GPCR蛋白一般残基编号(Generic residue numbering)


前言

在相应的文章中看到对于对于描述GPCR中的序列位置,往往在除了在当前蛋白的氨基酸序列序号意外,会在右上角标注一个类似于6 x 49的编号。经查这个编号有一个统一名称:Generic residue numbering。本文即介绍以下这个Generic residue numbering到底是如何规定的。


定义

以6 x 49这个编号为例子作为讲解:

第一个数字:在GPCR蛋白家族中存在7个跨膜区域TM,数字6即代表该氨基酸在TM6之上。
第二个数子:GPCR一共分为A~F 6个家族,将每个家族中最保守的那个氨基酸的位置定为50. 49即代表是最保守的那个氨基酸的前一个氨基酸。下图加粗氨基酸为不同蛋白家族中最保守氨基酸:
在这里插入图片描述

特殊情况

在部分文章中是可以看到有些氨基酸上标了两个Generic residue numbering,这往往是由于helix的突起和收缩,造成了与标准序列之间的偏差(如下图所示):
在这里插入图片描述
同时标注两个Generic residue numbering即认为地弥补这个空缺。

参考连接

原文:https://doi.org/10.1016/j.tips.2014.11.001
GPCRdb:https://docs.gpcrdb.org/generic_numbering.html
袁曙光老师博客:https://blog.sciencenet.cn/blog-355217-864739.html

### 使用GROMACS分析蛋白质配体相互作用中的氨基酸残基 为了深入理解蛋白质与配体之间的相互作用,特别是识别参与这种相互作用的关键氨基酸残基,可以利用GROMACS工具套件执行详细的分析。下面介绍一种方法来完成这一目标。 #### 准备工作 确保准备好的输入文件包括拓扑文件(`.top`)、索引文件(`.ndx`),以及轨迹文件(`.xtc`)。对于含有缺失原子或残基的情况,在运行仿真之前应当先处理这些问题[^3]。例如,可以通过ChimeraX等软件补充缺失部分后再继续后续操作。 #### 创建特定组别的索引文件 创建一个专门针对感兴趣区域的索引文件是非常有帮助的。这允许更精确地指定哪些成分参与到计算之中。假设已经有一个名为`index.ndx`的基础索引文件存在,则可以在命令行界面下使用`make_ndx`功能进一步定制: ```bash gmx make_ndx -f topol.tpr -o custom_index.ndx ``` 在此过程中可以选择并保存新的分组,比如只包含受关注的氨基酸残基范围内的那些。 #### 计算氢键形成情况 一旦拥有了合适的索引文件,就可以调用`hbond`模块来进行氢键统计了。此过程会成关于两个选定实体间形成的瞬态联系的数据集。具体来说,要评估蛋白质内某个特定位置上的氨基酸如何同外部的小分子建立连接关系,可以用如下指令实现: ```bash gmx hbond -s md_0_10.tpr -n custom_index.ndx -f md_0_10.xtc \ -num md_0_10_HB-Num_Protein_Residue.xvg Residue_Name Ligand_Group ``` 这里`Residue_Name`代表所关心的那个氨基酸名称;而`Ligand_Group`则是指代配体所在的选择项。上述命令将会输出一个图形化的结果文档(`md_0_10_HB-Num_Protein_Residue.xvg`),其中记录着每一步骤里该位点上发的氢键数目变化趋势[^1]。 #### 可视化交互网络图谱 除了定量描述外,还可以借助第三方可视化工具如VMD或者PyMOL绘制出更加直观的表现形式——即展示出各个时刻下的实际接触模式及其强度分布状况。这类图像有助于快速定位重要的结合热点,并为进一步实验设计提供指导方向。 通过以上步骤,能够有效地解析蛋白质与其配体间的动态互动特性,尤其是揭示出哪些具体的氨基酸残基发挥了重要作用。
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