药物对接仿真软件：Rosetta_（3）.计算机辅助药物设计基础

基于Rosetta的药物对接仿真与二次开发
原创 于 2025-09-08 06:25:48 发布 · 767 阅读 · 12 ·
CC 4.0 BY-SA版权
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
文章标签：

#分子动力学

计算机辅助药物设计基础

计算机辅助药物设计的定义和重要性

计算机辅助药物设计（Computer-Aided Drug Design, CADD）是一种利用计算机技术和计算方法来加速药物发现和优化过程的科学方法。CADD 通过模拟和预测药物分子与靶标蛋白的相互作用，帮助研究人员快速筛选潜在的药物候选分子，优化其结构，提高药物的活性和选择性。在药物开发过程中，CADD 可以显著减少实验成本和时间，提高药物设计的效率和成功率。

计算机辅助药物设计的主要应用

  1. 虚拟筛选：通过大规模的分子对接和虚拟筛选，从庞大的化合物库中快速找到潜在的活性分子。

  2. 分子优化：通过计算方法优化已有的活性分子，提高其药效、选择性和药代动力学性质。

  3. 药物设计：设计全新的分子结构，以满足特定的药理要求。

  4. 药效团模型：确定分子活性的关键特征，指导药物设计和优化。

  5. ADMET 预测：预测药物的吸收、分布、代谢、排泄和毒性，评估其成药性。

计算机辅助药物设计的常用方法

  1. 分子对接：模拟药物分子与靶标蛋白的结合模式，评估其结合能和亲和力。

  2. 分子动力学模拟：研究药物分子与靶标蛋白在生理条件下的动态行为。

  3. 量子化学计算：通过高精度的量子力学方法，计算分子的电子结构和反应性质。

  4. 机器学习：利用大数据和机器学习算法，预测分子的活性和性质。

  5. 药效团建模：识别和建模分子活性的关键特征，指导药物设计。

分子对接的基本原理

分子对接（Molecular Docking）是计算机辅助药物设计中的一种重要方法，用于预测小分子（配体）与大分子（受体）之间的相互作用模式。分子对接的核心在于通过计算方法找到配体与受体之间的最佳结合位置和取向，评估其结合能，从而预测其生物活性。

分子对接的步骤

  1. 准备受体和配体：获取受体蛋白和配体分子的三维结构数据。

  2. 定义活性位点：确定受体蛋白的活性位点或配体的结合口袋。

  3. 生成配体构象：生成配体分子的不同构象，以便进行多构象对接。

  4. 对接过程：使用分子对接软件进行配体与受体的对接，找到最佳结合模式。

  5. 评估结合能：计算不同结合模式的结合能，评估其稳定性。

  6. 结果分析：分析对接结果，选择最佳的配体构象和结合模式。

分子对接的算法

  1. 刚性对接：假设配体和受体都是刚性的，只考虑配体在受体表面的最佳位置和取向。

  2. 柔性对接：考虑配体和受体的构象灵活性，通过搜索算法找到最佳的结合模式。

  3. 能量函数：用于评估配体与受体结合的稳定性，常见的能量函数包括分子力场（如 MMFF94）、静电能、范德华能等。

  4. 搜索算法：用于搜索配体与受体的最佳结合模式，常见的搜索算法包括遗传算法、模拟退火、蒙特卡洛方法等。

分子对接软件的选择

目前市面上有许多成熟的分子对接软件，如 AutoDock、Schrodinger Suite、Rosetta 等。选择合适的分子对接软件需要考虑软件的性能、易用性、计算精度等因素。本文将重点介绍如何在 Rosetta 软件中进行分子对接的二次开发。

Rosetta 软件概述

Rosetta 是一个广泛应用于蛋白质结构预测、蛋白质-蛋白质对接、蛋白质-配体对接等领域的计算工具。Rosetta 采用了一种基于能量优化的方法，通过多尺度的建模和优化算法，预测分子的结构和相互作用。Rosetta 的优势在于其高度的可扩展性和灵活性，允许用户根据特定需求进行二次开发。

Rosetta 的主要模块

  1. 蛋白质结构预测：预测蛋白质的三维结构。

  2. 蛋白质-蛋白质对接：预测蛋白质之间的结合模式。

  3. 蛋白质-配体对接：预测小分子配体与蛋白质的结合模式。

  4. 蛋白质设计：设计具有特定功能的蛋白质结构。

  5. 分子动力学模拟：研究分子在生理条件下的动态行为。

Rosetta 的能量函数

Rosetta 采用了一种混合能量函数，包括物理力场（如范德华能、静电能）和统计势（如罗盘势）。这种能量函数能够更准确地评估分子间的相互作用，提高预测的精度。

Rosetta 的搜索算法

Rosetta 使用了一种基于蒙特卡洛方法的搜索算法，通过随机采样和能量优化，找到分子的最佳结合模式。此外，Rosetta 还支持遗传算法和模拟退火算法，可以根据实际需求选择合适的搜索算法。

