分析 做cca_Canoco5绘制漂亮的DCA或CCA图

利用Canoco5软件绘制漂亮的DCA/CCA图

作者：中国科学院天津工业生物技术研究所 王敬敬

Canoco是一套在生态学及几个相关领域内使用ordination methods来进行多变量统计分析的最常用程序包。Canoco常用的版本1998和2002(4.0和4.5)的文章在过去20年引用高达11,469次，历史上主要版本(前10篇文章)引用达21,700次。

Canoco 5是一套全新的，几乎完全重构的Canoco软件版本，在2012年10月发布。Canoco 5在Canoco 4.5基础上做了很多改进，并增加一些新的分析方法(比如PCNM)和完善了绘图功能。

本文以土壤理化因子和微生物物种数据为例，简要示范DCA的绘制流程。由于认识不深，不足、错误之处还望大家多提宝贵意见。

软件测试版安装包、安装说明和测试数据，后台回复”canoco5”获取。

准备物种和环境数据

物种数据(Phylum.xlsx)，门水平(任何层面读者任选，自行准备)，MT处理组3个重复，HY处理组3个重复

环境数据(SP.xlsx)，理化因子，MT处理3个重复，HY处理3个重复

点击“File”，选择“Import project”-“from excel …”弹出对话框。点击“Add files…”选择物种数据(phylum.xlsx)和环境数据(SP.xlsx)。

点击“Next”，出现新的对话框，将“Selected worksheets will define…project tables“中的数字改为2。

点击“Next”，出现新的对话框，在“Choose sheet with data”中选中物种数据，在“Table name”中输入命名(Microbe)。

点击“Next”，出现新的对话框，默认选项。

点击“