ggplot2箱式图两两比较_如何在ggplot2图形上添加显著性差异注释？

研究者常常要比较两组数据是否有统计学差异，并且要将这种差异在图形上通过线和注释标注出来。

ggplot2包是一个很好的可视化包，ggsignif包是ggplot2包的一个扩展包。

今天来学习怎么在ggplot2包绘制的图形上添加显着性差异注释。

1. 安装R包install.packages("ggplot2")  # 安装包install.packages("ggsignif") # 安装包library(ggplot2) # 加载包library(ggsignif) # 安装包

2. 加载数据

使用iris数据集。

iris也称鸢尾花卉数据集，包含150个数据样本，分为3类(setosa、versicolour、virginica)，每类50个数据，每个数据包含4个属性(花萼长度、花萼宽度、花瓣长度、花瓣宽度)。data(iris) # 加载数据集View(iris) # 预览数据集

3. 绘制箱型图

3.1 两组比较

比较数据集中versicolor组和virginica组的Sepal.Length(花萼长度)是否有统计学差异。ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length)) +   geom_boxplot() +  geom_signif(comparisons = list(c("versicolor", "virginica")))

如上图所示，可以看到两组是有统计学差异的，但是图中的P值使用的是科学计数法，其实还可以使用*或注释来表示。

通过添加参数map_signif_level=TRUE，可以将统计学差异表示为*符号。ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length)) +   geom_boxplot() +  geom_signif(comparisons = list(c("versicolor", "virginica")),              map_signif_level=TRUE)

3.2 多组两两比较

还是使用上面的数据集数据。

我们在图上添加3组数据两两比较的统计学差异P值。ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length)) +   geom_boxplot() +  geom_signif(comparisons = list(c("versicolor",