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摘要：本研究通过全基因组分析鉴定出花生4CL基因家族56个成员，系统划分为7个分支（Clade4CL和A-F）。分析显示Ah4CLs具有组织特异性表达模式，并在干旱和盐胁迫下呈现差异响应。其中Ah4CL28在ABA、干旱及盐处理中均显著上调，Ah4CL21、22、49、53参与盐胁迫响应，Ah4CL37参与干旱响应。基因结构分析表明同分支成员具有相似的保守基序和结构域。共线性分析发现37对基因存在复制事件，表明多倍体化和片段复制在进化中起重要作用。启动子分析显示多数成员含有ABA和干旱响应元件。这些发现为利

Pyrus pyrifolia，常被称为沙梨，是温带地区重要的经济水果树种，拥有丰富的遗传资源，有助于梨的果实品质改良。然而，关于梨等水果物种在抗性与果实质量性状之间关系的研究仍然有限。全转录组能够有效捕捉编码区域的遗传信息，并反映个体之间基因表达的变化。在本研究中，我们基于来自沙梨不同组织的506个样本构建了全转录组，并探讨了表型之间的内在关系以及基于表达存在/缺失变异（ePAVs）在育种过程中对抗病性的选择。研究中的全转录组包含156,744个转录本，其中新转录本在防御反应中表现出显著的富集。

比较转录组分析揭示油料作物油脂差异合成的遗传调控网络 摘要： 本研究通过比较大豆、棉花、油菜和芝麻四种油料作物的转录组数据，系统分析了种子油含量差异的遗传基础。研究发现：1）油料作物中酰基脂质代谢基因数量显著多于谷物作物；2）二氢脂肪酰胺脱氢酶、硬脂酰酰基载体蛋白脱饱和酶等关键基因在高油材料中普遍上调；3）"糖酵解/葡萄糖异生"与"脂肪酸合成"通路的协同作用在油料作物中保守存在；4）木质素合成关键酶肉桂醇脱氢酶9的突变导致拟南芥种子油含量下降52%。该研究从多物种角度

迈向生物界范围的基因表达分析：机遇与挑战 近年来，植物转录组学数据呈指数增长，NCBI序列读取档案库（SRA）中已有超过30万个RNA-seq实验公开可用，涵盖藻类、苔藓、蕨类及开花植物等数百个物种。现代计算工具使全王国范围的基因表达矩阵构建成为可能，为跨物种比较分析提供了 unprecedented 资源。通过整合多物种表达数据，研究者能够揭示基因功能的保守性与分化、发现新通路，并解析植物进化机制。然而，数据分布不均（集中于双子叶和单子叶植物）、元数据缺失及分析方法标准化仍是主要挑战。未来方向包括开发高效

BAHD 超家族酰基转移酶在植物中催化和调控次级代谢中发挥着重要作用。然而，关于大麦中 BAHD 超家族的研究相对较少。在本研究中，我们从大麦基因组中鉴定出 116 个 HvBAHD 酰基转移酶基因。基于系统发育分析及在模式单子叶植物和双子叶植物中的分类，我们将这些基因分为八个类群：I-a、I-b、II、III-a、III-b、IV、V-a 和 V-b。值得注意的是，包括与植物抗赤霉菌有关的胍丁胺香豆素转移酶（ACT）在内的 IV 类基因，在拟南芥中并不存在。

笋瓜果实的代谢组学和转录组分析揭示了笋瓜（Cucurbita maxima）中生物活性黄酮和香豆素的增强植物中含有许多生物活性的次级代谢产物，例如多酚、类胡萝卜素、多糖、皂苷、醛和生物碱。(1,2) 植物来源的生物活性化合物已被报道具有抗氧化、抗菌、保肝、神经保护、细胞毒、抗糖尿病、抗炎和抗癌活性。(3−5) 从各种植物提取的生物活性成分已广泛应用于食品、医药和化妆品领域。例如，众多研究表明叶黄素和玉米黄质（两种类胡萝卜素）是眼部健康的重要组成部分。(6) 芦丁（一种黄酮）具有抗糖尿病效果，有潜力预防或治疗

鬼臼属植物是（−）-鬼臼毒素的来源，这是一种用于半合成各种强效且广泛应用于癌症治疗药物的芳香四氢呋喃木脂素。然而，其生物合成途径仍然大部分未知，最后明确证明的中间体是（−）-罗汉松脂素。在本研究中，对鬼臼属植物的桃儿七和北美桃儿七的转录组进行了大规模平行测序，并对相应的组装结果进行了后续的生物信息学分析。首先通过与先前已知参与鬼臼毒素生物合成的多个基因序列以及其他候选生物合成途径基因的序列进行比对，验证了组装过程的正确性。

半日花烷衍生型二萜成分（LRDs）是一大类萜类化合物。它们多样的骨架源于复杂的环化反应，这些反应由使用香叶烯基焦磷酸（GGPP）作为共同前体的LRD二萜合成酶（diTPSs）催化，并涉及多步的环化和重排。迄今为止，LRD diTPSs的催化机制仍基本未知。本文中，我们对来自狼毒大戟的五种LRD diTPSs进行了表征。特别是，EfTPS14是一种罕见的高保真度 ent-neoabietadiene合成酶，在抗癌LRD类化合物 jolkinoides 的生物合成中起着关键作用。

STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner

许多植物转录因子（TFs）具有多功能性，能够在多个组织中调控生长和发育。这些转录因子通常可以根据组织类型与不同的蛋白质伙伴结合，从而调控组织特异性的目标基因集。然而，如何确保这种特异性相互作用的实现仍然很不清楚。在本研究中，我们通过亚功能化的 FRUITFULL（FUL）亚家族 MADS 结构域转录因子的共直系同源体，研究了蛋白质-蛋白质相互作用的特异性。在拟南芥中，FUL 是多功能的，在开花和结果中发挥重要作用，而在番茄的共直系同源体 FUL1 和 FUL2 中，这些功能已部分分化。

单细胞分析最佳指南！

【代码】基因共表达分析-R-脚本04。

ubH2B analysis 组蛋白分析，泛素化印记的基础~

转录组定量是一切的基础！

HISAT2 是一种快速且灵敏的比对程序，可用于将下一代测序读段（全基因组、转录组和外显子组测序数据）比对到人类基因组群体（也可比对到单一参考基因组）。基于对图的 BWT 扩展[1]，我们设计并实现了图 FM 索引（GFM），这是一种原创方法，并据我们所知首次实现。除了使用一个代表总体的全局 GFM 索引外，HISAT2 还使用了一大组覆盖整个基因组的小 GFM 索引（每个索引代表一个 56 Kbp 的基因组区域，共需 55,000 个索引来覆盖人类群体）。

StringTie使用高效的算法从对齐到参考基因组的批量RNA-Seq读取中恢复转录结构并估计其丰度。它以坐标排序的SAM/BAM/CRAM格式输入剪接对齐，并生成一个GTF输出文件，该文件包含组装的转录结构及其估计的表达水平（FPKM/TPM和碱基覆盖值）。和trinity assembly效果等同。均为转录本组装软件，使用一个即可~StringTie：高效的转录组装和RNA-Seq数据定量工具。

Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)是用于评估基因组组装和注释的完整性的工具。通过与已有单拷贝直系同源数据库的比较，得到有多少比例的数据库能够有比对，比例越高代表基因组完整度越好。基于进化信息的近乎全基因单拷贝直系同源基因内容预期，BUSCO指标是对像N50这样的技术指标的补充。使用需要评估的生物类别所属的数据库（从busco数据库下载）比对，得出比对上数据库的完整性比例的信息。组装的基因组、转录组及注释到的基因对应的氨基酸序列等。

鼠尾草属（Lamiaceae）包括众多不同的药用植物，其中萜类化合物是其主要的活性化学成分之一。松香烷型二萜化合物（ATDs），如丹参酮和鼠尾草酸，是鼠尾草属特有的，且在不同谱系中展现出分类化学多样性。为了阐明ATD化学多样性的演化过程，我们对71种鼠尾草属植物进行了大规模的代谢和系统发育分析，结合了酶功能、祖先序列和化学特征重建，以及比较基因组实验。这种综合方法表明，鼠尾草属中全谱系的ATD多样性是由于在C-20处萜类骨架的氧化差异引起的，而这是由细胞色素P450亚家族CYP76AK的功能分化所引起的。

在不同条件下获得的生物过程的时间序列转录组有助于识别该过程的调节因子及其调节网络。然而，这类数据是3D的（基因表达、时间和条件），目前还没有方法能够处理它们的全部复杂性。在这里，我们开发了一种避免在条件间进行时间点对齐和标准化的方法。我们将其应用于分析在光暗周期及全黑暗条件下玉米叶片发育的时间序列转录组，获得了八个时间有序的基因共表达网络（TO-GCNs），这些网络可以用来预测GCNs中任何基因的上游调节因子。

比较转录组，以茶属模式物种进行研究，Comparative transcriptomic analysis unveils the deep phylogeny and secondary metabolite evolution of 116 *Camellia* plants

GFF3（General Feature Format version 3）和GTF（Gene Transfer Format）版本2，通常被称为GTF2，是基因组学中用于描述基因和其它特征的文件格式。这两种格式都用于存储有关基因组注释的信息，但它们在结构和用途上有所不同。

随着测序速率的增加，对读取比对器的吞吐量要求越来越高。全文分钟索引（full-text minute index）通常用于实现非常快速和内存高效的比对，但这种方法不适合查找较长的、有间隙的比对。Bowtie 2 结合了全文分钟索引的优势和硬件加速的动态规划算法的灵活性与速度，实现了高速度、高灵敏度和高准确性的结合。

DIAMOND 是一款用于蛋白质和翻译后DNA搜索的序列比对工具，专为大规模序列数据的高性能分析设计。比BLAST快1w倍！

HMMER是一种基于隐马尔可夫模型（HMM）的深度学习算法，现已成为代替BLAST算法进行基因家族鉴定的有力工具。利用 hmmer 构建隐马尔可夫模型并寻找同源基因。

TransDecoder 去冗余三部曲，这里是和配合trinity使用，可以得到真实的Unigene，为下游PCR或qPCR验证做下铺垫。

转录组的组装神器-Trinity。生命科学发展到现在，生科口的科研人员谁还不会转录组组装及其分析呢？先学会走路--转录本组装！