Topas——基于Geant4的放射治疗蒙特卡罗算法模拟工具

  本文内容参考Joseph Perl 的线上会议Introduction to TOPAS，视频详情可见于Topas会议录屏，该视频会议内容主要介绍Topas功能、软件架构、工作流程、参数设定、物理模型、具体案例等，对TOPAS的基本入门使用方法以及使用规定作出阐述。

关于Topas

总的来说，topas是一个用于调用Geant4的小程序，如果你也被Geant4恶心到了，那不如试试使用topas解决你想研究的高能物理问题
  TOPAS 包装并扩展了 Geant4 模拟工具包，使医学物理学家更容易使用各种形式的放射治疗的高级蒙特卡罗模拟。 TOPAS 可以对 X 射线和粒子治疗治疗头进行建模，基于 CT 图像对患者几何形状进行建模，对剂量、能量等进行评分，保存和回放相空间，提供高级图形，并且是全四维 (4D)处理治疗期间光束传输和患者几何形状的变化。 TOPAS 用户配置预先构建的组件（例如喷嘴、患者几何形状、剂量测定和成像组件）来模拟各种放射疗法，而无需了解底层 Geant4 模拟工具包或任何编程语言。模拟的所有方面，包括所有 4D 行为，都由独特的 TOPAS 参数控制系统控制。

学习前提

使用Topas不需要掌握C++或其他编程语言，但是需要会Unix( Linux / MacOS )的基本知识，以及以下技能：

1. 如何打开terminal窗口;
2. 如何使用纯文本编辑器（比如emacs、vi、pico、TextEdit、Notepad++）；
   如果用了高级文档编辑器，里面所隐藏的字符会导致编译错误
   ps:但我觉得就用电脑自带的txt文本编辑器就可以了
3. 如何使用cd进入某个路径；
4. 如何设置环境变量；
5. 如何调用一个可执行程序：如 /Application/topas/bin/topas；

放射物理相关知识：
  明白剂量的相关基本概念：dose、dose to water、dose to material 、fluence

安装Topas

  Topas的具体安装步骤在其官网的Installation guide（外网）上就有详细步骤，可以兼容Linux(Centos、debian、Ubuntu)，以及MacOS等多个Unix系统，但是不能在Windows上运行。
  具体安装步骤可参照官网上的流程，其中Ubuntu用户也可以参考本文的安装过程。

获取topas.tar.gz

获取方法一

  推荐使用该方法进行安装，可以获取到完整的Topas资源（包括正版使用license、所有历史版本的Topas、以及可以加入Topas用户论坛），但是缺点是需要先注册Topas账号，然后听完一个两小时的线上会议后自动开启使用权限，申请周期以及耗时比较久。急着马上要用Topas可以直接看获取方法二。
  首先需要访问Topas官网（外网），或者Google搜索 Topas mc 第一个就是，打开官网后点击Registration for license

  如实填写完成该表单后，等待Topas给回复邮件（他说大概等24h才会有邮件回复，可是我等了3天才收到回复。。。）

  不出意外的话，一段时间之后会收到 Joseph Perl 回复的邮件，可能让你先等待申请 list 满12个人之后才会开这个会议，比如这样（这种情况的话就只能先等等了）：

  或者直接收到Joseph Perl的参会邀请，比如这样：

  收到会议邀请后，听完2 hours的介绍会议，Topas安装包的获取权限会自动打开，这个会议其实讲的还蛮有用的，虽然是全英语，但还是比较好理解的，听完一遍之后就能直接上手Topas。

获取方法二

  百度网盘（提取码：tpsf）

配置unix环境

  本文采用安装在Windows10上的Ubuntu20.04虚拟机 VMWare 作为操作系统环境，也可以使用 硬件安装的Ubuntu系统 或 Topas官网提供的"Additional Installation Notes for Windows Subsystem for Linux" 方法

  在终端使用apt依次安装libexpat1-dev、libgl1-mesa-dev、libglu1-mesa-dev、libxt-dev、xorg-dev、build-essential、libharfbuzz-dev这几个包：

安装Topas

  接着cd进入上一步获取到的两个topas_3_8_1.tar.gz的安装包的路径，使用cat指令合成一个压缩包：

cat topas_3_8_1_debian9.tar.gz.part_* > topas_3_8_1_debian9.tar.gz

  使用tar指令解压该压缩包，得到topas：

tar -zxvf topas_3_8_1_debian9.tar.gz

  将topas文件夹移动到主目录，就得到了~/topas：

安装Geant4

  在主目录下新建一个文件夹G4Data