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原创 Nat Immunol｜空间组学解析肝癌免疫治疗响应的新型三级淋巴结构形态

但是T细胞区的空间结构保留，呈现持续抗原呈递，包括成熟DC细、Treg、增值T细胞和效应T细胞之间的互作关系。但是T细胞区却持续存在，富含成熟树突细胞（DC-LAMP+CCR7+HLA-DRhi），CD4+Tph细胞（CXCR5⁻CXCR3⁺）与CD8+T细胞紧密接触，记忆T细胞标志（CD45RO+CD25+）高表达。研究者也进行了显微切割后的免疫组库测序，发现了B细胞在退化TLS中经历了更大的抗原驱动的阳性选择，而克隆扩增的CD8+T细胞以效应记忆表型（GZMK⁺/GZMB⁺）为主可能介导长期免疫监视。

原创 Cancer Cell｜张泽民院士团队整合单细胞+空间多组学揭示胰腺癌神经侵袭的空间机制

比较低NI（n=8）和高NI（n=17）组之间的细胞类型组成差异，结果发现了恶性细胞亚群Ductal-APOA2（神经内分泌样）富集于低NI组，特征为脂代谢通路激活。③Ductal-CEACAM5亚群（经典型），腺管状形态，中度侵袭性。在免疫细胞组成差异上，低NI组富集很多三级淋巴结构（TLS）相关的细胞亚型，而高NI组富集很多免疫抑制性的细胞亚型，例如Treg、NLRP3+巨噬细胞亚型等。研究解析了神经束内的细胞组成，发现了神经束内存在不同的成纤维细胞亚型、髓系细胞亚型和Schwann Cell亚型。

原创 Cell｜PCF空间单细胞蛋白组填补空间转录组分辨率的局限性，实现胶质瘤空间真单细胞精度！

传统病理学已经描绘了胶质母细胞瘤（GBM）的空间异质性，尤其是假栅栏结构对应的坏死灶/缺氧区被认为是局部组织的关键调控者，但其长程的空间调控机制未知，缺氧如何协调不同细胞类型的空间分布规律。这些问题一直悬而未决。恶性细胞类型的定义上，Visium的spot代表的类型和PCF定义的单细胞类型基本相符，包括神经发育状态（NPC-like、OPC-like、AC-like）、间充质状态（MES-like、MES-Hyp）和增殖代谢（Prolif-Metab）、染色质调控（Chromatin-Reg）等状态。

原创 Cell｜全球首例 海军军医大学上海长征医院徐沪济团队应用新型CAR-NK细胞疗法治疗难治性系统性硬化症患者

尤其是针对B细胞亚群分析，研究者发现了记忆性B细胞显著减少，而初始B细胞在灌输后得到了显著增加。BCR测序揭示了增加的B细胞是新克隆产生。虽然B细胞靶向的CAR-T疗法近来在难治性硬皮病患者中展现了非常好的效果，但是自体CAR-T细胞治疗需要个体化制备费用昂贵，异体CAR-T细胞来源受限，加之CAR-T细胞治疗可能引起诸如细胞因子释放综合征等不良事件。临床评分也得到了显著改善，皮肤厚度评分mRSS下降、EUSTAR-AI从3.68降低至第6个月的1.33、ACR-CRISS持续上升，在第3个月改善50%。

原创 Science子刊：空间单细胞蛋白组驱动的多模态研究揭示肺癌免疫治疗响应相关的肿瘤微环境特征

DC细胞作为抗原呈递细胞可以激活Tc细胞，为了解释Tc细胞和DC细胞间互作的原因以及互作导致的微环境的分子变化，研究者基于Tc和DC间的距离长短，分为了短距离互作组（<80μm）和长距离组（>80μm），然后分析了配对的转录组数据。由于Tc细胞与临床结局的高度关联性，研究者通过细胞互作和细胞距离分析，重点关注了Tc细胞与其他细胞间的互作关系。结果发现了免疫治疗响应患者中Tc细胞和肿瘤细胞间的互作更强，Tc细胞和DC细胞间的距离更近，CD63-巨噬细胞和Tc细胞的互作频率更高。华盈生物空间多模态研究体系。

