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想学习python和R的医学生
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专栏收录文章
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专栏特辑--创建conda环境失败-25年修正HTTP000错误
尝试修正HTTP000错误原创 2025-04-26 01:05:07 · 49 阅读 · 0 评论 -
专栏特辑--如何查询Essential Science Indicators （ESI）- 高被引论文--我的文章和高引文章的差距
灵感就是今天终于查询了一下高被引文章，网上对于ESI高被引的查询方法五花八门，很多都是过时的或者极为繁琐的，或者说半天都说不清楚的，现在来总结梳理一下，以备不时之需。这里只讨论高被引文章，不讨论热点（hot）文章。原创 2025-03-17 23:19:44 · 734 阅读 · 0 评论 -
R语言读取hallmarks的gmt文档的不同姿势整理
不同格式各有所用。原创 2024-12-18 20:46:56 · 596 阅读 · 0 评论 -
【特别踩坑】squidpy或者scanpy读取空间数据出现名称错乱
解决读取空间数据时的id异常原创 2024-12-17 14:54:49 · 128 阅读 · 0 评论 -
【特别踩坑】windows系统下zerotier客户端，无ui界面，或显示waiting for zerotier system service，或命令行代码无反应，或连接失败
zerotier登录错误/无UI界面/显示连接中原创 2024-11-12 01:06:05 · 1594 阅读 · 0 评论 -
专栏二十三：Palantir与cellrank合用推断细胞命运
两个软件联手，Palantir计算命运，cellrank进一步推断。主要适用于无法获得原始单细胞数据时的推断。原创 2024-10-23 11:26:16 · 167 阅读 · 0 评论 -
专栏二十二：项目代码-cellphoneDB
cellphonedb项目代码（自建库）原创 2024-10-23 09:29:04 · 135 阅读 · 0 评论 -
专栏二十一：在单细胞分析中将R语言和Python串联
主要包括两大部分：R中用Python和将R中的内容导入Python进行后续分析。原创 2024-10-11 01:49:43 · 271 阅读 · 0 评论 -
专栏二十：如何选择你的单细胞亚群的分辨率--ROGUE
ROGUE这是继chooseR后第二个计算单细胞亚群分辨率的内容，其实关于代码的运行很简单，网上已经有不少教程，重复这些就没意思了，这里主要是结合探讨一下这个算法。原创 2024-10-11 01:20:08 · 632 阅读 · 0 评论 -
专栏十九：单细胞大数据时代--用scvi和scanpy分析与整合数据
scvi多数据集，多样本整合。慢更ing，主要是记录自己在分析中的一些困惑。原创 2024-10-08 22:26:06 · 500 阅读 · 0 评论 -
专栏十八：获取差异基因以后对差异基因的选择和利用如gsva基因集评分
这里主要针对的是单细胞测序seurat流程的选择，比如要画出如下的差异基因dotplot，第一步就需要过滤和提取基因。因为在FindAllMarkers函数计算以后，实际上有一些P值和pct值不符合我们要求的，这里简单写一下在FindAllMarkers函数后的常见pipline，包括常规的过滤，以及为后续的TCGA-gsva等方法做准备。原创 2024-08-22 16:39:32 · 406 阅读 · 0 评论 -
专栏十七：如何选择你的单细胞亚群的分辨率--chooseR
单细胞测序Seurat的res选择--chooseR的方法原创 2024-08-14 22:42:15 · 661 阅读 · 0 评论 -
专栏十六：bulk以及单细胞空转中的progeny通路分析
Progeny通路富集分析的使用原创 2023-12-19 21:49:38 · 1961 阅读 · 0 评论 -
专栏十五：omicverse在单细胞分析中的实际使用体验和小改动
实际使用omicverse的一些体会原创 2023-12-11 23:28:18 · 577 阅读 · 0 评论 -
专栏十四：基于Seurat的单细胞质量控制时过滤参数的部分总结思考
单细胞10X测序中对质控指标的部分思考和总结原创 2023-12-10 21:46:40 · 1090 阅读 · 0 评论 -
专栏十三：单细胞将亚群metadata信息返回至大群当中/提取和删除亚群/新增assay/python和R/Seurat和Scanpy
很常见的需求，比如我提出大群中的成纤维细胞，再分群为FIB1 FIB2 FIB3，现在需要把这部分注释信息返回到大群。原创 2023-12-05 00:44:20 · 3325 阅读 · 1 评论 -
专栏十二：单细胞空间转录组四种常见的不同整合pipline
总结几种常见的单细胞整合方式，不同的数据可能有不同的效果原创 2023-10-10 16:29:40 · 821 阅读 · 0 评论 -
专栏十一：基因集和siganture的jaccard相似系数计算
jaccard系数在生信中的使用--基因集相似性原创 2023-09-22 14:47:45 · 610 阅读 · 0 评论 -
专栏十：10X单细胞的聚类树绘图
专栏十：10X单细胞分析的细胞群聚类树绘制原创 2023-09-16 12:56:17 · 1308 阅读 · 1 评论 -
专栏九：差异分析方法代码总结-limma Deseq2 edgR
三大差异分析 limma Deseq2 edgR原创 2023-04-22 14:26:07 · 859 阅读 · 0 评论 -
专栏八：五种打分算法合辑
5种常见打分算法集合 并且算总score原创 2023-04-16 00:12:55 · 531 阅读 · 0 评论 -
专栏六：复习差异分析（1）-limma-芯片
复习一下limma包做芯片分析 为GEO数据验证做准备原创 2023-04-06 11:17:50 · 485 阅读 · 0 评论 -
专栏五：食管癌Cancer Cell文章生信部分解析
看篇文章原创 2023-04-03 11:52:22 · 562 阅读 · 0 评论 -
专栏四：解析cellphoneDB（V3版本为主）
新版本旧版本cellphonedb的运行，本专栏尽量结合二者（新版本增加了东西，但框架没有变）原创 2023-03-21 17:32:23 · 1075 阅读 · 0 评论 -
专栏三：解析spatialCNV的使用
文章Spatially resolved clonal copy number alterations in benign and malignant tissue发在natur原创 2023-03-18 15:18:22 · 1023 阅读 · 0 评论 -
专栏二：单细胞空间转录组pseudobulk的使用及代码
基于count数据的加和。包括pseudobulk的代码原创 2023-03-10 11:49:33 · 1887 阅读 · 0 评论 -
专栏一：单细胞分群后marker基因的表达量展示
总结：AverageExpression()可以直接用于已经经过数据处理（log化）后的data，并且得到基因在某个cluster中的平均表达水平。原创 2023-03-07 11:47:39 · 1352 阅读 · 0 评论