chip_seq数据分析专题

最新推荐文章于 2025-05-03 16:06:35 发布
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文章标签： 可视化 数据分析 大数据 人工智能 数据挖掘
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079885
本文详述CHIP-seq技术及其在基因调控和表观修饰研究中的应用，涵盖从实验质控、峰值检测到注释、motif分析及数据库资源的全过程。包括MACS2、SICER、HOMER等peak calling工具，以及ENCODE、ChIP-Atlas等公共数据库。

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chip-seq技术依托于高通量测序技术和生信分析的发展，可以在全基因组范围内分析DNA与蛋白质的相互作用，目前常用于研究转录因子，各种组蛋白修饰在基因组上的结合位点，和依托芯片的Chip-chip技术相比，chip-seq实验周期更短，更加高效，覆盖的基因组范围也更加广泛，是研究基因调控，表观修饰的利器之一。

本文整理了chip_seq分析相关的资料，首先是chip_seq的基本概念以及常用的质控指标

对于chip_seq而言，测序深度的可视化也是非常重要的一环

其核心分析内容，当然是peak calling了

得到peak之后，就是对peak区域进行注释

根据peak区域的序列，还可以进行motif分析，识别特定蛋白结合区域的序列

chip_seq发展了这么多年，已经积累了大量的实验数据和分析结果，公共数据库很多

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ChIP-seq 数据分析
fengzhibifang的博客
09-11 3万+
1 ChIP-Seq技术 1.1 概念 1.2 ChIP-seq技术原理 2 ChIP-Seq数据分析 2.1 数据下载 2.2 质量控制（data_assess） 2.2.1 质量评估 2.2.2 清理 reads 2.3 比对到参考基因组（mapping_analysis） fastq→sam→bam（H3K9me3 在全基因组的分布位置） 2.4 搜峰（Peak_callin...
CHIP-seq 分析笔记
samhuairen的专栏
08-09 4706
本周学习一下CHIP-seq。 并根据网上的教程，自己实践一下， 一方面是要为了弄清楚什么是chip-seq, 这个技术有什么用，另一个方面是想学习一下这个技术如何来实践， 本文参考的文章主要来自生信技能树，以及简书上的其他作者写的教程，由于每个人在做分析时，使用的操作系统不一样，所以网上的代码在自己的电脑上进行运行的时候经常出现问题，这需要每个人针对自己的情况进行分析和总结。 本次分析采用...
ChIP-seq 分析：原始数据质控（2）
冷冻工厂
02-07 1389
1. ChIPseq 简介 染色质免疫沉淀，然后进行深度测序 (ChIPseq) 是一种成熟的技术，可以在全基因组范围内识别转录因子结合位点和表观遗传标记。 ChIPseq 1.1. 实验处理 ChIPseq2 交联和蛋白质结合的 DNA。通过抗体富集特定蛋白质或 DNA 。添加 末端修复、A 尾和 Illumina adapters。从任一端/两端测序。 2. 数据格式 原始 ChIPseq 测序数据将采用 FASTQ 格式。 FASTQ 在此 ChIPseq 研讨中，我们将研究小鼠 MEL 和 Ch1
深入解析生物信息学中的CHIP-Seq数据分析
最新发布
weixin_42608318的博客
05-03 1511
CHIP-Seq（Chromatin Immunoprecipitation Sequencing）是一种高通量测序技术，它将染色质免疫沉淀（ChIP）与大规模DNA测序相结合，用于识别蛋白质与DNA相互作用的精确位置。自2007年首次提出以来，CHIP-Seq技术迅速发展，并已成为研究基因调控网络的重要工具。峰值检测是指在CHIP-Seq数据分析过程中，识别出基因组上具有显著信号强度的区域。这些区域通常与转录因子结合位点或染色质修饰相关联。
易基因｜ChIP-seq分析方法：实用的工作流程和高级应用
E_gene的博客
07-19 4230
2020年03月，《Methods》杂志上发表一篇关于表观组学ChIP-seq分析方法的综述文章，详细介绍了染色质免疫共沉淀（ChIP-seq）的工作流程和高级应用。以下为原文总结分享：一、介绍（Introduction）染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）是表观基因组学研究中的一种主要方法。全基因组的组蛋白修饰分析（如增强子分析和全基因组染色质状态注释）可以系统分析表观基因组如何促进细胞身份(cell identity)、细胞发育、细胞谱系规...
DNA甲基化数据分析专题
庐州月光的博客
11-16 5197
欢迎关注”生信修炼手册”!DNA 甲基化作为重要的表观遗传学的标记，能够调控基因的表达，在生长发育和疾病相关研究领域都有着重要意义。测定甲基化的手段有很多，芯片作为一种成熟的手段，其稳定...
玩转基因组浏览器之展示RNA_seq中的基因表达量
庐州月光的博客
03-20 1188
欢迎关注”生信修炼手册”!和CNV类似，IGV也可以以热图的形式展示基因表达量的数据，要求表达量文件的格式为gct, 示意如下该文件是\t分隔的纯文本文件，第一行内容总是为#1.2, 表...
lncRNA数据分析专题
庐州月光的博客
11-28 2354
欢迎关注”生信修炼手册”!lncRNA是一种长度在200bp以上的非编码RNA, 虽然没有编码蛋白的功能，但是却具有很重要的调控作用，可以在表观遗传水平，转录水平，转录后水平等多个层次调...
HLA数据分析专题
庐州月光的博客
12-04 2839
欢迎关注”生信修炼手册”!HLA 全称human leukocyte antigen, 表示人类白细胞抗原，是编码主要组织相容性复合体(MHC)的基因，位于6p21.31的区域，包含了一...
chip-seq测序分析流程
zengwanqin的博客
01-04 4428