原创 Cancer Discovery (IF:30.6)｜空间单细胞蛋白组联合空间转录组系统描绘卵巢癌演进过程中肿瘤微环境的动态重塑

T细胞功能耗竭，包括细胞毒性标志（PRF1, GZMB）表达下调、耗竭标志（LAG3, CTLA4）增加。+ GeoMx DSP空间转录组），首次系统描绘了输卵管（FT）前驱病变（p53特征、STIC）向HGSOC演进过程中免疫微环境的动态重塑，揭示了免疫监视与免疫抑制的竞争关系是癌症进展的关键驱动因素。分泌细胞获得致癌突变（持续存在于所有后续阶段），输卵管伞端上皮出现DNA修复压力，早期免疫被激活，包括MHC-I（HLA-A/E）增加、IFNα/γ通路增加、 招募cDC1/NK/TRM细胞等。

原创 Cancer Cell｜空间单细胞蛋白组发现肺腺癌前驱病变免疫逃逸关键靶点TIM-3

首先是上皮/肿瘤细胞的分析，除了同源性互作很强之外，上皮/肿瘤细胞和成纤维细胞间的互作最强，并且在后期病变中互作增加，说明了增加的基质支持肿瘤增长。Treg和上皮/肿瘤细胞间的空间关系从正常肺组织中的“避让”发展到肺腺癌中的互作，说明了后期病变中的免疫抑制微环境。该研究通过空间多组学揭示了LUAD前驱病变免疫微环境的动态演化规律，确立了TIM-3在癌前免疫逃逸中的核心地位，并证实其作为早期拦截靶点的治疗潜力，同时多个抗TIM-3药物已进入临床，安全性支持快速转化，为肺癌预防提供了新思路。

原创 Sci Immunol（IF:17.8）｜空间组学联合单细胞测序破解白血病治疗不同响应的骨髓微环境差异

整合scRNA-seq和PCF空间单细胞蛋白组，揭示了AML患者对供体淋巴细胞输注（DLI）治疗的应答机制，发现应答者的骨髓微环境中存在由ZNF683高表达的CD8+ T细胞主导的协同免疫网络。

原创 空间多组学破译生命密码：干细胞定制食管黏膜迈入临床时代

食管发育依赖上皮与基质细胞的协同作用，但基质细胞（如成纤维细胞亚群、周细胞）的异质性及其分泌的信号分子（如BMP、TGFβ）如何调控基底细胞命运尚不明确。缺乏人类发育的时空图谱阻碍了体外系统的理性设计。本研究通过整合空间多组学和深度学习模型（Manatee），首次绘制了人类食管发育的细胞动态图谱，并筛选出关键信号组合（EGF激活+BMP/TGFβ激活+WNT抑制），解决了体外分化效率低的核心问题。、空间转录组和机器学习，揭示了人类食管发育的细胞动态，并优化了hPSC分化为食管基底细胞（BC）的方案。

原创 空间解码：首个人类胸腺发育图谱揭秘性别驱动的免疫起源

​在细胞组成上，男性​中单阳性T细胞（SPs）、活化髓质上皮细胞（mTECs）、血管平滑肌细胞（VSMCs）更多。在分子通路差异​上，女性​的能量代谢、抗原呈递、干扰素信号上调（如HLA-DR、CXCL12），而男性​的炎症信号（TNF、IL-1）、氨基酸代谢、GPCR通路更活跃，可能与更高的炎症反应相关。​在皮质髓质交界（CMJ）​​区域，JAG1​由内皮细胞和血管周细胞表达，促进ETPs向CD14⁻ DC1分化，抑制T系定向。，CITE-seq​和ATAC-seq​多组学技术。

原创 Gut（IF: 23.1）｜深度多组学破局肝癌免疫联合治疗耐药的空间微环境图谱

高纬度的空间分析揭示了9种细胞邻域（CN）。无应答者中，Tregs高表达免疫抑制分子（ICOS、PD-1），富集于免疫细胞密集区域（如CN2和CN9），并与CD8+ T细胞近距离共存。近年来，免疫检查点抑制剂（ICI）联合治疗（如抗CTLA-4的tremelimumab和抗PD-L1的durvalumab）已成为晚期HCC的一线治疗方案，但仅部分患者获益。在治疗后疾病进展组中CD8+ T细胞和Treg间的距离显著缩短，与临床结果相一致，说明了Treg和CD8+ T的空间互作是联合免疫治疗无响应的关键因素。