Rosetta 软件的安装和配置

在开始分子对接的二次开发之前，首先需要安装和配置 Rosetta 软件。Rosetta 提供了多种安装方法，包括源代码编译和预编译二进制包。本文将介绍如何在 Linux 系统上安装和配置 Rosetta。

安装依赖项

在安装 Rosetta 之前，需要确保系统已经安装了必要的依赖项。常见的依赖项包括：

  • CMake：用于构建和管理编译过程。

  • Boost：提供了一系列高效的 C++ 库。

  • Python：用于编写脚本和分析结果。

  • OpenMPI：用于并行计算。

安装依赖项的命令如下：


# 安装 CMake

sudo apt-get install cmake



# 安装 Boost

sudo apt-get install libboost-all-dev



# 安装 Python

sudo apt-get install python3 python3-pip



# 安装 OpenMPI

sudo apt-get install openmpi-bin libopenmpi-dev

下载和编译 Rosetta

  1. 下载源代码：从 Rosetta 的官方网站或 GitHub 仓库下载源代码。

# 从 GitHub 下载 Rosetta 源代码

git clone https://github.com/RosettaCommons/rosetta.git

cd rosetta
  1. 配置编译选项：使用 scons 进行配置，选择合适的编译选项。

# 配置编译选项

scons build=release use_mpi=true use_llvm=true
  1. 编译源代码：编译 Rosetta 源代码。

# 编译 Rosetta

scons -j 4

配置环境变量

编译完成后，需要配置环境变量，以便在命令行中直接调用 Rosetta。


# 添加 Rosetta 路径到 PATH

echo 'export PATH=$PATH:/path/to/rosetta/main/source/bin' >> ~/.bashrc

source ~/.bashrc

使用 Rosetta 进行分子对接

准备输入文件

在使用 Rosetta 进行分子对接之前，需要准备受体和配体的输入文件。这些文件通常包括蛋白质结构的 PDB 文件和配体分子的 SDF 或 MOL2 文件。

受体文件

受体文件通常是一个 PDB 文件，包含蛋白质的三维结构信息。可以从 PDB 数据库下载所需的蛋白质结构文件。


# 下载 PDB 文件

wget https://files.rcsb.org/download/1AKE.pdb
配体文件

配体文件通常是一个 SDF 或 MOL2 文件，包含小分子的三维结构信息。可以从 PubChem 数据库下载所需的配体结构文件。


# 下载 SDF 文件

wget https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/cid/114211/record/SDF/114211.sdf

转换配体文件

Rosetta 支持多种格式的配体文件，但通常需要将配体文件转换为 Rosetta 可识别的格式。可以使用 prepare_ligand 脚本进行转换。


# 转换 SDF 文件为 Rosetta 格式

/path/to/rosetta/main/source/scripts/python/public/prepare_ligand.py -i 114211.sdf -o 114211.params

创建对接输入文件

对接输入文件通常是一个参数文件（.params）和一个配体结构文件（.pdb）。这些文件需要包含配体和受体的结构信息以及对接参数。


# 创建配体结构文件

/path/to/rosetta/main/source/scripts/python/public/prepare_ligand.py -i 114211.sdf -o 114211.pdb

进行分子对接

使用 Rosetta 的 dock 应用程序进行分子对接。可以通过命令行指定受体和配体文件，以及对接参数。


# 进行分子对接

/path/to/rosetta/main/source/bin/docking_protocol.default.linuxgccrelease -database /path/to/rosetta/main/database -s 1AKE.pdb 114211.pdb -extra_res_fa 114211.params -ex1 -ex2 -use_input_sc -nstruct 100 -out:prefix docking_ -out:file:silent docking_1AKE_114211.out

分析对接结果

对接完成后，可以使用 Rosetta 的 silent 文件格式查看对接结果。silent 文件包含了所有对接构象的能量信息。


# 查看对接结果

/path/to/rosetta/main/source/bin/silent_reader.default.linuxgccrelease -in:file:silent docking_1AKE_114211.out -out:file:scorefile docking_1AKE_114211.sc

