蛋白质二级结构预测Linux,蛋白质稳定性预测工具-Rosetta ddg_monomer

蛋白质由于其来自于生命体的本质，在工业环境下通常是不稳定的。暂不提高温高压或者含有有机溶剂的极端环境，就是在室温下抑或保存在4度的冰箱中，很多蛋白质都会很快的发生聚集、失活。

稳定蛋白质的方法有很多种，包括蛋白质工程，固定化，添加稳定剂等。蛋白质工程指的是对蛋白质进行基因改造，通过改变其结构来获得对包括pH，温度，有机溶剂等环境的耐受性。蛋白质工程通常可以采用三种策略，一种是定向进化，即在基因中随机引入突变，而后进行大规模的筛选，从而获得有益突变株。另一种策略是理性设计，即根据已知的蛋白质的结构与功能之间的关系，设计突变位点，而后通过定点突变的方式引入。最后一种策略，叫作计算机辅助设计。

顾名思义，计算机辅助设计主要依赖于计算机的计算。将蛋白质的三维结构作为输入，通过计算野生型与突变型的吉布斯自由能变的差值来判断突变型是否稳定。预测突变体是否稳定的软件有很多种[1]，包括CUPSAT、Dmutant、FoldX、I-Mutant、Eris [2]、Rosetta ddg_monomer [3]等。最近有研究者对这些方法的预测准确率进行了比较，发现Rosetta ddg_monomer，FoldX等的准确率要高于其他的软件[4]。

ddg_monomer已经成功的应用于包括柠檬烯环氧化物水解酶、卤代烷烃脱卤酶在内的多个蛋白质的稳定性工程化过程中。最近，我们也应用这个软件提高了大肠杆菌转酮醇酶的热稳定性，并对其预测准确率进行了评估，最后发现，其准确率可以达到65%[5]。面对着低效率的着定向进化，低成功率的理性设计，具有65%准确率的ddg_monomer 无疑是蛋白质工程学家的一个有力工具。由于本软件相关的中文资料并不多，BioEngX小编这里总结一下ddg_monomer的用法与操作步骤。

获取与安装

ddg_monomer程序是Rosetta软件内的一个应用。Rosetta软件最早是在华盛顿大学David Baker教授实验室开发的，目前软件内有多个应用可供用户使用，常用的应用程序有同源建模(comparative modelling)、短片段模拟与重建(Loop modelling and rebuilding)、蛋