原创 肿瘤“帮凶”自供自销！Nature子刊破解基底细胞癌髓系微环境生存密码

尽管免疫检查点阻断（ICB）疗法在部分患者中有效，但响应率有限（约30%），亟需探索肿瘤微环境（TME）的异质性机制。这项发表在《Nature Communication》上的研究通过PCF空间单细胞蛋白组（CODEX）、单细胞转录组（scRNA-seq）、质谱流式（CyTOF）等多组学技术揭示了BCC中促肿瘤的Trem2+巨噬细胞（SCAMs）的作用，为联合治疗提供了新靶点。​空间微环境的动态调控：LT区域的SCAMs与LY6D-肿瘤细胞的空间邻近性提示局部信号互作的重要性，为靶向治疗提供空间定位依据。

原创 空间组学高级分析方法介绍

SPIAT（组织空间图像分析）是一个包含数据处理、质控、可视化、空间分析的数据分析工具。Seurat主要针对PCF细胞分割完成之后的结果，常见为csv格式的文件，主要包含细胞标识（cellid）、蛋白marker在对应细胞中的信号值、每个细胞的空间坐标（X/Y坐标）信息等。IMCDataAnalysis软件支持从steinbock框架处理或者Ilastik分割产生的结果，或者直接读取包含细胞标识（cellid）、蛋白marker在对应细胞中的信号值、每个细胞的空间坐标（X/Y坐标）信息等的表达矩阵信息。

原创 Gut｜小样本深度多组学破局：肝癌联合免疫治疗耐药的空间免疫图谱

近年来，免疫检查点抑制剂（ICI）联合治疗（如抗CTLA-4的tremelimumab和抗PD-L1的durvalumab）已成为晚期HCC的一线治疗方案，但仅部分患者获益。特征集富集分析：整合860个临床和组学特征，发现应答者富集炎症相关特征（如单核细胞、PD1+CD8+ T细胞），非应答者富集免疫抑制特征（如Treg相关标志物）。：应答者肿瘤中干扰素（IFN-γ/α）通路显著激活，且抗原提呈相关基因（如HLA-DR）表达上调，提示更强的抗肿瘤免疫启动。​细胞因子/趋化因子多重检测：评估系统性炎症反应。

原创 Cancer Discov (IF:30.6)｜中山一院于君/匡铭合作解析瘤内微生物的异质性和促肿瘤机制

16种抗体检测诠释了不同的免疫和基质细胞类型，包括B cells、CD4+ T cells、CD8+ T cells、dendritic cells、myeloid-derived suppressor cells (MDSCs)、Treg、tumor-associated macrophages(TAMs)、fibroblasts、endothelial cells。近年来研究发现，肿瘤内微生物可通过诱导突变、激活致癌通路等方式影响肿瘤进展，但多灶性HCC的微生物异质性及其与宿主基因的关联尚未被研究。

原创 Nature｜空间多组学联合单细胞测序解析肺组织抗纤维化分子网络

研究人员使用PCF空间单细胞蛋白组分析了6例IPF和3例正常肺样本，成功鉴定出肺组织中多种细胞类型，包含 ATI、ATII、内皮细胞、髓细胞、平滑肌细胞、T细胞、以及3 种成纤维细胞亚群（CSMD1+、CD248+、PDGFRα+）。为了探究成纤维细胞在肺纤维化过程中的角色，研究人员运用单细胞测序技术分析了肺纤维化（损伤后14天）和纤维化修复（损伤后35天）阶段的变化。：富含ECM分泌型成纤维细胞，与ATII肺泡细胞互作，高表达促纤维化因子（如SERPINE2、Fn1）。