结果可视化

可以使用分子可视化软件（如 PyMOL、VMD）查看对接结果。


# 使用 PyMOL 查看对接结果

pymol docking_1AKE_114211_0001.pdb

Rosetta 的二次开发基础

二次开发的必要性

Rosetta 虽然功能强大，但在特定的应用场景下可能需要进行二次开发，以满足更复杂的需求。二次开发可以包括添加新的模块、优化现有算法、扩展功能等。

二次开发的步骤

  1. 理解 Rosetta 的架构：熟悉 Rosetta 的源代码结构和模块化设计。

  2. 选择开发工具：选择合适的开发工具，如 C++、Python 等。

  3. 编写代码：根据需求编写新的模块或优化现有模块。

  4. 编译和测试：编译修改后的代码，并进行功能测试。

  5. 集成和部署：将新的模块集成到 Rosetta 中，并进行部署。

理解 Rosetta 的架构

Rosetta 采用了模块化设计，主要包含以下几个部分：

  • Core：核心模块，包括能量函数、搜索算法等。

  • Apps：应用程序模块，包括各种计算任务的实现。

  • Utilities：工具模块，提供辅助功能。

  • Database：包含各种数据文件，如氨基酸参数、力场参数等。

选择开发工具

Rosetta 的二次开发主要使用 C++ 和 Python。C++ 用于编写核心模块和高性能计算部分，Python 用于编写脚本和分析工具。

编写代码

假设我们需要开发一个新的模块，用于计算配体与受体结合的特定能量项。以下是一个简单的 C++ 代码示例：


// 新模块的头文件

#ifndef LIGAND_SPECIFIC_ENERGY_H

#define LIGAND_SPECIFIC_ENERGY_H



#include <core/scoring/ScoreFunction.fwd.hh>

#include <core/scoring/ScoreType.hh>

#include <core/scoring/Method.hh>

#include <core/pose/Pose.fwd.hh>

#include <core/conformation/Residue.fwd.hh>

#include <core/scoring/multi_residue/MultiResidueEnergyMap.fwd.hh>



namespace core {

namespace scoring {

namespace custom {



class LigandSpecificEnergy : public Method {

public:

    LigandSpecificEnergy();

    ~LigandSpecificEnergy();



    // 计算配体与受体结合的能量

    virtual void score( core::pose::Pose & pose, core::scoring::ScoreFunction & scorefxn, core::scoring::multi_residue::MultiResidueEnergyMapOP energy_map ) const;



    // 注册新的能量类型

    virtual void add_to_score_function( core::scoring::ScoreFunctionOP scorefxn, core::scoring::WeightMap const & weight_map ) const;



    // 获取能量类型

    virtual core::scoring::ScoreType score_type() const;



private:

    // 配体的残基索引

    core::Size ligand_residue_index_;

};



} // namespace custom

} // namespace scoring

} // namespace core



#endif // LIGAND_SPECIFIC_ENERGY_H

编译和测试

编译新的模块后，需要进行功能测试。可以使用 Rosetta 的测试框架进行测试。


// 新模块的测试代码

#include <core/scoring/custom/LigandSpecificEnergy.hh>

#include <core/pose/Pose.fwd.hh>

#include <core/scoring/ScoreFunction.fwd.hh>

#include <core/scoring/ScoreFunction.hh>

#include <core/scoring/ScoreType.hh>

#include <core/scoring/multi_residue/MultiResidueEnergyMap.fwd.hh>

#include <core/scoring/multi_residue/MultiResidueEnergyMap.hh>

#include <core/conformation/Residue.fwd.hh>

#include <core/conformation/Conformation.fwd.hh>

#include <core/conformation/Residue.fwd.hh>

#include <core/conformation/Residue.hh>

#include <core/conformation/Conformation.hh>

#include <core/pose/Pose.hh>

#include <core/scoring/methods/ScoreFunctionTest.fwd.hh>

#include <core/scoring/methods/ScoreFunctionTest.hh>



namespace core {

namespace scoring {

namespace custom {



class LigandSpecificEnergyTest : public methods::ScoreFunctionTest {

public:

    void test_score_function() {

        // 创建一个测试用的 Pose 对象

        Pose pose;

        // 加载受体和配体的结构

        pose.append_pdb("1AKE.pdb");

        pose.append_pdb("114211.pdb");



        // 创建 ScoreFunction 对象

        ScoreFunction scorefxn = create_score_function();



        // 创建 MultiResidueEnergyMap 对象

        MultiResidueEnergyMap energy_map;



        // 创建 LigandSpecificEnergy 对象

        LigandSpecificEnergy energy;



        // 计算能量

        energy.score(pose, scorefxn, energy_map);



        // 检查计算结果

        assert(energy_map.get_energy(1, 2, core::scoring::custom::LIGAND_SPECIFIC_ENERGY) == -10.0);

    }

};



// 注册测试用例

REGISTER_SCORE_FUNCTION_TEST(LigandSpecificEnergyTest)



} // namespace custom

} // namespace scoring

} // namespace core

集成和部署

将新的模块集成到 Rosetta 中，需要修改 CMakeLists.txt 文件，并重新编译 Rosetta。


# 修改 CMakeLists.txt 文件

add_library(core_scoring_custom

    src/scoring/custom/LigandSpecificEnergy.cc

)



target_link_libraries(core_scoring_custom

    core_scoring

)

重新编译 Rosetta：


# 重新编译 Rosetta

scons -j 4

Rosetta 的高级二次开发

扩展现有的分子对接算法

假设我们需要扩展 Rosetta 的分子对接算法，以考虑特定的物理化学性质。可以通过继承现有的对接类并添加新的计算方法来实现。


// 扩展的对接类头文件

#ifndef CUSTOM_DOCKING_H

#define CUSTOM_DOCKING_H



#include <core/scoring/docking/DockingProtocol.fwd.hh>

#include <core/pose/Pose.fwd.hh>

#include <core/scoring/ScoreFunction.fwd.hh>



namespace core {

namespace scoring {

namespace custom {



class CustomDocking : public docking::DockingProtocol {

public:

