python实验2：xml文件的分析与整合

最新推荐文章于 2025-05-20 23:31:32 发布

小何同学#

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文章标签： python 笔记经验分享

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_69913686/article/details/139375934

1.1 从Drugbank的full database.xml文件中提取approved药物的id、name、type和/中的Molecular Weight,将targets中人类靶点gene name整理为一个，分隔的字符串。将每种药物的以上信息存入一个字典中。

import os
import xml.etree.ElementTree as ET

# 使用os.chdir()函数设置路径
os.chdir('D:\\桌面\\实验\\python实验\\python-class')

# 解析XML文件
tree = ET.parse('full database.xml')
root = tree.getroot()
# 定义一个空列表来存储每种药物的字典
all_drugs = []

# 遍历XML树，提取每种药物的信息
for drug in root.findall('{http://www.drugbank.ca}drug'):
    temp_drug = {
   
   }
    # 获取药物的groups
    groups = drug.find('{http://www.drugbank.ca}groups')
    # 遍历每个组
    for group in groups.findall('{http://www.drugbank.ca}group'):
        # 检查组是否为"approved"
        if group.text == 'approved':
            # 提取药物的id,name,type
            temp_drug['id'] = drug.find("{http://www.drugbank.ca}drugbank-id[@primary='true']"