原创 AACR-2025-Phenocycler-Fusion空间蛋白组应用案例合集

原创 Nat Cell Biol｜单细胞联合空间解析全面揭示B细胞淋巴瘤T细胞浸润图谱

淋巴瘤T细胞图谱解密：耗竭克隆与空间互作驱动预后分层

原创 从微环境到全景图谱：PCF空间单细胞蛋白组学登顶CNS的实证案例赏析

◆ 空间单细胞分辨率的蛋白检测与定位，可精准识别细胞间的物理接触或邻近关系，以及定量分析细胞互作频率，将生物学研究从“细胞群体均值分析”推进到“单细胞空间互作网络解析”的新维度。◆ 最多同时检测100+蛋白标记物，可在单细胞水平全面解析细胞表型异质性、功能状态及信号通路活性，显著提升对复杂生物学系统的解析深度。◆ 该技术正在成为肿瘤学、免疫学、神经科学等领域的“游戏规则改变者”，推动生命科学研究进入“空间单细胞组学”的新时代。◆ 异质性定量：在全切片范围内统计细胞亚群分布，揭示区域特异的异质性特征。

原创 DeepSeek锐评｜Nature Methods发布的两次年度空间组学技术有哪些差别

蛋白质是细胞功能的直接执行者，基于蛋白质的细胞分型更直接反映功能状态（如激活/抑制的免疫细胞、代谢活跃的肿瘤细胞）。细胞类型分类（如免疫分型）广泛依赖蛋白质标记（如CD3、CD20、PD-1），这些标记在流式、质谱和临床病理中已标准化。高亲和力抗体可检测低拷贝数蛋白（如信号分子、膜受体），例如区分T细胞耗竭状态（PD-1蛋白水平）、肿瘤干细胞标记（CD44蛋白）。空间蛋白组技术（如CODEX和IMC）与空间转录组技术（如Visium HD、Xenium、CosMx）在定义细胞类型时各有侧重，其中。

原创 细胞亚型分类的硬核综述!两篇Trends文章全面总结肿瘤相关巨噬细胞(TAM)和肿瘤相关成纤维细胞(CAF)的异质性

肿瘤微环境中TAM和CAF如何定义，两篇综述告诉你答案！

原创 Cell见证卓越 — 空间组学创新分析揭示肿瘤和基质的动态互作奥秘

空间组学创新分析，为探索肿瘤微环境添动力。

原创 科研风向标 —— Nature Methods 发布2024年度技术，空间蛋白组学震撼登场！

年度最佳，空间蛋白组技术引领未来生物医学研究

原创 Cancer Cell | 空间单细胞蛋白组联合单细胞测序解析三阴性乳腺癌治疗响应的免疫微环境特征

高分文章研究思路：空间单细胞蛋白组联合单细胞测序的经典案例

原创 Nat Commun | PCF绘制人类肺脏早期发育阶段细胞空间图谱

人类早期肺脏发育图谱的全面解析

原创 Nature Medicine | 解锁转移性乳腺癌肿瘤微环境的奥秘——四种空间组学齐登场

Nature Medicine | 解锁转移性乳腺癌肿瘤微环境的奥秘——四种空间组学齐登场

原创 Cancer Cell｜空间组学深度解析三级淋巴结构在卵巢癌不同解剖位置间的细胞组成和分子特征

组织超多重成像联合空间转录组剖析高级别浆性卵巢癌不同部位肿瘤间的三级淋巴结构

原创 引领空间肿瘤学 —— Nature发布泛肿瘤的空间组学突破性研究成果

本研究通过空间转录组和空间单细胞蛋白组等多种技术对多种癌症样本进行综合分析，识别出基因组上不同的空间微区域和空间分布的亚克隆，证明了 CNV 可变性是转录变异的主要驱动因素之一，同时肿瘤微环境也是导致变异的重要因素。研究将每个肿瘤微区域从中心位置到边缘进行了6个分层，通过分层分析发现肿瘤细胞和非肿瘤细胞在不同区域的分布规律，分析了不同分层中的基因表达特征和通路活性，以及免疫细胞浸润和细胞互作的特征（图5）。通过对不同样本的分析，进一步验证了肿瘤-免疫相互作用在 3D 空间中的特征。图6 3D重构肿瘤结构。