    CustomDocking();

    ~CustomDocking();



    // 扩展的对接方法

    virtual void apply( core::pose::Pose & pose, core::scoring::ScoreFunction & scorefxn ) const;



private:

    // 计算特定的物理化学性质

    void calculate_custom_properties( core::pose::Pose & pose, core::scoring::ScoreFunction & scorefxn ) const;

};



} // namespace custom

} // namespace scoring

} // namespace core



#endif // CUSTOM_DOCKING_H

编写扩展的对接方法

在扩展 Rosetta 的分子对接算法时，我们需要在现有的对接类基础上添加新的计算方法，以便考虑特定的物理化学性质。以下是一个具体的实现示例：


// 扩展的对接类实现文件

#include <core/scoring/custom/CustomDocking.hh>

#include <core/pose/Pose.fwd.hh>

#include <core/scoring/ScoreFunction.fwd.hh>

#include <core/scoring/ScoreType.hh>

#include <core/scoring/multi_residue/MultiResidueEnergyMap.fwd.hh>

#include <core/scoring/multi_residue/MultiResidueEnergyMap.hh>

#include <core/conformation/Residue.fwd.hh>

#include <core/conformation/Conformation.fwd.hh>

#include <core/conformation/Residue.hh>

#include <core/conformation/Conformation.hh>



namespace core {

namespace scoring {

namespace custom {



CustomDocking::CustomDocking() {

    // 构造函数

}



CustomDocking::~CustomDocking() {

    // 析构函数

}



void CustomDocking::apply( core::pose::Pose & pose, core::scoring::ScoreFunction & scorefxn ) const {

    // 调用基类的对接方法

    docking::DockingProtocol::apply(pose, scorefxn);



    // 计算特定的物理化学性质

    calculate_custom_properties(pose, scorefxn);

}



void CustomDocking::calculate_custom_properties( core::pose::Pose & pose, core::scoring::ScoreFunction & scorefxn ) const {

    // 获取配体的残基索引

    core::Size ligand_residue_index = 2;



    // 创建 MultiResidueEnergyMap 对象

    MultiResidueEnergyMapOP energy_map = MultiResidueEnergyMap::create();



    // 计算配体与受体之间的特定能量项

    for (core::Size i = 1; i <= pose.size(); ++i) {

        if (i != ligand_residue_index) {

            Residue const & ligand = pose.residue(ligand_residue_index);

            Residue const & receptor = pose.residue(i);



            // 计算配体与受体之间的特定能量项

            double custom_energy = calculate_custom_energy(ligand, receptor);



            // 将能量项添加到 MultiResidueEnergyMap 中

            energy_map->add_energy(ligand_residue_index, i, core::scoring::custom::LIGAND_SPECIFIC_ENERGY, custom_energy);

        }

    }



    // 更新 Pose 的能量图

    scorefxn.update_energies(pose, *energy_map);

}



double CustomDocking::calculate_custom_energy(Residue const & ligand, Residue const & receptor) const {

    // 这里可以添加具体的能量计算方法

    // 例如，计算配体与受体之间的氢键能量

    double hydrogen_bond_energy = 0.0;

    for (core::Size i = 1; i <= ligand.natoms(); ++i) {

        for (core::Size j = 1; j <= receptor.natoms(); ++j) {

            if (ligand.atom_type(i).is_hbond_donor() && receptor.atom_type(j).is_hbond_acceptor()) {

                double distance = ligand.xyz(i).distance(receptor.xyz(j));

                if (distance < 3.5) {

                    hydrogen_bond_energy += -0.5; // 假设每个氢键贡献 -0.5 kcal/mol

                }

            }

        }

    }



    return hydrogen_bond_energy;

}



} // namespace custom

} // namespace scoring

} // namespace core

集成和部署

将新的模块集成到 Rosetta 中，需要修改 CMakeLists.txt 文件，并重新编译 Rosetta。以下是具体步骤：

  1. 修改 CMakeLists.txt 文件：在 Rosetta 的源代码目录中，找到并修改 CMakeLists.txt 文件，添加新的模块。

# 修改 CMakeLists.txt 文件

add_library(core_scoring_custom

    src/scoring/custom/LigandSpecificEnergy.cc

    src/scoring/custom/CustomDocking.cc

)



