GseaVis包使用报错

1引言已经陆陆续续有用户使用一些我写的 R 包了,并且也反馈了一些小问题,这里列出最近的修复结果。2GseaVis 问题p 值格式:有位小伙伴在 github 上提了个不错的建议:建议对于 p 值太小的时候直接写成小于一个阈值就行了,我之前提供了保留位数参数,这里我就采用了这个建议。library(GseaVis) #loaddata test_data<-system.file(...

这是一个GSEA富集分析可视化R包的介绍文章，详细说明了GseaVis包的安装使用方法、可视化功能以及结果解读，并提供了实用的代码示例。

当我们设置好分组实验最后获得各组对基因的表达矩阵时，我们通常希望得到不同分组中具有差异表达的基因。如果进行常规差异分析，通过log2fc筛选差异基因，就是将筛选差异基因的标准聚集在单个基因的差异表达上。而实际上每个基因的差异表达造成的表型差异有所不同，有些基因虽然差异表达较小，但会造成较大的生理功能变化。并且生理功能通常是由一系列基因调控的，所以只将筛选标准聚集在单个基因差异表达上，可能会错过真正具有生物学含义的基因群差异。

GseaVis，专门用于GSEA富集分析可视化，相比于enrichplot，增加了很多好用的功能，很多功能让我直呼 泰裤辣！！

没关注？伸出手指点这里1引言很久之前写过使用 Mfuzz 和 hclust 的方法来对基因进行聚类和可视化。但是许多人觉得 Mfuzz 出图不是特别美观,此外提供的调整参数也很少,相关推文见:使用 Mfuzz 包聚类分析并自定义绘图基因 hclust 聚类并绘制聚类热图和表达趋势图此外我们还会见到 RNA-SEQ 时序分析的 热图 和 表达趋势折线图 及每个亚群的 通路富集结果 可视化在一起,例如...

GseaVis：项目核心功能/场景 GseaVis 是一个用于可视化基因集富集分析（GSEA）结果的实现包，支持对 enrichplot 包中的 gseaplot2 函数进行拓展。该工具能够处理来自 clusterProfiler 和 GSEA软件 的富集结果，并提供定制化参数以优化可视化效果。 项目介绍 GseaVis 的设计宗旨是为了让科研人员能够更直观地展示 GSEA 富集结果。通过该工具，...

最近学习GSEA，在学习过程中搜索园子里关于GSEA的帖子，似乎不多，也不太全，特来发帖，以助后来小伙伴少走弯路~1. 进入官网下载GSEA，很多人下载桌面板，但是我觉得java更小更方便啦，看个人喜好喽。下载完成后，在dose里运行java –version,显示如下，即安装好。3. 把下载的GSEA拖到自己的文件中，我放在G盘了，运行java -jar gsea-3.0...

Seurat计算foldchange时报错Error in names(x)

GSEA load files errors

GSEA简介首先简单介绍一下GSEA，它是2005年在PNAS上发扬光大的方法，沿用至今，目的是看差异表达的基因在哪些基因集中富集。相比于Over-representation只关注显著差异表达的基因，GSEA分析纳入所有基因，将一些微弱但不显著的效应考虑在内。假设做了AHBA的10000个基因表达和大脑表征相关，其中300个基因经过检验是显著相关的，ORA富集分析这30...

后来干脆一不做二不休，写一个函数吧，有差异分析结果即可，可视化也是一键出结果。我们此部分一共有两个函数，一个是KS_GSEA，作用是进行转录组数据GSEA分析，提供clusterProfiler和fgsea两种R包分析方式，KS_GSEA适用于human和mouse两个物种，支持KEGG、GO（BP）的GSEA分析。NES

【代码】ssgea gsva。

基本图形的快速成型

GSEA输入数据需要将gene根据log2FoldChange值从大到小的顺序以此排列，这时我们在R语言中导入数据的时候处理好就可以了。准备好输入文件，输入文件为差异表达分析结果，分析结果主要主要的是gene_ID，和log2foldchange这两列，如图红框框住部分。5.可视化所有富集结果，并显示上下调通路情况，这里的演示数据只使用了部分数据，所以不全。4，可视化其中通路情况，如GO:0000165，GO:0043408这两个通路。3,运行GSEGo程序,这里不将BP CC MF分开。

GSEA分析GSEA介绍GSEA原理数据矩阵文件GSEA计算中几个关键概念典型富集结果解读GSEA与传统的比较 GSEA介绍 我们先提出问题：在解读传统的富集分析（基于超几何分布或Fisher检验）结果时，经富集分析筛选的功能通路中，既有上调差异基因，也有下调差异基因，那么这条通路总体的表现形式改如何定义（是被抑制还是激活）？或者更直观的解释，这条显著富集的功能通路的（基因）表达水平在实验处理后是上升了，还是下降了? 分析： 在传统的富集分析时，我们只需要一个差异基因的列表，根本不关心这个差异基因究竟是上