原创 Nature | 糖尿病研究的全新视角：空间单细胞蛋白组解析2型糖尿病的胰岛组织微环境

细胞邻域的数量在T2D患者和非糖尿病参与者之间并没有显著差异性（图6B），和上述的结果一致，即胰岛的细胞组成在T2D患者并没有太大变化。虽然胰岛功能失调是T2D的标志，但是根本的治病因素是分泌胰岛素的β细胞内在的缺陷，还是β细胞数量的减少，或者其他系统性的因素造成的还不是非常清楚。研究者首先开展了T2D患者和非糖尿病参与者的胰岛、分选的α、β细胞的转录组学分析，发现了T2D中β细胞特异的表达谱变化，以及β细胞和α细胞、整个胰岛共有的表达谱改变，这些共有的基因主要与激素分泌、脂质代谢和纤毛结构有关。

原创 Cancer Cell | 空间单细胞蛋白组学全新解析癌症相关成纤维细胞不同亚型的空间关系及其临床预后价值

本研究通过空间单细胞蛋白组技术分析了超过1000名非小细胞肺癌（NSCLC）患者的肿瘤微环境，发现了其肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的（CAFs）的高度异质性，揭示了不同CAF表型与患者预后的关联。研究人员通过成像质谱流式（IMC）对1000多名非小细胞肺癌患者的肿瘤组织芯片进行分析，通过45种抗体识别了肿瘤微环境中常见的免疫细胞，内皮细胞，同时详细的描绘了不同的CAF的表型（图1A-B）。本研究使用空间单细胞蛋白组学深入分析了NSCLC患者的肿瘤样本，揭示了CAFs表型与患者预后的密切关联。

原创 Cancer Cell最新综述：空间组学在肿瘤研究中的应用及其临床转化的潜能和展望

空间组学技术重新定义了癌症生物学的研究，我们身处空间肿瘤学的时代，应该需要思考自己的研究是否跟上了时代的步伐

原创 Nature Cancer | 空间单细胞蛋白组揭示了肝癌术后复发的“元凶”微小残留病灶的免疫微环境特征

作者发现，残留肿瘤组织中干细胞样肿瘤细胞和免疫抑制PD-L1+巨噬细胞间的相互作用与CD8+T细胞耗竭相关，残留肿瘤细胞内TGFβ通路的激活使得人类和小鼠中微小残留病灶持续存在，导致了肝癌的反复发生，TGFβ和PD-L1是消除肝癌中微小残留病灶的关键着手点，为消除肝癌高复发率的研究提供了宝贵的理论依据。为了探究更高阶的空间组织关系，作者定义了细胞邻域（CN）的概念，以单个细胞及其周围细胞的分布模式来解释空间图谱，在图谱中定义了9个不同的细胞邻域（图3C、D）。作者发现与原发HCC相比，

原创 Cancer Cell | 中山大学匡铭/陈志航/尹长军团队揭示结直肠癌肝转移中三级淋巴结构抗肿瘤作用

空间组学揭示TLS在肿瘤中的关键作用

原创 Hepatology｜中大五院李丹/单鸿/李曼团队利用空间单细胞蛋白组揭示肝癌复发的免疫逃逸特征

鉴于PD-L1+CD103+ DC细胞与免疫抑制细胞（Treg和Tex）之间的强相关性，作者从单细胞公共数据库发现了一群保守的PD-L1+CD103+ DC细胞基因集marker，富集分析显示这些基因在免疫应答、细胞粘附和细胞迁移相关的途径中都有显著相关性，而这些途径都与HCC的进展和转移有着复杂的联系（图4A~C），作者认为PD-L1+CD103+ DC细胞可能具有将典型CD4+ T细胞转化为Treg细胞的能力；准确地描绘了原发性和复发性HCC患者的肿瘤微环境，将肿瘤微环境描述为一个动态的系统。

原创 Science刊登中性粒细胞分型研究｜上海市免疫治疗创新研究院黄来源(Lai Guan Ng)团队解析肿瘤相关中性粒细胞的异质性

为了更好的解析肿瘤中性粒细胞的功能，研究人员首先对T1、T2和T3的基因进行了GO分析（基因本体论），结果显示T1中性粒细胞富集了转录和翻译相关的通路，这与其未成熟表型一致。本研究采用了单细胞测序、空间转录组、MICS循环染色成像等技术深入探讨了中性粒细胞在肿瘤微环境中的重编程，发现了3种中性粒细胞亚群T1-T3，以及T3亚群促进肿瘤生长的生物过程。通过同注射PDAC细胞和中性粒细胞，研究人员发现在T3中性粒细胞共注射的分组中，肿瘤生长迅速，并且具有最大的质量（图5C-E）。图4 中性粒细胞重编程机制。