target_link_libraries(core_scoring_custom

    core_scoring

)
  1. 重新编译 Rosetta：在修改 CMakeLists.txt 文件后，重新编译 Rosetta 以包含新的模块。

# 重新编译 Rosetta

scons -j 4
  1. 测试新的模块：编写测试用例，确保新的模块能够正常工作。

// 新模块的测试代码

#include <core/scoring/custom/CustomDockingTest.hh>

#include <core/pose/Pose.fwd.hh>

#include <core/scoring/ScoreFunction.fwd.hh>

#include <core/scoring/ScoreFunction.hh>

#include <core/scoring/ScoreType.hh>

#include <core/scoring/multi_residue/MultiResidueEnergyMap.fwd.hh>

#include <core/scoring/multi_residue/MultiResidueEnergyMap.hh>

#include <core/conformation/Residue.fwd.hh>

#include <core/conformation/Conformation.fwd.hh>

#include <core/conformation/Residue.hh>

#include <core/conformation/Conformation.hh>

#include <core/pose/Pose.hh>

#include <core/scoring/methods/ScoreFunctionTest.fwd.hh>

#include <core/scoring/methods/ScoreFunctionTest.hh>



namespace core {

namespace scoring {

namespace custom {



class CustomDockingTest : public methods::ScoreFunctionTest {

public:

    void test_custom_docking_protocol() {

        // 创建一个测试用的 Pose 对象

        Pose pose;

        // 加载受体和配体的结构

        pose.append_pdb("1AKE.pdb");

        pose.append_pdb("114211.pdb");



        // 创建 ScoreFunction 对象

        ScoreFunction scorefxn = create_score_function();



        // 创建 CustomDocking 对象

        CustomDocking docking;



        // 应用扩展的对接方法

        docking.apply(pose, scorefxn);



        // 检查计算结果

        MultiResidueEnergyMapOP energy_map = scorefxn.energies().multi_residue_energies();

        assert(energy_map->get_energy(1, 2, core::scoring::custom::LIGAND_SPECIFIC_ENERGY) == -10.0);

    }

};



// 注册测试用例

REGISTER_SCORE_FUNCTION_TEST(CustomDockingTest)



} // namespace custom

} // namespace scoring

} // namespace core
  1. 运行测试用例：确保新的模块通过所有测试用例。

# 运行测试用例

/path/to/rosetta/main/source/bin/rosetta_test

部署新的模块

将新的模块部署到实际应用中，需要更新相关的配置文件和脚本，确保新的模块能够被调用。以下是一些常见的配置文件和脚本更新方法：

  1. 更新配置文件：在 Rosetta 的配置文件中，添加新的能量类型和模块。

<!-- 配置文件示例 -->

<ROSETTA>

    <SCOREFXNS>

        <ScoreFunction name="docking_score" weights="docking">

            <CustomEnergy type="LIGAND_SPECIFIC_ENERGY" weight="1.0"/>

        </ScoreFunction>

    </SCOREFXNS>

    <PROTOCOLS>

        <Docking name="custom_docking">

            <CustomDocking>

                <LigandResidueIndex>2</LigandResidueIndex>

            </CustomDocking>

        </Docking>

    </PROTOCOLS>

</ROSETTA>
  1. 更新脚本：在 Rosetta 的脚本中，调用新的模块。

# 更新脚本示例

/path/to/rosetta/main/source/bin/docking_protocol.default.linuxgccrelease -database /path/to/rosetta/main/database -s 1AKE.pdb 114211.pdb -extra_res_fa 114211.params -ex1 -ex2 -use_input_sc -nstruct 100 -out:prefix docking_ -out:file:silent docking_1AKE_114211.out -custom_docking:ligand_residue_index 2

结果分析和验证

在新的模块部署后，需要对结果进行详细的分析和验证，确保新的能量项和对接算法能够正确地提高药物设计的效率和准确性。可以使用以下方法进行结果分析和验证：

  1. 能量分析：比较不同对接构象的能量，确保新的能量项能够正确地评估配体与受体的结合稳定性。

# 查看对接结果的能量

/path/to/rosetta/main/source/bin/silent_reader.default.linuxgccrelease -in:file:silent docking_1AKE_114211.out -out:file:scorefile docking_1AKE_114211.sc
  1. 可视化分析：使用分子可视化软件（如 PyMOL、VMD）查看对接结果，验证配体与受体的结合模式是否合理。

# 使用 PyMOL 查看对接结果

pymol docking_1AKE_114211_0001.pdb
  1. 实验验证：通过实验方法（如结晶学、生物化学实验）验证计算结果的准确性，确保新的模块能够实际提高药物设计的质量。

总结

通过二次开发，Rosetta 可以更好地满足特定的药物设计需求。本文介绍了如何在 Rosetta 中添加新的能量项和扩展分子对接算法，并详细说明了从代码编写到部署的整个过程。希望这些内容能够帮助研究人员更高效地利用 Rosetta 进行药物设计和优化。在这里插入图片描述

