读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像

本文介绍了一种使用Python读取nii或nii.gz格式医学图像的方法,并展示了如何输出图像信息及多切面视图。通过matplotlib和nibabel库,实现了图像的加载、头部信息的读取及图像的正交切片展示。

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读取nii或者nii.gz文件中的信息,并且输出图像。

import matplotlib
from matplotlib import pylab as plt
import nibabel as nib
from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D

file = ''    #你的nii或者nii.gz文件路径
img = nib.load(file)    

print(img)
print(img.header['db_name'])    #输出nii的头文件

width, height, queue = img.dataobj.shape

OrthoSlicer3D(img.dataobj).show()

num = 1
for i in range(0, queue, 10):
    img_arr = img.dataobj[:,:,i]
    plt.subplot(5,4,num)
    plt.imshow(img_arr, cmap='gray')
    num += 1

plt.show()

 

### 支持读取 .nii.nii.gz 文件的软件 #### ITK-SNAP ITK-SNAP 是一款用于分割和标注医学影像的应用程序,能够直接打开 nii 格式的文件并提供直观的操作界面来查看原始图像及其对应的 mask 文件[^1]。 #### Python 中的 NiBabel 库 对于编程爱好者开发者来说,在 Python 编程环境中可以通过安装 `NiBabel` 这一专门针对多种医学及神经科学领域内使用的图像格式(包括但不限于 `.nii`,`.nii.gz`)进行加载、修改以及保存工作的库来进行操作。通过简单的几行代码即可完成对这些特殊格式图片的基本处理任务,比如获取其尺寸大小者提取其中所含有的实际像素数值等信息[^3]。 ```python import nibabel as nib import numpy as np from pathlib import Path data_path = Path('./path/to/data') example_filename = data_path / 'example.nii.gz' img = nib.load(str(example_filename)) print(f"Shape of the image: {img.shape}") image_data = img.get_fdata() ``` #### 主流 FMRI 分析工具集 多个功能性磁共振成像 (fMRI) 的分析平台也广泛兼容这两种扩展名的数据源文件。具体而言,这其中包括了: - **AFNI**: Analysis of Functional NeuroImages, 功能性脑图谱研究的重要开源项目之一; - **BrainVoyager QX**: 提供全面的功能性和结构性 MRI 数据预处理至高级统计建模等功能; - **FSL (FMRIB Software Library)**: 牛津大学开发的一套完整的 fMRI 处理流程集合; - **SPM (Statistical Parametric Mapping)**: 基于 SPM 方法论构建而成的空间标准化与激活检测框架; 上述四个应用程序均承诺在其最新版本里持续维护和支持 NIfTI-1.1 规范下的输入输出功能,从而确保不同实验室之间科研成果的有效交流共享[^4]。
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