rdkit smiles支持和扩展

最新推荐文章于 2025-03-18 21:48:59 发布

qq_36801966

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分类专栏： python 文章标签： rdkit ChemAxon coordinates 分子异构手性中心

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_36801966/article/details/107125913

本文详细介绍了RDKit库对SMILES的支持和扩展，包括芳香性、配位键、闭环、原子编号指定、ChemAxon的CXSMILES扩展以及如何利用坐标和异构SMILES识别手性中心。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

rdkit涵盖了Daylight SMILES所有的标准功能以及一些有用的扩展，下面是扩展的部分内容

一、引入所需库

#! /usr/bin/python
# coding: utf-8

import os
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw

二、芳香性

和氧同族的Te(碲，拼音： dì ，原子序数52 ，是银白色的类金属）元素也可能具有芳香性，当其连接2个芳香原子时，它贡献2个pi电子。

m = Chem.MolFromSmiles('OC(=O)c1[te]ccc1')
Draw.MolToImageFile(
    m,
    '/Users/zeoy/st/drug_development/st_rdcit/img/mol48.jpg',
    legend='tellurophene-2-carboxylic acid'
)
# 碲吩-2甲酸分子
# Te原子的编号是4，下面检查其芳香性
aromatic_atom4 = m.GetAtomWithIdx(4).GetIsAromatic()
print('atom4 is aromatic', aromatic_atom4)  # atom4 is aromatic True

三、配位键

rdkit通过 -> 和 < -来支持配位键表示，箭头的方向非常重要，代表了谁提供电子
配位键不会影响起始原子的价态，只会影响指向原子的价态

cu_mol = Chem.MolFromSmiles('[Cu](Cl)Cl')
bipy = Chem.MolFromSmiles('C1(C2=NC=CC=C2)=CC=CC=N1')
bipycu = Chem.MolFromSmiles('c1cccn->2c1-c1n->3cccc1.[Cu]23(Cl)Cl')
mols = [cu_mol, bipy, bipycu]
img = Draw.MolsToGridImage(
    mols,
    molsPerRow=3,
    subImgSize