药物对接仿真软件：Rosetta_（16）.Rosetta与其他药物设计软件的对比
kkchenjj的博客
07-16 1075
Rosetta和CADD工具各有其优势和适用场景。CADD工具如MOE和Schrodinger在药物设计的早期阶段，如靶标识别和虚拟筛选中表现出色，适合初学者和非专业用户使用。而Rosetta在处理复杂的生物系统和蛋白质-配体相互作用时具有更高的准确性和灵活性，适合高级用户和研究人员进行深入研究。选择合适的工具应根据具体的研究需求和可用的计算资源来决定。Rosetta与开源药物设计软件如AutoDockDOCK和OpenEye的某些模块相比，具有更高的准确性和更强大的柔性对接能力。
药物对接仿真软件：Rosetta_（12）.如何构建和准备蛋白模型
kkchenjj的博客
07-15 405
在药物对接仿真软件中，蛋白模型的构建和准备是一个至关重要的步骤。准确的蛋白模型不仅可以提高对接结果的可靠性，还可以为后续的分子动力学模拟和结合能计算提供基础。本节将详细介绍如何使用Rosetta软件构建和准备蛋白模型，包括蛋白结构的获取、模型的构建、模型的优化以及常见问题的解决方法。
药物对接仿真软件：Rosetta_（14）.Rosetta对接参数设置与调试
kkchenjj的博客
07-15 384
对于特定的对接问题，可以自定义对接算法。这通常需要对Rosetta的源代码进行修改和编译。自定义对接算法可以帮助我们更好地处理复杂的生物分子相互作用，提高对接的准确性和效率。编译完成后，可以使用自定义的对接算法进行仿真。确保在参数文件中指定了使用自定义的对接模式。假设我们已经编译了一个自定义的对接模式</</</</</</</</</</</</</运行仿真。
药物对接仿真软件：HADDOCK_（1）.HADDOCK软件介绍
kkchenjj的博客
07-14 1077
HADDOCK允许用户定义多种类型的约束，包括距离约束、界面残基约束等。这些约束可以通过配置文件或Web界面进行定义。# 定义距离约束('A', 10, 'B', 20, 6.0, 0.0), # 受体A链的第10个残基与配体B链的第20个残基之间的距离约束('A', 15, 'B', 25, 6.0, 0.0) # 受体A链的第15个残基与配体B链的第25个残基之间的距离约束HADDOCK是一款强大的分子对接软件，适用于多种分子间的相互作用研究。
这一届科研计算人赶DDL红宝书：学生篇
weixin_43294760的博客
09-09 1008
打开百度APP看高清图片 问：实验室的硬件条件好坏对你的科研有多大影响？ 答：啥条件都行，没有影响。 我们坚信以下三点： 1、科学家就是专门负责搞科研的； 2、不依赖别人，你的研究效率和节奏必须掌握在你自己手里； 3、不管是尝试有风险的新颖项目，还是运用深度学习手段，科研多试错才能出好东西。 有老师跟我们吐槽说，一天天地忙着维护环境，整得跟运维工程师一样了，太耽误事儿。想找学生帮忙吧，他们很多也不懂啊~ 老师们的硕博后们也苦不堪言，本专业要学的东西已经多到爆炸，又要理论还要搞实验，还..
空间机器人在轨任务的制导、导航与控制：综述与展望
热门推荐
qq_17032807的博客
05-09 1万+
本文在第一部分概述了用于执行在轨机器人任务的空间操纵器的制导、导航和控制(GNC)方法，包括但不限于在轨服务、卫星/站组装、探测外星物体和空间碎片减缓。简要介绍了一些空间任务的概念，讨论了空间机器人是最实用和通用的解决方案之一。一个在轨机器人任务的共同阶段被确定为:近距离交会，姿态同步，目标识别，机械手部署，捕获，如果需要，捕获后机动。对每个阶段提出或适用的重要GNC方法进行了广泛的审查。本文重点研究了用于姿态同步、机械臂部署和捕获阶段的GNC方法，特别是用于自由漂浮和自由飞行两种工作状态的GNC方法。空间
Afeature-richPortalPluginforVue3,forrenderingDOMoutsideofacomponent.zip
09-08
Afeature-richPortalPluginforVue3,forrenderingDOMoutsideofacomponent.zip
毕业设计之基于时间序列的网络战场安全态势预测的设计与实现.zip
09-08
毕业设计之基于时间序列的网络战场安全态势预测的设计与实现.zip
Linux回收站功能：trash安装包
最新发布
09-08
Linux回收站功能：trash安装包
HL7-Client是一个用于医疗设备通信的Java框架，支持串口和网络通信，能够自动处理HL7消息。该框架旨在简化医疗
09-08
HL7-Client是一个用于医疗设备通信的Java框架，支持串口和网络通信，能够自动处理HL7消息。该框架旨在简化医疗设备与信息系统之间的通信过程，只需增加配置即可实现自动监听、解析和发送数据。框架采用优良的设计模式和类型安全的编码实践，提高了系统的稳定性和可维护性。.zip
ARust`embedded-hal`implementationforallMCUsintheSTM32F0family.zip
09-08
ARust`embedded-hal`implementationforallMCUsintheSTM32F0family.zip
西安电子科技大学（西电）网络与信息安全学院 2019 级操作系统实验报告 by arttnba3.zip
09-08
西安电子科技大学（西电）网络与信息安全学院 2019 级操作系统实验报告 by arttnba3.zip
Maven 3.9.11 zip压缩格式，windows系统中解压即用
09-08
Maven 3.9.11 zip压缩格式，windows系统中解压即用
APP过等保要用到的安全检测，支持调试检测_签名校验_Root检测_网络代理检测等，功能高度灵活可定制。.zip
09-08
APP过等保要用到的安全检测，支持调试检测_签名校验_Root检测_网络代理检测等，功能高度灵活可定制。.zip
中文网络安全运营领域开源语料库.zip
09-08
中文网络安全运营领域开源语料库.zip
神机是一个专门针对网络安全领域的AI大模型训练系统，默认基于qwen2大模型进行LoRA微调。由云霖网络安全实验室开发，
09-08
神机是一个专门针对网络安全领域的AI大模型训练系统，默认基于qwen2大模型进行LoRA微调。由云霖网络安全实验室开发，采用模块化架构设计，具备完整的身份认知和专业的网络安全知识体系。.zip
【Vue.js资讯】目前web前端开发非常火爆的框架；定时更新，欢迎Star一下。.zip
09-08
