读取没有Meta.data的单细胞表达矩阵构建Seurat分析对象

最新推荐文章于 2025-02-24 10:04:23 发布

邢博士谈科教

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分类专栏：生信生物信息学科研文章标签： r语言数据分析数据挖掘

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读取没有Meta.data的单细胞表达矩阵构建Seurat分析对象

前情介绍

单个表达矩阵的单细胞测序数据下载读取和构建Seurat分析对象

注意事项

单细胞表格矩阵的文件格式可以允许有哪些格式？

如果是读取的单个表达矩阵文件来构建seurat分析对象的话, 这个表达矩阵文件可以是CSV,TXT, TSV或者csv.gz,txt.gz, tsv.gz 等格式的表格文件

什么情况需要提供meta.data文件，什么情况下不需要提供meta.data文件?

如果这单个表达矩阵文件里面含有多个样本，比如说多个GSM编号的样本，那么就必须要提供一个meta.data文件 ,这个meta data文件里面至少要有barcode细胞标签id列和样本id编号这两列信息，在meta.data中每一行对应了一个细胞的细胞barcode编号和该细胞所属的样本编号，每个样本编号对应了几千个细胞的细胞标签ID，这样的话就能够知道每个样本大概对应了哪些细胞的单细胞数据。

如果是该项目只有一个样本的话，那么就可以不用提供meta data文件。

meta.data文件的基本格式是什么样的？

meta.data文件里面可以有很多列信息，但是一个正常的meta.data文件，至少要有barcode细胞标签id列和样本id编号这两列信息，像下面的这个meta.data文件这样：

这个meta.data文件就含有了这两列，其中在这个文件中barcode列就是单细胞的细胞标签id列，patient ID列就是样本编号id列，在meta.data中每一行对应了一个细胞的细胞barcode编号和该细胞所属的样本编号，在GEO中数据集中，样本编号列可能是GSM开头的GSM样本编号，如果没有细胞标签barcode列和样本编号这两列的对应信息，如果这个单细胞数据包含了多个样本，就不知道每个样本包含的细胞是哪些

对于表达矩阵有多个样本，但没有meta.data文件的时候该怎么办?

如果这单个表达矩阵文件里面含有多个样本，比如说多个GSM编号的样本，那么就必须要提供一个meta.data文件 ,如果没有meta.data文件，可能要考虑更换一个数据集，或者自己手动构造一个meta.data表格文件，我上面讲过，一个正常的meta.data文件，至少要有barcode细胞标签id列和样本id编号这两列信息，在构建meta.data文件的时候，至少要有这两列，在meta.data中每一行对应了一个细胞的细胞barcode编号和该细胞所属的样本编号，如果一个单细胞有几万个细胞的话，是需要手动构建一个几万行的这样的meta.data表格文件的。