CNV检测软件CNVpytor（CNVnator的Python扩展版）安装血泪史，终于安装成功

最近在安装cnvnator软件，conda，pip，docker，手动安装，轮番上阵都出现各种bug，各种解决，各种失败，最终还是以失败告终，简直欲哭无泪😭。cnvnator的安装算是放弃了，转而一门心思安装cnvpytor（cnvnator的python扩展版），刚开始也是各种报错，还好根据报错信息一步步解决了，喜极而泣呀😀

我的安装步骤是这样的，首先需要建立一个虚拟的conda环境，并进入该环境：

conda create -n cnvpytor python=3.6
source activate cnvpytor（或者conda activate cnvpytor)

然后使用pip命令进行安装：

pip install cnvpytor

这一步基本安装成功！

需要验证下是否能成功运行：

cnvpytor -h

这一步报错了，说明需要的依赖包没有安装

pkg_resources.DistributionNotFound: The 'matplotlib>=2.2' distribution was not found and is required by CNVpytor

 可以通过pip show cnvpytor查看都需要哪些依赖包，cnvpytor需要的依赖包gnureadline, requests, pysam, numpy, scipy, matplotlib, h5py, xlsxwriter，全部用pip install 安装好

Name: CNVpytor
Version: 1.3.2
Summary: Python extension of CNVnator
Home-page: https://github.com/abyzovlab/CNVpytor
Author: Milovan Suvakov, Abyzov Lab, Mayo Clinic
Author-email: suvakov@gmail.com
License: UNKNOWN
Location: ~/envs/cnvpytor/lib/python3.6/site-packages/CNVpytor-1.3.2-py3.6.egg
Requires: gnureadline, requests, pysam, numpy, scipy, matplotlib, h5py, xlsxwriter
Required-by: 

 安装完之后，再测试一下cnvpytor --version

屏幕显示：CNVpytor 1.3.2

安装并测试成功，到这一步就结束了，可以使用了。

#大家如果有cnvnator安装成功的经验也可以分享下😊