', mu=solution['lynxes'], sigma=sd, observed=lynx_data)

模型采样

with model:
    trace = pm.sample()

多链采样注意事项

由于当前版本暂不支持序列化ODE求解器，多链采样需注意：

Linux系统默认支持

Mac系统需设置：

import multiprocessing as mp
mp.set_start_method('fork')

Windows系统需设置cores=1

技术优势解析

sunode的核心价值在于：

高效求解：针对小规模ODE的反复求解场景优化，减少Python层开销
自动微分：无缝支持PyMC的梯度采样方法
灵活集成：ODE参数可以是任意PyMC随机变量的函数

应用场景扩展

此方法不仅适用于生态学模型，还可应用于：

药物代谢动力学建模
疾病传播模型
化学反应动力学分析
任何需要ODE的贝叶斯推断场景

通过sunode与PyMC的结合，研究者可以构建更复杂的动态系统模型，同时保持高效的贝叶斯推断能力。

创作声明：本文部分内容由AI辅助生成（AIGC），仅供参考