【Vue.js资讯】目前web前端开发非常火爆的框架；定时更新，欢迎Star一下。.zip
(base) liu_wd@structure4:/media/stor4/prog/Rosetta/rosetta_bin_linux_3.14_bundle/rosetta.binary.linux.release-371/main/inputs-LZL$ #!/bin/bash ROSETTA_PATH="/media/stor4/prog/Rosetta/rosetta_bin_linux_3.14_bundle/rosetta.binary.linux.release-371" g++ -O3 -std=c++11 mutation_scan.cpp \ -I $ROSETTA_PATH/main/source/src \ -I $ROSETTA_PATH/main/source/external/include \ -I $ROSETTA_PATH/external/include \ -L $ROSETTA_PATH/main/source/build/src/release/linux/5.14/64/x86/gcc/11/default/ \ -Wl,-rpath,$ROSETTA_PATH/main/source/build/src/release/linux/5.14/64/x86/gcc/11/default/ \ -lcore -lprotocols -lbasic -lutility -lchemical -lobjexxfcl -lz \ -lboost_system -lboost_thread -lpthread \ -o mutation_scan mutation_scan.cpp:17:10: fatal error: core/init.hh: No such file or directory 17 | #include <core/init.hh> | ^~~~~~~~~~~~~~ compilation terminated.
07-14
<think>我们正在解决用户编译Rosetta程序时出现的头文件缺失问题。用户遇到了`core/init.hh`找不到的错误，这通常是由于编译配置不正确导致的。下面将详细分析问题并提供解决方案。 ### 🔍 问题分析 1. **错误本质**：`fatal error: core/init.hh: No such file or directory`表明编译器在指定路径中找不到Rosetta的核心头文件。 2. 常见原因： - Rosetta安装路径未正确配置 - CMakeLists.txt中未正确包含Rosetta头文件目录 - 环境变量未设置或设置错误 - 编译器搜索路径缺失 ### 🛠️ 解决方案 #### 步骤1：验证Rosetta安装路径 首先确认Rosetta的实际安装路径。根据用户之前的操作，可能位于： ```bash /media/stor4/prog/Rosetta/rosetta_bin_linux_3.14_bundle ``` 检查核心头文件是否存在： ```bash ls /media/stor4/prog/Rosetta/rosetta_bin_linux_3.14_bundle/main/source/src/core/init.hh ``` #### 步骤2：修正CMakeLists.txt配置 修改CMakeLists.txt中的`ROSETTA_ROOT`变量，确保指向正确的**source**目录（而非二进制目录）： ```cmake cmake_minimum_required(VERSION 3.10) project(MyRosettaApp) # 关键修正：指向包含src目录的路径 set(ROSETTA_ROOT "/media/stor4/prog/Rosetta/rosetta_bin_linux_3.14_bundle/main") # 必须包含的目录 include_directories( ${ROSETTA_ROOT}/source/src # 核心头文件在此目录下 ${ROSETTA_ROOT}/source/external/include ) link_directories(${ROSETTA_ROOT}/source/build/src/release) # 根据实际库路径调整 add_executable(my_app src/main.cpp) target_link_libraries(my_app core protocols utility ) ``` #### 步骤3：检查环境变量（备选） 如果使用环境变量配置，确保在终端中设置： ```bash export ROSETTA=/media/stor4/prog/Rosetta/rosetta_bin_linux_3.14_bundle/main ``` 并在CMakeLists.txt中引用： ```cmake set(ROSETTA_ROOT $ENV{ROSETTA}) ``` #### 步骤4：处理编译器标志 某些Rosetta组件需要特定编译标志，在CMake中添加： ```cmake # 添加C++14标准 set(CMAKE_CXX_STANDARD 14) set(CMAKE_CXX_STANDARD_REQUIRED ON) # 特定平台标志 if(UNIX) target_compile_options(my_app PRIVATE -pthread) endif() ``` ### ⚠️ 常见错误排查 1. **库链接失败**：若出现`undefined reference`错误，检查： ```bash # 确认库文件存在 ls ${ROSETTA_ROOT}/source/build/src/release/libcore.a ``` 在`target_link_libraries`中添加完整路径： ```cmake target_link_libraries(my_app ${ROSETTA_ROOT}/source/build/src/release/libcore.a ) ``` 2. **头文件层级问题**：Rosetta头文件引用方式为`#include <core/init.hh>`，因此包含路径必须定位到`src`的父目录。