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摘要：scDown是一款用于单细胞RNA测序下游分析的R包，整合了细胞比例差异分析、细胞间通讯分析、伪时间分析和RNA速度分析四大模块。该工具兼容Seurat和Scanpy注释的数据，支持并行计算以提高效率。应用案例显示，scDown成功识别出一种罕见神经发育疾病的独特神经元炎症信号特征，证明了其在生物学发现中的价值。该工具简化了复杂分析流程，降低了研究人员的技术门槛，特别适合罕见病研究领域。scDown现已开源，可广泛应用于scRNA-seq数据的深度分析。

植物是由多种细胞类型组成的复杂系统，其结构呈现出分层的组织形式。为了理解复杂植物系统的分子基础，单细胞RNA测序（scRNA-seq）已成为揭示细胞水平基因表达模式高分辨率以及研究细胞类型异质性的重要工具。此外，对植物生物系统进行scRNA-seq分析具有巨大潜力，可生成新知识以指导植物生物系统设计和合成生物学的发展。合成生物学旨在通过基因组编辑、工程化或基于理性设计的基因组重写，从而对植物进行遗传或表观遗传修饰，以提高作物产量和质量，推动生物经济发展并增强环境可持续性。

单细胞分析最佳指南！

随着分子测序和成像技术的快速发展，药用植物的多组学研究进入了单细胞时代。我们讨论了空间多组学在药用植物中的应用，评估了特殊产物的生物合成途径，并重点介绍了天然产物（NPs）生物制造的应用、前景和挑战。

木材的形成涉及一系列连续的发育步骤，包括维管形成层的细胞分裂、木质部细胞扩展、次生细胞壁（SCW）沉积和程序性细胞死亡。在本研究中，我们鉴定了PagMYB31作为调节这些过程的协调者在银白杨（Populus alba × Populus glandulosa）中的作用，并构建了一个由PagMYB31介导的转录调控网络。