在ChIP-Seq分析的最后阶段，结果的整合和可视化是非常重要的步骤。IGV更适合于个体样本的深入查看和分析，而UCSC Genome Browser则更适合于呈现和分享数据。通过这些工具，您可以有效地展示您的ChIP-Seq数据，并对其进行深入的分析。在ChIP-Seq分析中，峰值调用可以以两种主要方式进行：对每个样本单独进行峰值调用，或者在结合对照组数据的情况下进行峰值调用。请注意，这些示例代码是基于您已经有了MACS2等工具产生的峰值文件（通常是.bed或.narrowPeak格式）。
BRACIL-IA:从ChIP-seq数据推断细菌中的基因组可及性。-开源
05-27
此编码细菌中转录因子（TF）结合的基因组可及性。 转录因子需要物理接触其可能结合的DNA。 但是，在进行这项工作之前，不可能测量和评估细菌中DNA的可及性。 该代码使用来自多个实验的ChIP-seq推断出隐藏的变量，以实现基因组可访问性。 这是通过考虑两个参数的线性混合效应模型执行的：DNA亲和力和DNA可及性。 以下参考文献中描述了该法规的基础及其生物学相关性：Gomes ALC，Wang HH（2016）基因组可及性在细菌转录因子结合中的作用。 PLoS Comput Biol 12（4）：e1004891。 doi：10.1371 / journal.pcbi.1004891
hiddenDomains:hiddenDomains：识别 ChIP-seq 富集的现代 HMM-开源
06-01
hiddenDomains 使用隐马尔可夫模型来识别 ChIP-seq 数据中的丰富域。 它接受 BAM 文件作为输入，并且可以在有或没有控制数据的情况下执行分析。 输出是一个 BED 文件，可用于 UCSC 基因组浏览器，其中包含域并根据其后验概率进行颜色编码。
Chip-seq数据分析处理流程
不断进步的咕咕怪的博客
09-26 3384
以上步骤详细展示了如何处理的 ChIP-seq 数据，使用hg38参考基因组进行比对、峰值调用，以及对富集区域进行基序分析。该段描述了实验的整个过程，从样品制备、免疫沉淀到 DNA 纯化和测序库构建。接着介绍了如何使用Bowtie将测序数据比对到参考基因组，如何通过MACS2调用 G4 的富集区域（峰值），以及使用MEME-ChIP进行基序分析。这些步骤有助于识别基因组中可能形成 G-四链体结构的区域，并分析其功能。
CHIP-Seq数据分析流程
bio_meimei的博客
11-10 8397
文章目录CHIP-Seq数据分析流程相关软件安装数据下载将SRA转化为fastq文件数据质控，过滤数据质控然后进行质控，过滤低质量reads，去接头比对下载小鼠参考基因组的索引和注释文件比对sam文件转bam为bam文件建立索引载入IGV查看用MACS call peak安装MACS结果注释与可视化 CHIP-Seq数据分析流程 相关软件安装 所需要的软件有sratoolkit, fastqc,bowtie2,samtools,macs2,htseq-count,bedtools和前面RNA-seq数据分析
Chip-seq数据分析
weixin_57975238的博客
12-16 977
Chip-seq分析流程
ChIP-seq 分析：教程简介（1）
冷冻工厂
02-05 1148
简介 本课程[1]介绍 Bioconductor 中的 ChIPseq 分析。该课程由 4 个部分组成。这将引导您完成正常 ChIPseq 分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peak calling、基因组富集测试、基序富集和差异 ChIP 分析。 课程材料和练习可在 https://rockefelleruniversity.github.io/Intro_To_R_1Day/ 上以呈现的 HTML 形式查看。 环境准备 IGV IGV 可以从 BROAD 网站安装。 》 https://www.
ChIP-seq 数据分析1 ChIP-Seq技术2 ChIP-Seq数据分析
wx1871428的博客
07-08 3632
1 ChIP-Seq技术 1.1 概念 1.2 ChIP-seq技术原理 2 ChIP-Seq数据分析 2.1 数据下载 2.2 质量控制（data_assess） 2.3 比对到参考基因组（mapping_analysis） 2.4 搜峰（Peak_calling） MACS2 2.4.1 MACS2 核心: callpeak 用法 2.4.2 callpeak 结果文件说明 2.4.3 bdg file → wig file 2.5 峰注释（Peak_anno） ChIPseek.
一文读懂 ChIPseq
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Baimoc
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一、介绍 ChIP-seq，测序方法 ChIP 指染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）， seq 指的是二代测序方法 作用：识别蛋白质与DNA互相作用情况 原理：染色质免疫共沉淀 + 二代测序 应用：常用于转录因子结合位点和组蛋白修饰位点的研究 二、测序原理 1、使用甲醛将目标蛋白与染色质交联固定起来 2、从细胞裂解液分离基因组DNA，通过超声打断DNA为一定长度的小片段 3、添加与目标蛋白质特异的抗体，该抗体与目标蛋白形成免疫沉淀免疫结
一键分析ChIP-seq数据
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
06-19 1202
ChIP-seq是一种结合位点分析法，用于研究体内蛋白质与DNA相互作用。通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与第二代测序技术相结合，在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区域。实验过程流程简介1. fastp：原始数据质控，将 Raw data 转换成 Clean data。2. bowtie2：将经过质控的 Clean data 比对到参考基因组上，得到比对文件（BAM格式）。3...
深入浅出chip-seq数据分析方法
资源摘要信息:"生物信息学数据分析 chip-seq" 生物信息学是应用信息技术处理生物学数据的科学，而ChIP-seq（Chromatin Immunoprecipitation sequencing）是生物信息学中用于研究蛋白质与DNA相互作用的重要技术。...
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