PAL2NAL（在线版）安装与使用--生信工具057

什么是PAL2NAL？

PAL2NAL是一个将蛋白质和对应的DNA（或mRNA）序列的多重序列比对转换为密码子比对的程序。该程序自动分配相应的密码子序列，即使输入的DNA序列与蛋白质序列不匹配，或包含UTR（非翻译区）和多腺苷酸尾巴。它还可以处理输入比对中的帧移问题，非常适合伪基因的分析。生成的密码子比对可以进一步用于计算同义（dS）和非同义（dN）突变率。
如果输入的是一对序列，PAL2NAL会使用PAML中的codeml程序自动计算dS和dN。

更新内容

• 2011年12月2日：更新到版本14，扩展了密码子表（现在覆盖了所有NCBI的密码子表）。

• 2010年7月26日：更新到版本13。

• 2009年9月8日：在计算dS和dN时，还报告了同义（S）和非同义（N）位点的数量。

• 2009年4月3日：为PAL2NAL提供了京都大学的新镜像站点。

• 2007年2月5日：更新到版本12。输入文件1和2中使用相同的ID时，序列的顺序不再需要一致。优化了部分程序，处理速度比之前更快。如果出现错误（“蛋白质和核酸不一致”），脚本会自动运行bl2seq来显示蛋白质和DNA序列不匹配的原因。

下载

https://www.bork.embl.de/pal2nal/distribution/pal2nal.v14.tar.gz

在线版

https://www.bork.embl.de/pal2nal/

运行PAL2NAL（尝试示例）

输入文件 1
上传您的蛋白质多重序列比对（CLUSTAL格式或FASTA格式）。系统会自动检测文件格式。
在CLUSTAL格式中，您可以通过在比对中使用'#'选择特定位置。

输入文件 2
上传您的DNA（或mRNA）序列（FASTA格式）。

选项设置

• 密码子表：从多个密码子表中选择（例如，通用代码、脊椎动物线粒体代码、酵母线粒体代码等）。

• 移除间隙、框架内终止密码子：选项以移除比对中的间隙和终止密码子。

• 计算dS和dN：计算同义（dS）和非同义（dN）突变率（仅在输入为一对序列时有效）。

• 移除不匹配：移除蛋白质和DNA之间的不匹配密码子。

• 仅使用选定位置：仅使用在输入比对中标记为'#'的位置。

• 输出格式：选择输出为CLUSTAL、PAML、FASTA或带有氨基酸的密码子格式。

结果

参考文献

• Mikita Suyama, David Torrents, and Peer Bork (2006)
  PAL2NAL: robust conversion of protein sequence alignments into the corresponding codon alignments.
  Nucleic Acids Res. 34, W609-W612.