Hi-C辅助基因组组装原理｜主流软件-CSDN博客

导语

Hi-C是高通量染色体构象捕获(High-throughput Chromosome Conformation Capture, Hi-C)技术的简称，开发于2009年，最初用于捕获全基因组范围内所有的染色质内和染色质间的空间互作信息，目前已应用于基因表达的空间调控机制研究、构建染色体水平参考基因组、构建单体型图谱等。
Hi-C技术源于染色体构象捕获(Chromosome Conformation Capture, 3C)技术，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质三维结构信息。Hi-C技术不仅可以研究染色体片段之间的相互作用，建立基因组折叠模型，还可以应用于基因组组装、单体型图谱构建、辅助宏基因组组装等，并可以与RNA-Seq、ChIP-Seq等数据进行联合分析，从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。

3C，4C，5C以及HiC测序技术

3C

染色质构象捕获(3C)技术是用福尔马林瞬时固定细胞核染色质，用过量的限制性内切酶酶切消化染色质 - 蛋白质交联物，在 DNA 浓度极低而连接酶浓度极高的条件下用连接酶连接消化物，蛋白酶 K 消化交联物以释放出结合的蛋白质，用推测可能有互作的目的片段的引物进行普通PCR和定量PCR来确定是否存在相互作用。3C 技术假定物理上互作的 DNA 片段连接频率最高，以基因座特异性 PCR 来检测基因组中 DNA 片段之间的物理接触，最终以 PCR 产物的丰度来确定是否存在相互作用。

3C，可以验证1个点与1个点的相互作用，每1对相互作用需要1对引物

4C

4C 技术称环状染色质构象捕获 (circular chromosome conformation capture) 或芯片染色质构象捕获(chromosome conformation capture-on-chip)，特点就是对于酶切下来的片段进行环化，然后用反向PCR从已知区域开始扩增出环状的部分。然后用芯片进行序列分析。此时做PCR，我们不需要知道序列两端的信息，只需要知道一段的信息。

4C技术，可以验证1个点与多个点的相互作用，因为根据这1个点设计，关键步骤是成环。

5C

若研究几百个染色质片段之间可能存在的相互作用，使用3C技术需要设计大量PCR引物来确定已知片段与假定片段的关系，通量较低，较难实现。因此，人们设计出3C碳拷贝(3C-carbon copy，5C)技术，这个技术是基于3C的基本原理，结合连接介导的扩增 (ligation-mediated amplification，LMA)来增加3C检测的通量。以3C酶切连接文库为模板，在3C引物端加上通用接头(例如T7、T3)，例如在正向引物(bait)的5’端加上T7接头，在反向引物的3’端加上T3接头，若两个推测片段存在相互连接，由于连接酶介导的连接作用的性质，只有连接上的片段才有扩增。这样，利用通用引物T7、T3进行PCR，而后将产物进行高通量测序即可实现高通量的3C实验。