Slicer渲染Dicom到nrrd

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已于 2025-07-14 15:44:19 修改

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文章标签： Dicom Slicer nrrd

于 2025-07-13 19:37:42 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_34524246/article/details/149308809

Slicer渲染Dicom到nrrd

工作中遇到一些处理Dicom数据的需求，个人通过网络上的一些教程

对于原始数据尝试转换到nrrd时，发现部分的窗体数据的渲染方向不一致

进一步发现这些很多定义的方向是跟设备厂家强相关的，不同厂家对于同一段的Dicom参数都有不同的实现方式，所以这个模块个人调整了一段时间还是不够满意

现阶段打算借助这些渲染医学影像的工具代码进行辅助处理，以减少这些繁琐的数据转换步骤

文章目录

Slicer渲染Dicom到nrrd

一、Slicer源码跟踪

Slicer是一个相当大的工程，对于这种工程的探索感觉只能用好全局搜索+凭直觉猜测的方式进行

搜索DICOM database相关的组件
- Slicer的插件通常分为一组定义、一组UI、一组逻辑
- 所以按照上诉逻辑开始进行搜索

在相关源码中出现了一些browser相关的字眼，我们猜测相关的逻辑代码应该在进一步跳转的DICOMLib中

请添加图片描述
2. 猜测SlicerDICOMBrowser的调用函数

主要使用load相关的字眼去搜索找到了一个类似的实现类

请添加图片描述
3. 探索DICOMUtils

出现了读取序列的类似方法，猜测链猜测应该正确继续

在这里插入图片描述
4. 寻找操作实现插件

函数读取了一个外部插件，作为最终执行函数

请添加图片描述
5. 使用常见的现象对源码进行重定向

通常来说读取到Slicer内的数据会被封装成一个Scalar数据
所以我们去追踪DICOMScalarVolumePlugin，并查看其是否存在Load函数

请添加图片描述

最终找到了参数的封装loadFilesWithSeriesReader

找到目标封装

二、功能块封装

2.1 初级逻辑校验

在Slicer的交互式控制台中输入下方图示的代码
对象可以被正常创建，函数也可以正常调用，说明之前的探索逻辑可行
(这里有数据的人可以按照函数所需的参数填写进去，是可以创建节点并渲染数据的)

2.2 开始逻辑封装

Slicer是可以执行外部用户脚本的，参数可以使用类c风格进行传递，也可以直接内部写死，直接调用即可

逻辑封装就是按照2.1的部分创建一个py脚本
初始化相关的类，并填写相关的参数

核心封装部分

plugins = slicer.modules.dicomPlugins['DICOMScalarVolumePlugin']()
...........
try:
    node = plugins.loadFilesWithSeriesReader(format, files, "reader")
    slicer.util.saveNode(node, output)
    slicer.mrmlScene.RemoveNode(node)
    slicer.app.processEvents()  # 让UI临时更新一下，非ui模式注释掉
except Exception as e:
    logging.error(str(e))
...........

2.3 使用Slicer进行调用

这部分比较简单，相关参数可以去slicer论坛进行查询
但需要注意的是，slicer的相关执行只能通过返回值进行判断(😐 主要是没找到slicer脚本输出内容的重定向相关)

def run_slicer_script():
    command = [
        slicer_exe,
        "--python-script",
        script_path,
        自定义脚本参数1
    ]
    result = subprocess.run(command)
    print(result.returncode)

三、写在末尾

示例封装压缩包: https://download.csdn.net/download/qq_34524246/91359684
Slicer执行外部脚本论坛: https://discourse.slicer.org/t/how-to-run-python-script-in-slicer/12352
b站视频: https://www.bilibili.com/video/BV1PBuvz2Emx/?vd_source=5a73219f151c2d27663d9e4466c1c2bf
最后放一张脚本通过二次封装让CPU 100%工作的图

请添加图片描述