原创 Cancer Cell | 厦门大学毛开睿团队发现Treg抑制肿瘤抗原呈递全新机制

近期来自厦门大学生命科学学院的团队在《Cancer Cell》（IF=48.8）发表的一项题为“Lymphatic-localized Treg-mregDC crosstalk limits antigen trafficking and restrains anti-tumor immunity”的研究采用了单细胞测序、空间多重成像、空间转录组等技术发现了Tregs在肿瘤基质的淋巴管周围区域的特异性富集，并与mregDCs相互作用，最终阻碍抗肿瘤适应性免疫反应启动的生物过程。

原创 巨噬细胞竟然还有这么多亚群？Cancer Discovery发文揭秘巨噬细胞空间异质性与临床意义

结果发现，以往普遍的观点认为的与肿瘤生长和转移相关的CD163+细胞本研究反而定位于距离肿瘤更远的部位（图 2B），而 CD68表达较高的巨噬细胞则浸润并紧紧包围肿瘤巢（图 2B 、D ）。研究团队利用四个公开的结直肠癌和乳腺癌scRNA-seq数据集发现了不同巨噬细胞亚型的标记物（图 1A），通过基因差异富集情况，共区分了11个转录亚群，3个单核细胞亚群、5个TAM亚群（肿瘤相关巨噬细胞）、3个TRM亚群（组织驻留巨噬细胞 ）（图 1C 、D），其中FOLR2+TRM亚群尚未报道过。

原创 Nature Commun｜牙周病的全新视角：单细胞与空间技术解析牙龈上皮周围免疫微环境

使用CellPhoneDB工具，研究者们分析了不同细胞类型之间的细胞-细胞通信模式，除了发现预期的成纤维细胞-血管和成纤维细胞-免疫相互作用，也发现了许多角质细胞（特别是SK/JKs）与其他细胞类型之间的相互作用，此外，研究还评估了包括增殖（Ki67）、免疫激活(GZMB, IFNG, Galectin-3, HLA-A, ICOS)、耐受(IDO1)、记忆（CD45RO）和耗竭（PD-1、PD-L1）在内的多种细胞状态，并在疾病中观察到结合上皮周围的免疫细胞表达更多的免疫激活相关标记物。

原创 Hepatology｜中山一院于君/李晓星团队利用空间单细胞蛋白组揭示肝细胞癌的免疫微环境

NASH-HCC的免疫抑制TIME主要由PD-1+CD8+ T细胞与免疫抑制细胞（如MDSCs和TAMs）的相互作用决定，这些作用可能导致了NASH-HCC中观察到的T细胞耗竭和免疫逃逸，从而形成了一个对免疫检查点阻断疗法（ICB）具有抵抗性的免疫微环境。具体的，与健康肝脏相比，HCC患者样本中免疫细胞的浸润程度显著增加，免疫细胞群也更加多样化(图1F)，CD8+ T细胞和CD4+ T细胞是HCC中富集的主要免疫细胞(图1G)。最后探讨了NASH-HCC中HCC细胞与免疫细胞之间的潜在相互作用。

原创 Nature Medicine | 马骏院士团队解析鼻咽癌联合治疗后的肿瘤免疫微环境

本研究揭示了Gemcitabine联合顺铂化疗对鼻咽癌免疫微环境的改变，分析了先天样B细胞（ILB）在GP化疗后促进效应T细胞增殖并增强细胞毒性T细胞功能的机制。特别是该研究通过组织空间分析发现了ILB细胞邻近的微环境特征，揭示了ILB细胞互作的细胞亚群，阐明了ILB细胞重要的临床意义背后的内在机制。为了进一步探究GP化疗后ILB细胞对鼻咽癌微环境的影响，研究人员对患者样本进行了时空分析，在治疗应答的患者中，化疗后三级淋巴器官（TLO）中出现了明显的ILB细胞聚集。图1 GP放疗后肿瘤免疫微环境的变化。