【win11安装openslide】anaconda3安装openslide模块

已于 2024-09-28 18:57:03 修改
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分类专栏： TCGA数据库+病理图像WSI处理 文章标签： python openslide
于 2023-11-22 17:06:12 首次发布
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复现论文：A Graph-Transformer for Whole Slide

论文链接

安装虚拟环境，安装openslide

conda activate D:\Anaconda3\envs\pytorch
pip install openslide-python

如果运行会报错

import openslide

ModuleNotFoundError: Couldn‘t locate OpenSlide DLL. Did you call os.add_dll_directory

在openslide官网去下载windows二进制文件

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踩了不少坑，读了不少博客的方法，最终成功了。下面贴一下成功的方法： 在ubuntu上安装十分简单， apt install python-openslide #针对ubuntu，其他系统没测试过 pip install Openslide-python #pip 安装 在Windows上踩了不少坑：（以下安装步骤引自参考文献2，非常非常好！解决了问题，找到一篇中文的好博客真不容易） 1、在官网下载windows二进制包 Downloading OpenSlide​openslide.o
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openslide安装——win10
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表面上这样就可以导入了但事实上会遇到 Couldn’t locate OpendSlide DLL的问题，openslide必须独立安装。将你解压的openslide路径添加到环境变量中。
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因为win7下的python版本最高支持到3.8.10，所以要下载对应版本，不能高于这个。参考博主：下载这个版本安装时根据上面博主的图文安装，我的是默认勾选python3.8环境#打开命令行输入#这是建立一个虚拟环境，python版本是3.8 , 其中yolo5是你的虚拟环境的名字#创建一个新环境，并激活进入环境。这时候系统提示下载安装包# 激活名叫yolov5的环境,并进入activate yolov5 ，如下图进入yolov5环境。
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在Anaconda虚拟环境下安装openslide 前提：比赛需要读取tiff格式的whole-silde images，所以就想要用openslide来读取文件。但是openslide的安装实在是费事，我也是整了快三个小时才成功。所以我想在这里介绍一下我的成功经验，严格按照我的步骤来应该会很顺利，供后人参考。 下载whl文件 这里是网站：，在这个网站上下载适合你的python版本的openslide-python的轮子文件。（安装路径随意，也不用加入环境变量） 注意：这些轮子文件最新只有到python
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首先说明：我使用openslide-matlab主要是为了处理全扫病理图像，提取数据集，由于全扫描的病理图像其数据量非常大，处理不方便，需要依赖openslide。下面就将介绍具体步骤： 1.下载openslide-matlab的包，github上有https://github.com/fordanic/openslide-matlab 2.run openslide-matlab中的opens
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Openslide安装@TOC Openslide需要在官网下载前置二进制文件并安装后才能进行pip安装操作（官方网址： https://openslide.org/download/）。选择符合自己计算机配置的文件进行下载 解压下载的二进制文件后，将其中bin与lib文件路径添加至环境变量Path中。 上述步骤完成后，打开cmd安装openslide。在cmd中输入 pip install openslide-python,提示完成后打开python，输入import openslide，完成安装。 注意
在win64中安装openslide库
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Cangy1的博客
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但是用这个.yml文件创建虚拟环境的时候报错了，报错内容是conda-forge渠道中缺失了openslide库。如果跟我一样是因为用.yml配环境才需要下载这个包，就一定记得把.yml文件中的openslide栏删掉，避免因为依旧在conda-forge中找不到openslide而报错～在"系统变量"表格中找到"Path"栏（注意⚠️不是直接新建！（⚠️注意，最好不要下载sdvilall渠道的openslide，因为我下载了之后输出版本号conda也会报错，问了一下发现是conda坏了）
openslide安装以及常见命令
junjian Li
10-29 1567
openslide安装以及常见命令
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