gsea富集分析结果怎么看_基因富集分析（超几何分布，GSEA）

超几何分布

超几何分布算法，在基因富集里面的解释：

假设，你call 出来的所有样本的SNPs共有20000个，2万个基因在所有信号通路有个分布情况，

你感兴趣的样本1的样本1call 出来的SNP1000个，你想要看这1000个基因主要分布在哪些信号通路上。这个时候用超几何分布。

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GSEA是另一种被开发用来描述基因富集的算法。

算法文章:http://software.broadinstitute.org/gsea/doc/subramanian_tamayo_gsea_pnas.pdf

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这两种算法用clusterProfiler都可以实现。

使用clusterProfiler跑自己数据库的超几何分布，使用模块enricher。输入文件包括：

待富集的基因列表，clusterProfiler推荐使用entrezID基因列表

实验中得到的gene 通常可以分为2类，如可以分为对药物的敏感和抗性2类。可以根据在这两类的表达中差异将基因排列成有顺序的列表，用 L 表示。

GSEA 的目的 是 如果你有一个基因列表 S , 找出 S 是否富集在 L 的底部或者顶部。因为底部和顶部的基因是最能够影响表型的。

GSEA 考虑的是全基因组范围内 基因表达富集，样本来源分为2类 ，分别标记位1，2。

这两类基因分别根据其表达与分类的关系排序，如图1A。