qq_43722079的博客

scHiC数据集没有提供处理好的计数文件，需要从.hic转换。Github一个个好长的文档看了好久才定位到 juicer tools 的dump命令，使用起来比想象中简单。

简介：直接用记事本打开hdf5文件的话，是一团乱码。HDFView是用来查看hdf5文件的软件，可以免费使用，好多人都有闪退的情况，这是因为没有添加环境变量。

日本水稻品种基因组染色质长度。最终在UCSC上找到了对应的组装好的基因组，版本名为 IRGSP-1.0。UCSC链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_001433935.1/

人类小鼠hg19 hg38 mm9 mm10 染色体长度文件

怎么找生物信息论文的数据，PubMed太有用了！

创作日志：下载的增强子数据文件里，没给增强子中包含的SNP信息，所以要自己写脚本补充。本来是想通过爬虫的方法在dbSNP的网站上边爬取边补充，但是谁知道dbSNP的搜索功能做得那么垃圾！于是就只能下载dbSNP的变异位点文件，然后再自己做处理。当我经历了九九八十一难终于下载并解压好了120+G的vcf文件后，打印信息的时候tmd发现自己下载错了版本，我要用的是hg19，却下载成了hg38，欲哭无泪… 文件名不标版本真的很气人。于是读了读README文档，谁让以前不读呢。具体步骤 注意：由于下载的v

嗯就是记一下

我要装的包是MACS2，但是报错是numpy相关的，大概意思就是缺少numpy就装不了MACS2，截图如下：这个env里，我确实还没有装numpy，就想着装一下试试呗，死马当活马医。刚开始用 pip install numpy，几次都不成功。然后去官网下载了numpy的whl文件，然后再pip install xxxxx.whl，成功了。numpy安装好后，再安装MACS2，果然可以安装成功了。...

日志： 玩了一年多了，有点无聊，该干活了… 用谷歌直接翻译网页真的好多错误还不通顺，也不符合原来的逻辑，关键词都翻译地不对，怎么能正确理解呢，强迫症就自己翻译一下，不太懂的就查查资料，准确率应该还可以。原网址： http://geneontology.org/docs/ontology-documentation/Gene Ontology overview 基因功能分类体系概述Ontology 是给定领域内知识体系的正式表示。Ontology 通常由一系列class（类）和它们之间的关系构成。