正确的包含路径示例： ``` /media/stor4/prog/Rosetta/rosetta_bin_linux_3.14_bundle/main/source/src ``` 3. **版本兼容性**：确保Rosetta版本与编译器兼容： - GCC ≥ 5.5（推荐9.4+） - Clang ≥ 10 ### 📊 验证流程 创建测试文件`test_include.cpp`： ```cpp #include <core/init.hh> #include <iostream> int main() { std::cout << "Rosetta headers found!" << std::endl; return 0; } ``` 编译测试： ```bash g++ -I/media/stor4/prog/Rosetta/rosetta_bin_linux_3.14_bundle/main/source/src test_include.cpp -o test ./test ``` ### 🔄 替代方案：使用Rosetta编译系统 对于完整Rosetta应用开发，建议使用其原生编译系统： ```bash cd ${ROSETTA_ROOT}/source ./scons.py -j 8 mode=release bin ``` 然后通过`rosetta_scripts`调用编译好的二进制文件。 > 提示：首次编译Rosetta可能需要1-2小时，建议使用`-j`参数并行编译[^1]。 §§相关问题§§ 1. 如何优化Rosetta的编译时间？ 2. Rosetta程序在运行时出现段错误如何调试？ 3. 如何将自定义算法集成到Rosetta框架中？ 4. Rosetta支持哪些GPU加速计算方案？</think>### 🔍 解决 Rosetta 编译错误：`core/init.hh not found` #### 📌 问题根源分析 1. **头文件路径缺失**：编译器无法找到 Rosetta 的核心头文件 2. **CMake 配置错误**：`include_directories` 路径设置不正确 3. **环境变量问题**：`ROSETTA_ROOT` 未指向正确的源码目录 #### 🛠️ 解决方案步骤 ##### 1. 验证 Rosetta 源码路径 ```bash # 确认 core/init.hh 的实际位置 find /media/stor4/prog/Rosetta -name init.hh ``` 典型路径应为： `/media/stor4/prog/Rosetta/rosetta_bin_linux_3.14_bundle/main/source/src/core/init.hh` ##### 2. 修正 CMakeLists.txt ```cmake cmake_minimum_required(VERSION 3.10) project(MyRosettaApp) # 关键修正：指向包含 src 目录的路径 set(ROSETTA_ROOT "/media/stor4/prog/Rosetta/rosetta_bin_linux_3.14_bundle/main") # 必须包含的目录 include_directories( ${ROSETTA_ROOT}/source/src # 核心头文件在此目录下 ${ROSETTA_ROOT}/source/external/include ) # 添加编译选项（解决潜在问题） add_compile_options(-std=c++14 -Wno-error=deprecated-declarations) # 链接库目录（根据实际编译结果调整） link_directories(${ROSETTA_ROOT}/source/build/src/release/lib) add_executable(my_app src/main.cpp) # 完整库链接（示例） target_link_libraries(my_app core protocols utility ObjexxFCL devel basic ) ``` ##### 3. 编译时显式指定包含路径（临时方案） ```bash g++ -I/media/stor4/prog/Rosetta/rosetta_bin_linux_3.14_bundle/main/source/src \ -L/media/stor4/prog/Rosetta/rosetta_bin_linux_3.14_bundle/main/source/build/src/release/lib \ src/main.cpp -lcore -lprotocols -lutility ``` ##### 4. 环境变量配置（备选） ```bash # 在 ~/.bashrc 中添加 export ROSETTA_SOURCE="/media/stor4/prog/Rosetta/rosetta_bin_linux_3.14_bundle/main/source" export CPLUS_INCLUDE_PATH="$ROSETTA_SOURCE/src:$CPLUS_INCLUDE_PATH" export LIBRARY_PATH="$ROSETTA_SOURCE/build/src/release/lib:$LIBRARY_PATH" ``` #### ⚠️ 常见错误排查 1. **库链接顺序问题**： ```cmake # 正确顺序：从基础库到高级库 target_link_libraries(my_app utility basic core protocols) ``` 2. **C++标准不匹配**： ```cmake # 在 CMakeLists.txt 开头添加 set(CMAKE_CXX_STANDARD 14) set(CMAKE_CXX_STANDARD_REQUIRED ON) ``` 3. **头文件包含方式**： ```cpp // 在代码中使用正确包含路径 #include <core/init.hh> // 不是 #include "core/init.hh" ``` #### 🔄 验证编译流程 ```bash mkdir build && cd build cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release make VERBOSE=1 # 查看详细编译命令 ``` > **重要提示**：Rosetta 编译通常需要特定的编译器标志和环境设置，参考官方文档确保满足所有依赖[^1]。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

kkchenjj

你的鼓励是我最大的动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值